헤이안 말기의 교토헤이케 일문은 권력·무력·재력 등 모든 면에서 영화를 누리고 있었다. 천황을 능가하는 기세로 야심 찬 아버지 히라키요모리를 위태롭게 느끼는 장남 시게모리는 어느 날 밤 저택 안에서 비와법사 소녀 비와를 만나 헤이케의 멸망을 예언받는다. 시게모리와 비와는 함께 보이지 않는 것이 보이는 눈을 가진다는 공통점이 있었다.

쓰모리가 일왕의 섭정에 무례를 범해 제재를 받고, 이에 키요모리가 보복하면서 헤이케에 대한 비판이 분출한다. 시게모리는 수케모리를 이세로 근신시키고 자신도 직을 사퇴함으로써 조금이라도 비판을 다스리려 하지만 그것이 재미없는 키요모리. 그러던 중 나루코가 고지라카와 법황의 아들 다카쿠라 천황에 입내하기로 결정된다.

유성, 츠모리, 키요츠네 등과 함께 이츠쿠시마 신사로 향하는 비와. 입성한 지 6년이 되도록 아이를 가질 기미가 보이지 않는 토쿠코를 위해 일행은 이츠쿠시마 신사에서 춤과 기도를 올린다. 반면 시게모리는 고지라카와 교황과 대립하는 승려들의 호소로 골머리를 앓았다. 또한 그 이면에서는, 겐지의 힘을 빌어 헤이케를 토벌하는 밀의가 교환되려 하고 있었다.

시게모리의 죽음을 두고 「미래가 보여도 바꿀 수 없다」라고 한탄하는 비와. 왼쪽 눈은 어느새 시게모리의 눈과 같은 색이 되어 있었다. 시게모리를 대신해 동생 무네모리가 헤이케의 우두머리가 되지만, 고지라카와 교황은 헤이케의 세력을 깎으려고 움직이기 시작한다. 이에 반발한 키요모리는 세 가지 신기와 함께 어린 안토쿠 천황의 즉위를 서두른다.

헤니케의 비난이 강해지는 가운데, 쿄우로부터의 천도가 결정되어, 분주하게 이사를 준비하는 수케모리·키요츠네·비와. 도착한 후쿠하라의 해안에서, 형제들은 사촌이 다른 아츠모리와 만난다. 달을 보며 피리를 불며 잠시 교류를 즐기는 비와였지만 키요모리 저택에서는 괴이한 변고가 잇따르고 있었다.

이즈에 유배됐던 미나모토노 요리토모가 마침내 고지라카와 천황의 원선을 받아 거병했다. 총대장에 임명된 유성이 이끄는 평가의 군사는 부사천 전투에서 어이없이 패주하였고, 마침내 몰락의 빛을 짙게 하였다. 새해가 밝자 다카쿠라 상황이 위독 상태에 빠진다. 키요모리는 토쿠코에게 향후의 처신을 제안하지만...

키요모리의 죽음으로 흔들리는 가문을 떠나 어머니 찾아 헤맨 비와는 각지에서 헤이케와 겐지의 전쟁 상황을 전해 듣는다. 분투하는 지성(知盛)과 시게히라(重衡) 등을 거들떠보지도 않고 우두머리 무네모리는 궁에서 잔치 삼매의 나날을 보내고 있었다. 겐지 편을 드는 사람이 증가하는 가운데, 유모리는 키소 요시나카에게 대패해, 되돌릴 수 없을 정도로 정신적으로 궁지에 몰리고 있다.

수도를 버리고 서쪽으로 도망치는 헤이케 일문. 교대로 겐지의 백기가 펄럭이는 수도로 돌아온 비와는, 시즈오 마에등과 함께 단고를 목표로 한다.고지라카와 법황이 고토바 천황을 거느리고, 일찌기 시게모리를 섬기던 사람들도 차례차례로 겐지 쪽으로 돌아간다. 후쿠하라를 떨어지고, 다자이후로부터도 거부당하고, 피폐해 지면서 계속 걸어가는 일문은, 마침내 바다까지 쫓겨난다.

여행 끝에 어머니와 재회한 비와는, 재차 자신도 헤이케의 장래를 지켜봐, 계속 기도할 것을 결의하고 일문으로 돌아간다. 그러나 세이케이(清經)의 입수에 이어 아츠모리가 이치노타니 전투에서 전사하면서 잡힌 시게히라(重衡)는 가마쿠라로 보내지고 히라케(平家)는 다시 한 명 부족하게 되었다. 고통을 견디다 못한 유성은 출가를 결심하고 마지막으로 비와와 짧은 대화를 나눈다.

해가 바뀌어 계절은 겨울에서 봄으로. 결전은 야지마 전투에서 단노우라로 향한다. 쫓아온 사람은 겐지의 젊은 총대장 요시츠네. 거센 소용돌이에 겐뻬이의 배가 뒤엉키는 가운데 돌고래 떼가 몰려오더니 마침내 풍향이 바뀐다. 헤이케의 패배와 멸망이 엿보이는 가운데, 모두에게 용기를 북돋워 싸우는 무네모리와 토모모리. 세 가지 신기와 함께 제나라의 손을 잡을 때 비와는 그 모든 것을 눈에 담으려 하고 있었다.