好不容易过了一段平和时光的9个人造人战士却因为世界上出现的危机而不得不重新回到战场上。

소년원을 탈출한 시마무라 죠는 수수께끼의 남자들에게 납치되어 사이보그로 개조된다. 수수께끼의 남자들은 세상의 그림자에서 암약하는 죽음의 상인 블랙 고스트(검은 유령)단의 앞잡이였으며 그들은 다가올 미래에 있을 커다란 전쟁에 대한 계획 중 일부인 사이보그 병사 계획의 시작품으로써 죠를 개조한 것이었다. 그 후 009(제로제로나인)라는 코드네임이 붙여진 죠는 그와 마찬가지로 블랙 고스트 단에게 납치되어 개조당한 제로제로 넘버 사이보그들과 그들을 개조한 장본인인 길모어 박사와 함께 블랙 고스트에서 탈출하고 사람의 마음을 가지고 있으면서 기계이기도 한 자신들의 존재와 슬픔을 가슴에 안고 블랙 고스트 단과 끝나지 않는 싸움을 계속한다.

Cyborg 009 narra la historia de nueve personas que han sido convertidas en cyborgs experimentales por una organización de malvados terroristas, Fantasma Negro. Estos nueve cyborgs, con la ayuda de un científico, se vuelven contra el control de dicha organización. Por este motivo, Fantasma Negro decide mandar más cyborgs con el fin de destruir a los nueve cyborgs rebeldes, causando la destrucción por todo el mundo.

Five years after the defeat of the Black Ghost organization and returning to their average lives, the 00 Cyborgs are called back into action to fight off cyborgs based off the Norse Gods, followed by a new enemy organization known as the Neo Black Ghost.

Nove ragazzi vengono rapiti dagli agenti di una organizzazione criminale chiamata "Fantasma Nero" (Black Ghost) e vengono tramutati in cyborg, ciascuno con i propri super poteri. I nove cyborg riescono a sfuggire al controllo di Black Ghost e, aiutati dal dottor Gilmore, iniziano la loro guerra contro l'organizzazione, il cui intento è di far scoppiare nuovi conflitti globali così da poter vendere le loro armi tecnologicamente avanzate al miglior offerente.

戦争と殺戮をもって、世界の影で暗躍する死の商人「ブラック・ゴースト団」。彼らによってサイボーグ戦士に改造された嶋村ジョーは「００９」と名づけられた。だがジョーは、同じくサイボーグ兵士の試作品として改造させられたゼロゼロ・ナンバーの８人と、彼らを改造したギルモア博士と共にブラック・ゴースト団に反旗を翻し脱走。人の心を持ちながら「人ではないもの」となってしまった悲しみを秘め、サイボーグ戦士たちは愛と平和のために戦い続ける。

Cinco anos após a derrota da organização Black Ghost e retornando às suas vidas normais, os 00 Cyborgs são chamados de volta à ação para lutar contra ciborgues baseados nos Deuses Nórdicos, seguidos por uma nova organização inimiga conhecida como Neo Black Ghost.