Les otakus sont faits prisonniers depuis plusieurs années par le SSC, un organisme gouvernemental. Un mouvement s’est levé depuis pour résister contre cette tyrannie. Otaku Hero, le chef, en est le parfait exemple.

La vie reprend de plus belle à Akihabara. Au SSC, un soldat de choix est envoyé pour s’occuper des otakus, et notamment des magiciennes qui sont maintenant réunies. La résistance n’a qu’à bien se tenir !

Après avoir fait réparer son jouet auprès de Pink, Otaku Hero perd ce dernier dans la rivière. En voulant le récupérer, il fait face à des otakus d’ancienne génération, qui ne sont pas prêts à le laisser faire.

Une légende urbaine raconte qu’un individu peut décupler le pouvoir des magiciennes. Otaku Hero et les filles se rendent à Shibuya, en plein territoire ennemi, dans l’espoir de mettre la main sur ce produit magique.

La bataille contre le SSC fait rage. Otaku Hero et les magiciennes sont en route pour le front, l’occasion de rappeler au leader de la révolution sa rencontre avec les trois filles et leurs premiers mois ensemble.

Otaku Hero et les magiciennes sont pris au piège d’un roi céleste du SSC. Otaku Hero et Anarchy se trouvent rapidement isolés et vont devoir faire preuve de ruse s’ils veulent être à la hauteur de leur adversaire.

Pour révéler au monde entier leur passion, les otakus veulent mettre en place un event hors norme, du nom de « Spoiler ! ». Otaku Hero, plein de bonne volonté, aura pourtant du mal à se projeter sur une telle entreprise.

Un frère sans corps et une sœur muette, à la botte du SSC, viennent gâcher la fête des otakus. Blue et Pink feront des pieds et des mains pour faire face aux attaques plutôt originales de l’ennemi.

La menace de Slayer est prise très au sérieux par le groupe révolutionnaire. Otaku Hero ne se morfond pas pour autant et compte bien devancer l’ennemi avant qu’il ne les attaque.

Shobon est un être mystérieux qui semble tirer les ficelles de ce monde. Il n’empêche, pendant ce temps, les magiciennes font face à leurs ennemies, elles aussi pourvues de magie. Slayer, notamment, donnera tout contre Anarchy.

Otaku Hero n’en croit pas ses yeux : ses amies magiciennes ne le reconnaissent plus et sont passées dans le camp ennemi. Et si les otakus pensent avoir pris le Parlement, tout se passe finalement à Akihabara…