全國高中足球錦標賽的縣大賽決賽，高中一年級FW潔世一，因在球門前傳球給隊友，而錯過了晉級全國大賽的機會。而他，收到了「藍色監獄」的邀請函。那是為了讓日本得到世界足球盃冠軍，從300名高中生FW中，培育出「世界第一的前鋒」的機構。潔一行人在不知情的情況下，被聚集在狹小的房間裡，接受12人中淘汰1人的入住宿舍的測驗。

由神秘人物繪心甚八策劃的培育世界第一前鋒的「藍色監獄」計畫。擊敗對手活下來晉升到排名前五的人，六個月後將成為U-20W盃的FW；落敗的人則一輩子無法成為日本代表選手。繪心想要的自我中心的前鋒，究竟是什麼？潔一行人在戰鬥中倖存下來，並賭上足球人身的新試煉・邁向第一次的選拔賽。

首次選拔，藍色監獄五號樓離有V、W、X、Y、Z，五支球隊進行小組循環賽，前兩名的球隊才能晉級。潔一行人是排行墊底的Z球隊，第一場比賽挑戰X球隊。然而因為有條特殊規則為「全隊只有獲得最高分者能無條件獲勝」，造成比賽時不論是敵方還是我方，都因搶球而造成大混亂。改變整個局勢的是X球隊的強力前鋒・馬狼照英。

Z球隊被X球隊壓倒性的自我中心和實力的馬狼擊潰，Z球隊接受繪心的建言「持有屬於自己的武器」，在下場比賽前成員各自確認了自己的武器，但潔卻因找不到自己的武器而煩惱。此時，潔以與X球隊比賽時感受到的「進球的預感」為提示，挑戰下一場與Y球隊的比賽。

「進球的預感」，潔相信這股一瞬間的直覺而行動，與Y球隊的中心人物二子一揮進行了一場激烈的「識破」之戰。潔和二子掌握全場互相較量的自我中心，纏鬥到比賽的最後一刻，潔是否能突破二子的最終作戰「One Time Kill Counter」?

贏了Y球隊後，潔的排名上升了，並成為Z球隊的中心人物。下一次的比賽對手，是雙胞胎鱷間兄弟率領的W球隊。鱷間兄弟以眼神交流和驚人的默契為武器，阻擋在Z球隊前方。千切豹馬曾與他們是同一支球隊的成員，故意挑起了千切的心理創傷。雖然千切說，自己是為了放棄足球才參加「藍色監獄」；但在比賽中，久遠涉的活躍射門讓Z球隊領先，成員們士氣高昂的同時，潔嗅到球場上飄散出異樣的氣息……。

球隊Z因成員的背叛、武器和作戰計畫都被敵隊狀握，陷入12人對10人的狀態逼到絕境。看著Z球隊持續垂死掙扎的炙熱比賽，以及潔那堅信自己的純粹自我中心，點燃了千切心中的火苗。在3比4的劣勢中，千切解開了封印的武器，帶著心中深處的自我奔馳全場，戰況大幅地改變了。

Z球隊努力突破，設法從選拔賽中存活下來；然而因一人背叛，必須在最後一戰以球隊只剩十人的狀況下，挑戰五號樓最強的V球隊。即便是平手也會被淘汰，獲得勝利是唯一的晉級條件。潔為了讓球隊獲勝，以及奪取自己射門得分機會的「進球方程式」，而去見了某個人……。

與V球隊賭上命運的一戰，比賽上半場，被V球隊的主力前鋒凪誠士郎、御影玲王、劍城斬鐵三人的力量所鎮攝；尤其是足球經歷才半年就所向無敵的凪和玲王搭檔的強力攻擊，讓Z球隊非常挫折。就在大家已經放棄比賽時，蜂樂迴的球技，點燃了Z球隊的自我中心火苗。首次選拔賽最後一戰，極限狀態中，繪心所追求的「才能原石共同覺醒」，即將開始。

Z球隊在比賽中展現了他們的武器和自我中心，終於與V球隊同分，並掌握了比賽局勢；然而，這也快速推動了V球隊的怪物，凪因此覺醒了，連帶著潔找出善用自己武器的方法，並持續戰鬥著。雙方的自我中心因碰撞摩擦產生的「炙熱」，影響了在一旁旁觀的久遠……。

久遠的犧牲犯規為Z球隊帶來了最後一次的機會。拼死拼活的最後一球中，潔找到讓自己進化的最後一片拼圖。「覺醒」與「進化」，自我衷心的碰撞，藍色監獄首次選拔賽終於分出勝負。

眾多人被淘汰後，藍色監獄即將進入第二次選拔賽。至今的同伴將成為敵人，以往的強敵成為同伴，物換星移、立場反轉，這就是殘酷的第二次選拔賽。此時潔遇到最自我中心的天才・系師冴的弟弟－新藍色監獄排行第一的前鋒系師凜。為了追求更進一步的進化，潔的戰鬥走向新的舞台和全新的自我中心。

