Красавица Май Токиха и её болезненный младший брат Такуми получают приглашение на учёбу в престижную частную школу Фука, причём администрация школы выделяет им стипендию, что очень существенно для небогатой семьи, утратившей мать ещё в раннем возрасте. Плывя на пароме к месту учёбы, Май участвует в спасении едва не утонувшей странной девушки Микото, извлечённой из воды с огромным чёрным мечом. Однако это чуть не стоило жизни ей самой - на судно с целью убить Микото проникает другая странная девушка Нацуки, и в их завязавшемся поединке, в котором обе используют мощные магические силы, паром начинает разваливаться на части. Пытаясь защитить Микото от Нацуки и её робота-убийцы, Май внезапно открывает в себе HiME-способности - столь сильные, что Нацуки приходится ретироваться.

Так происходит знакомство Май Токиха с двумя другими девушками-HiME, вместе с которыми ей предстоит защитить учеников Фука от Сирот, таинственных монстров, угрожающих школе. Приключения только начинаются!