街に平穏が訪れて数ヶ月、サンドマンはゼラバイアの再侵攻に備え、旅に出ていた。一方、緊張感の無いサンジェルマン城では、賭けの結果エイジ達が、一日メイドをやる事に。そして再び、謎の男に率いられたゼラバイアが襲来する。サンドマン不在のグランナイツは、立ち向かう事が出来るのか？

エイジのクラスメートである高須達がサンジェルマン城を訪れる。目的はエイジを連れ帰る事であった。が、エィナの話を聞き、仲間に囲まれて頑張っているエイジに安心し、皆とのランチを楽しむ事に。が、カオリとユミがGドリラーを暴走させてしまう…。

慰安旅行として訪れた温泉で、EFA特殊部隊のフェイと鉢合わせる斗牙。過去の因縁により敵意剥き出しのフェイだが、斗牙はそれを知らない。そして、温泉郷にゼラバイアが！慰安旅行中のグランナイツはこれを撃破出来るのか？

EFA海底基地を襲ったゼラバイアの偵察中、リィルが消息を絶ってしまう。捜索に出る斗牙、琉菜とエイジ。エイジの指示でリィル救出を優先したグランカイザーはGシャドゥ共々、ゼラバイアと化した海底基地内へ。斗牙とリィルは脱出できるのか？

ゼラバイア反応が出た人工島遊園地を調査するエイジ達をゼラバイア化した人々が襲う。敵の目的はグランナイツを直接攻撃する事だった。液状化した敵がグラヴィオン内部に侵入する！襲われたリィルは、ある事を思い出してしまう。

頻発する事件に、サンドマンが何かを隠していると疑い、エイジ達は北の塔に潜入する。そこで見た、サンドマンの過去とは？グラヴィオン誕生の秘密とは？そして、斗牙によって事実を知らされたリィルは錯乱し、湖へ飛び込んでしまう。駆けつけたエイジは、人の気持ちが解らないと斗牙を責めるのだった。

リィルを気遣うアースガルツの面々。斗牙は、まわりの人間を傷つけてしまう自分に苦しんでいた。そのさなかゼラバイアが襲来する。動揺の残る司令塔の斗牙にグランナイツの足並みが揃わない。

ゼラバイアとの戦闘後、サンドマンは自室に閉じこもり、斗牙は失踪してしまいう。そして、エイジ、メイド達は、斗牙の行方を追うのに必死になっていた。その他のメイド達も悲しい現実に耐えながらも各々の仕事についていた。

サンジェルマン城では、リィルが静かに目を覚ました。斗牙と再会したフェイは、幼少を共に過ごした町へと向かい、そこで、斗牙をGソルジャー隊へ勧誘し自分の配下へ置こうとする。そこへ、ミヅキから連絡を受けていたエイジが駆けつける。

ゼラバイア本星ゴーマから、大量に転送されてくるゼラバイアに大苦戦するゴッドグラヴィオン。もはや、各グラントルーパーも力つきようとしていた。そこへ太陽を背に新たな機体、ソルグラヴィオンが現れる。

アースガルツは、地球を守るために本星ゴーマを撃破しようと、戦艦グラヴィゴラスで、宇宙空間へ向かう。ゴーマから発せられる衝撃波をグラヴィゴラスが防ぎ、そして、グラヴィオンがコアを破壊する作戦にでる。

ゴーマ内部では、サンドマンとゼラバイア博士が激しい一騎打ちを繰り広げていた。一方、コア付近では、グラヴィオンとゼラバイアとが最後の戦闘を繰り広げていた。しかし、ゼラバイア攻撃の前にグラヴィオンは大きなダメージを負う。