二次選拔賽的第三階段，是三人一組的球隊作戰，贏球的話便能從對方球隊中奪走一位選手的「奪敵決戰」。晉級到新階段的潔，和蜂樂、凪組隊，挑戰凜所率領的藍色監獄排行TOP3。潔球隊因率先得分而確切感受到自己的成長。然而，凜立刻射門得分後，整場氣氛立刻轉變。潔一行人感受到自己與TOP3之間的實力差距。

凜的球隊擁有壓倒性的能力與強烈的自私，輕易打敗了潔一行人。比賽結束後，蜂樂被奪走，潔和凪只能退到2對2的第二階段，重新來過。來到他們面前的是馬狼和前Z隊的成早，再次輸掉比賽就會被淘汰，這是一場沒有退路的戰鬥。即便是2對2，潔和凪的課題仍是要靠「個人的力量」去獲得勝利。然而，在尚未找到大案的情況下，賭上存活的新戰鬥又再次開始……

比賽開始後，馬狼靠著壓倒性的「自私」而射門得分，再加上被早已磨練好自己武器的成早耍得團團轉，潔和凪陷入了苦戰。成早為了追上馬狼和凪這類天才的程度，並且從藍色監獄活下來，而拼死拼活地努力射門得分。潔也是相同狀況，並靠著成早的行動找到屬自己「新武器」的鳳毛麟角。敵人與同伴，各種「自私」與「固執」互相碰撞而陷入極限狀態，潔終於開始「進化」。

潔在激戰最後，掌握到名為「適應能力」的新才能。馬狼加入後，三人為了邁向下場戰鬥而開始練習，潔希望同伴能夠互相理解，但馬狼的強勁「自私」和凪的「步調」完全不合，因此無法順利找到活化同伴武器的化學反應。整支球隊的氣氛低靡的情況下，命運的對手來挑戰3對3比賽了。

千切的速度、國神的強壯肉體、玲王的戰術眼，各自活用自己的武器，組成了毫無破綻的球隊。另一方面，凪和馬狼靠著個人的球技，勉勉強強能撐下來，但潔的這隻球隊仍然陷入苦戰。看著敵對的合作無間，分析隊友的個人球技，節找到使用「武器」的新方法，並更加進化。在這充滿「自私」漩渦的比賽中，掀起進化的浪潮。

充分了解彼此的武器後，潔和凪找到無數射門得分的球道。對比因應千切的進步，國神和玲王也奮起戰鬥，球場上陷入了攻防戰。此時，身為球場上的國王馬狼，卻因其他選手的「自私」持續進步，而被這樣的進化連鎖丟在一旁。於此同時，讓他想起之前被潔奪走球場的主角，敗北的感覺刻劃在心中的感覺，馬狼因此跌坐在地上。

馬狼身為球場上的「反派」身份覺醒，潔一行人在艱辛的比賽下終於獲得了勝利。為了引發更多化學變化，就要奪走能刺激隊友們「自私」進步的選手，前進到第四階段。另一方面，蜂樂與TOP3尋找下一場對戰隊手的期間，跟凜練習時，被看穿「怪物」的存在，重新面對自己的「自私」。

潔一行人重新挑戰曾經打敗過他們，奪走蜂樂的凜所率領的TOP3球隊。與強敵對戰中，「自私」持續產生化學變化，不斷成長後，4對4最終決戰的帷幕升起。潔、凪、馬狼、千切，每位選手活用自己進化後的武器，緊咬著TOP3的超決個人球技。然而蜂樂的傳球，讓這場比賽走向更加進化的道路……

節掌握了球場的未來，與擁有支配空間能力的凪合作無間，終於將把數追平為2比2。而這一連串的競賽中，凜心中的戰鬥之火被點燃了。掌握敵我方的能力、球、站位、思考…在球場上凜支配了一切，潔等人再次被逼到絕境。在混沌與自私碰撞中，有個人默默地將爪牙伸向凜所支配的比賽。

蜂樂甩掉心中理想存在的怪物後，屬於他的「自私」因此而覺醒。蜂樂至今一直追求著並駕齊驅的對手，如今拋下這個想法，決定自己射門得分時，相信蜂樂「自私」的潔，阻擋了他的射門。潔好不容易阻攔了射門，然而懸浮在空中的球卻是那的無情，接著便是迎來殘酷的獲勝……

潔被凜指名，跟蜂樂一同突破二次選拔賽；接下來等待五人的是，與世界級超級求興的5對5比賽。潔與蜂樂，在凜的帶領下成功先馳得一分，之後卻被強大實力的世界選拔隊給擊潰。即便如此，潔一行人仍要緊咬不放，運用著「自私」奮戰到最後一秒。為了誕生出全世界第一的攻擊球員，藍色監獄計畫進展到最新局面。