A mitad de las vacaciones de verano, 36 estudiantes, algunos con superpoderes recién descubiertos, se encuentran solos en su escuela secundaria, a la deriva en un vacío negro, incapaces de contactar con el mundo exterior. Algunos estudiantes intentan imponer orden, pero se enfrentan a la oposición.

Los estudiantes se trasladaron a una isla cercana, donde no tienen escasez de alimentos y pueden obtener lo que quieran a través del poder de Mizuho. De repente, comienzan a estallar incendios inexplicables y emprenden una búsqueda para descubrir quién o qué los está causando.

Nagara, Nozomi, Asakaze y Rajdhani continúan buscando nuevos mundos. Los estudiantes comienzan a desaparecer y sus cuerpos se encuentran "congelados" en conchas negras, por lo que Pony le pide a Mizuho que investigue el asunto. Mizuho le revela a Nagara una sorpresa sobre su poder.

Nagara y sus amigos usan su poder para explorar nuevos Mundos en un esfuerzo por regresar a casa. Mientras tanto, los otros estudiantes discuten con la Srta. Aki sobre que algunos estudiantes pudieron usar sus poderes de antemano, y eso puede ser lo que los dejó a la deriva.

Nagara y Rajdhani llegan a un Mundo llamado "El Cineasta" y descubren una película filmada en su totalidad desde el punto de vista de Nagara. Mizuho encuentra a un perro callejero llamado Yamabiko, que dice ser otro náufrago que asistió a la misma escuela que los otros estudiantes.

Habiendo aprendido la verdad sobre este Mundo, los grupos dirigidos por la Srta. Aki y Hoshi se preparan para irse por caminos separados. Nagara se encuentra en un Mundo al revés del que no puede salir libremente y se ve obligado a trabajar en la construcción de una Torre de Babel que se extiende hacia abajo.

Mientras viaja por el desierto, Mizuho le pregunta a Yamabiko cómo se convirtió en un perro. Yamabiko relata cómo, hace 5,000 años, vagó por diferentes mundos solo, hasta que conoció a una chica a la que poco a poco le abrió su corazón. Pero su felicidad duró poco.

En un gran baldío helado, los gemelos Sou y Seiji se han estado peleando durante milenios. La Srta. Aki dice que para cambiar al mundo, necesitan el poder "Inverso" de los gemelos, y Nagara y Mizuho vienen a ayudar. Yamabiko interroga a Sakura, uno de los gatos de Mizuho.

Kossetsu reads the minds of others passing by in a train station world using her true power. She pines for Asakaze, knowing that he is interested in Nozomi, and that Nozomi is the only one who can change him. Asakaze is given a world-changing assignment.

After learning of Nozomi's death from Kossetsu's letter, Nagara and Mizuho hold a memorial service for her. While advancing the project to return home, they are visited by an old friend, who tells them the story of when he met the man who invented death.

Nagara attends the opening ceremony of his technical school, but feels out of place. He sees Mizuho leaving her all-girls' school, but she brushes him off. He recalls what happened after blasting off into space, questioning if he ever really went adrift.