アキバをこよなく愛するオタク高校生の小野田坂道。総北高校自転車競技部の1年生として、仲間とともにインターハイに挑戦しようとしていた。ところが、坂道たちの前に王者・箱根学園のメンバーが立ちふさがる。ファーストリザルトを競って、総北の田所を鳴子、箱根学園の泉田が飛び出し、スプリント対決をすることに……！三日間に及ぶ長き戦い、その主導権を握るのは総北か、箱根学園か！？インターハイ、闘いの幕が上がる。

田所がを制し、勢いに乗る総北自転車競技部。続いて過酷な山道に向けて気合が入る一同だったが、坂道が集団落車に巻き込まれてしまう。一方、箱根学園の東堂は長年のライバルだった巻島とクライマー対決をしようとするが、巻島には抜けた坂道の代わりにチームの先頭を走るという役割のため、その勝負を断る。だが、巻島は坂道が落車を乗り越えて、最後尾から上がって来る事を信じ、勝負を諦めていなかった。

落車を乗り越え100人抜きを達成し、チームに追いついた小野田坂道。それを受けて、総北高校と箱根学園の総雑な駆け引きが始まる。クライマー巻島・東堂、アシスト今泉・荒木田、そしてエース金城・福富。互角の勝負はゴール前まで続く中、虎視眈々とチャンスをうかがっていた京都伏見の一人の影がゴール直前にトップ争いに飛び込んでくる！インターハイ1日目の優勝、栄冠を手にするのは果たしてどのチームになるのか！？

インターハイ1日目は総北、箱根学園、京都伏見が撞同着1位という結果び終わり、そして2日目の朝を迎えようとしていた。だが、総北の田所はレース直前に体調を崩し、チームメイトに隠したままレースに挑み、スタートできずに立ち尽くしてしまう。その田所の異変に気づいた巻島は、田所を切り捨てて先頭集団に追い付こうとする。だが坂道は、金城から与えられたオーダーを守るため田所を救いに行きたいと巻島に懇願した……！

インターハイ2日目。先頭集団は箱根学園と京都伏見が競い合っていた。2日目のスプリントゼッケンを競って、京都伏見の御堂筋と箱根学園の新開が一騎打ちをすることに。体力を温存していた新開は、エーススプリンターとして本領発揮するが、御堂筋は密かに新開の弱点を握っていた。一方、出遅れた総北チームは苦戦を強いられていた。だが、劣勢のチームに追い付くため、坂道と田所は懸命にペダルを回す……！

インターハイ2日目。新開を破った京都伏見の御堂筋は、山岳リザルトも制し独走態勢に入った。だが、一度は力尽きたかのように見えた箱根学園のメンバーたちは再び追い上げを開始した。そしてもう１チーム。坂道ろ田所が合流したことで6人になった総北も、先頭集団に加わろうとしていた。焦った御堂筋は、今泉に目を付けてバランスを崩そうと試みるが……。2日目のゴールまで残り数㎞。三つ巴の戦いが、今始まる！

インターハイ2日目。総北、箱根学園、京都伏見の三つ巴の戦いが続く。ゴールまで残り1㎞。大きなクランクを利用して、一気に加速した御堂筋は、総北と箱根学園に決定的な差を付けて独走してしまう。だがエースの金城と福富はレースを諦めていなかった。金城と福富は1年前の因縁のレースを思い出し、懸命にペダルを回す。そして御堂筋もまた、幼い日の母との約束を胸に、最後の力を振り絞る。やがて2日目の決着の瞬間が近づいてきた……！

インターハイ3日目。各々の熱い想いを胸に最後のレースが始まる。坂道らチーム総北はライバルである箱根学園と協調を選び先頭集団に追いつくように懸命にペダルを回す。一方後方では伏兵広島呉南の待宮が知略をめぐらし大集団となって坂道に襲いかかる。恐怖を感じ取った坂道は広島チームを先頭集団に追い付かせないため箱根学園の荒木田に協調を持ちかける。坂道の本気を感じ取った荒木田は坂道と真波を引き連れ、待宮との対決に挑む！

広島呉南の待宮は京都伏見と強調して、一気にレースの主導権を握ろうとしていた。だが、荒北は待宮との真っ向勝負に出る。荒北は信頼するキャプテン福富との出会いを思い出し、力を振り絞る。一方、荒北の走りを見た坂道は、再びチームのためにペダルを回そうとする。だが、仲間を犠牲にして前に出る箱根学園が、総北の前に立ちふさがった……！ゴールまで残り30㎞。サバイバルレースの幕が切って落とされた！

ゴールまで残り30㎞。次々と仲間を犠牲にして加速していく箱根学園に、ついに総北が遅れを取ってしまう。金城たち3年生は箱根学園に追い付くため、自分たちが犠牲になって前に出ようとする。だが残り20㎞付近で、金城に最も恐れいたアクシデントが起こってしまうーー。一方、、3年生たちの意志を引き継いだ1年生、インターハイ3日目の終盤で彼らがとった行動とはーー！？

インターハイ最終日。ゴールまで残り15㎞。鳴子の激走を見届けた今泉はエースの自覚に目覚め、単独で先頭に躍り出る。追走する箱根学園の福富にリードを許さず、今泉は先頭をひた走る。一方、その少し後方では御堂筋が先頭に追い付こうとしていた。前に行く福富を守るため、箱根学園の真波は御堂筋に対決を申し出る。真波と御堂筋の追走に危機感を抱いた巻島は、エースとなった今泉を守るため、坂道に希望を託して背中を押した！

インターハイ最終日。今泉を下し、真波を送り出したことで勝ちを確信した箱根学園だったが、総北にはまだ坂道が残っていた。今泉に背中を押された坂道はチーム全員の想いを胸に真波と最後の勝負に挑む。ゴールまで残り2㎞。観客の大歓声の中、坂道と真波はゴールである富士山五合目に向かってひた走る！三日間に及ぶ熱き死闘のフィナーレを飾るのは、王者・箱根学園か、それとも総北か。坂道の最後の闘いが今始まろうとしていた。