De Stamhouder vertelt het verhaal van Alexander Münninghoff (Matthijs van de Sande Bakhuyzen) die eind jaren ‘60 als een blok valt voor de zelfverzekerde, vrijgevochten Ellen (Sallie Harmsen). Wanneer hij na een mooie liefdesnacht bekent dat zijn vader, Frans Münninghoff, tijdens de oorlog een SS’er was, reageert Ellen echter afwijzend. Haar familie heeft zwaar geleden onder de oorlog. Ze verdwijnt uit zijn leven… om er een goede maand later weer in te verschijnen. Ze is zwanger. De twintigers willen het kind houden en besluiten te trouwen. Maar dan wel op voorwaarde dat Alexander afrekent met zijn duistere familieverleden. Alexander komt erachter dat hij maar bitter weinig weet over zijn ouders en grootvader (Gijs Scholten van Aschat).