"La Terra è in una fase di ricostruzione dalla fine della guerra 19 anni fa. Hayato Kami, che ha ereditato l'Istituto di Ricerca Saotome e le sue ricerche sulla Linea Getter, ha organizzato l'Unità D2 per proteggere la Terra da un misterioso nemico. D2 lotta contro il potente nemico. Il nuovo arco Getter Robo era stato completato, ma c'era ancora un solo pilota con la capacità di abbinarlo, Kamui. Erano necessari altri due piloti. Nel frattempo, alla ricerca della vendetta di sua madre, Takuma Nagare insegue un indizio e parte per l'Istituto di Ricerca Saotome con il suo compagno Baku Yamagishi".

"Takuma si incontra con Kamito Hayato all'Istituto Saotome. Hayato dice a Takuma e Baku di salire sull'Arca con Kamui. Anche se l'indizio vendicatore della madre di Takuma non viene trovato, la ruota del destino comincia a girare. Takuma e Kamui si capiscono con i pugni e rafforzano rapidamente il loro legame. Un nuovo Getter Team è nato. Nel frattempo, un punto di dislocazione spazio-temporale si apre nel cielo sopra l'Istituto di Ricerca Saotome, e un grande esercito di nemici attacca; l'Unità D2 viene spedita, ma Takuma e gli altri, che devono ancora unirsi con successo, possono solo guardare la battaglia dall'Istituto di Ricerca Saotome".

Il laboratorio Saotome lancia la squadra Getter D2 per intercettare i nemici misteriosi apparsi da un varco nello spazio, ma quando si dimostrano essere avversari troppo ostici viene deciso di far intevenire il Getter Robo Arc anche se i suoi piloti sono inesperti.

Takuma, Baku e Kamui incontrano degli spettri che li portano nei sotterranei del laboratorio Saotome dove avranno una visione degli eventi risalenti a 19 anni prima e che li hanno portati nella situazione attuale.

Un mostro insettoide nemico si è infiltrato nel laboratorio Saotome e inizia a trasformare i ricercatori in zombi che cercano il Getter Dragon nelle profondità della terra. Takuma, Baku e Kamui dovranno respingere il nemico affrontandolo in scontri a fuoco ravvicinati.

Le forze alleate mandano un'ispettrice a esaminare il nuovo team Getter, ma lo Stoker 01 alle Hawaii minaccia la flotta presente nel Pacifico mentre Takuma, Baku e Kamui sono inviati in missione speciale da Hayato nelle profondità dell'oceano.

Il team Getter arriva nell'Impero dei dinosauri dove è accolto dall'imperatore Gore III che annuncia l'alleanza stretta con il laboratorio Saotome per lanciare il contrattacco contro gli Insecter, nel frattempo un Getter nero compare in vari punti del pianeta.

Takuma, Baku e Kamui continuano a difendere l'Impero dei dinosauri dall'assalto dei nemici, ma il giovane sauriano non è completamente in forma e commette un errore in battaglia, così i suoi due compagni interrogano il professor Han sul passato di Kamui.

Arrivati su un altro pianeta nel lontano futuro, il team Getter incontra Musashi che li accoglie sulla corazzata spaziale Getter e spiega loro il destino e la battaglia affrontata dall'umanità nel corso dei precedenti millenni guidati dal Getter Emperor.

Il team Getter prende d'assalto l'astronave nemica dove si nasconde il perfido McDonald, ma Kamui deve scendere dal Getter Arc per disattivare una barriera e far passare il robot e quindi si trova ora completamente da solo in territorio nemico.

Kamui torna sulla Terra dal suo viaggio nello spazio e decide di rubare il trono al fratello per fermare l'umanità dopo aver visto come si evolverà in futuro guidata dal Getter Emperor. Nel frattempo, Takuma e Baku sono ancora dispersi nel cosmo.

Il laboratorio Saotome è preso d'assalto dai sauriani guidati da Kamui, che intende distruggere il Getter Dragon, ma Takuma fa ritorno sulla Terra assieme al Getter Arc dove lo trova ad attenderlo il BUG pilotato dall'amico.