繼承早乙女研究所的神隼人為了從神祕的敵人手中保護地球組織了D2部隊。另一邊，為了替母親報仇的流拓馬循著線索，與搭檔山岸貘一起前往早乙女研究所。

拓馬在早乙女研究所見到神隼人，隼人要求拓馬和貘跟神威一起駕駛ARC。雖然拓馬還沒有找到關於害死母親的仇人的線索，但命運的齒 輪已經開始快速轉動。用拳頭互相理解，拓馬和神威快速建立起友誼，新的蓋特團隊就此誕生。此時，早乙女研究所的上空突然出現時空穿梭的裂縫，敵人的大軍從那裡向他們進攻。儘管D2部隊已經出動，但遲遲沒辦法成功合體的拓馬他們只能在早乙女研究所觀戰。

敷島博士的防禦系統啟動的同時，拓馬、神威、貘的蓋特機器也跟著出動。在炮火猛烈交錯的戰場上，合體成ARC的拓馬迎戰敵人的大軍 。

隼人在蓋特線的研究過程中憑著本能查出敵人的空間移動系統的線索。拓馬、貘、神威彷彿就像被什麼人邀請一樣在舊研究所區域的門前集合。

拓馬、神威和貘在看到19年前幻影的同時，現實中也有一隻女王蜂潛入研究所並操控大量的蟲子軍團展開進攻，牠們的目標是藏在研究所深處的蓋特龍。

聯軍決定對出現在夏威夷外海的敵人巨大轉移通道展開大規模攻擊，但是卻失敗了。ARC被隼人派往其他任務正在海中前進。拓馬他們在 海底看見的究竟是什麼...？

恐龍帝國為了祈禱“侏儸作戰”成功要舉辦出征儀式。得知神威過去的拓馬，擬定一個可以讓神威和母親毫無顧慮，光明正大見面的計劃。

機器陸地受到敵人的攻擊，穿越時空裝置索魯德被破壞的話，就沒辦法把ARC傳送到異次元的另一端。眼看索魯德就要被昆蟲大軍摧毀時 ，黑色真蓋特現身了。

一望無際的沙漠。拓馬等人對冷血的武藏行動感到難以掩飾的困惑。被武藏請到母艦上的拓馬他們得知蓋特進化所帶來的恐怖宇宙歷史。

安多羅美達流國宇宙船上載著拓馬的殺母仇人馬克多納魯多。所有人寄託著各自的回憶，展開最後的正面對決。馬克多納魯多向神威提出意想不到的請求。

神威迷失在宇宙空間。為了逃離敵人的自爆，ARC在不知道轉移地點的情況下穿越了。看見同樣未來的神威、貘、拓馬，因為過去的背景 走上了不同的道路。

拓馬和神威在變成斷垣殘壁的都市上空對峙。同樣渴望和平的兩個人，在陰錯陽差之下被迫彼此互相對抗。在不可避免的戰鬥前方等待他們的結局是...。