Wir schreiben das Jahr 2008: Otakus in ganz Japan stehen auf einmal vor leeren Läden, sämtliche Otaku-Güter wurden ohne Vorankündigung beschlagnahmt. Doch das ist nur der Anfang. Bald darauf beginnt die als „Obhutmaßnahme“ bezeichnete Massenhafte Deportierung von Otakus. So dauerte es nicht lange, bis Otakus aus der Öffentlichkeit verschwanden. Jedoch regt sich Widerstand, eine Gruppe Otakus um Otaku-Held und das Magical Girl Anarchy sagen dem System den Kampf an.

Um die Shobon-Armee zu besiegen, benötigt die Revolutionsarmee alle drei Magical Girls. Mit Blue befreit heißt somit ihr nächstes Ziel Pink. Nach etwas Recherche ist sie schnell gefunden, doch sie hat keinerlei Lust, ihr Versteck zu verlassen. Und so bleibt Blue und Anarchy nichts anderes übrig, als sich auf ein Kräftemessen mit dem dritten Magical Girl einzulassen.

Die Revolution erhält Zulauf, mehr und mehr Otakus schließen sich der Sache an. Doch auch Shobon und die SSC haben noch einiges auf Lager. Diesmal schicken sie einen riesigen Kampfroboter gegen Otaku-Held und seine Truppe ins Feld. Wird es den drei Magical Girls mit vereinten Kräften gelingen, diesen überdimensionalen Feind zurückzuschlagen?

Otaku-Held wird auf der Suche nach einem alten Spielzeugroboter von einer Meute Otakus mittleren Alters angegangen. Schnell wird klar, dass sich die beiden Parteien nicht einig werden, obwohl sie alle Otakus sind. Aber Blue hat eine Lösung, ihr zufolge der beste Weg, um andere verstehen zu lernen: Ein Schwimmturnier!

Otaku-Held erfährt von Nick, dass es in Shibuya jemanden gibt, der möglicherweise die Kräfte der Magical Girls um ein Vielfaches verstärken kann. Ihn aufzusuchen bedeutet allerdings, sich aus der relativen Sicherheit Akibas zu wagen. Aber wer nicht wagt, der nicht gewinnt und so brechen sie auf in Richtung Shibuya.

In derselben Nacht, in der Otaku-Held und die Magical Girls Nakano ein zweites Mal erstürmen, entfesselt die SSC eine Großoffensive auf die in Akiba verschanzten Otakus, die der SSC ohne die Magical Girls hilflos ausgeliefert sind. Zudem werfen wir einen Blick zurück auf jenen schicksalhaften Abend, als Otaku-Held die Magical Girls vor seiner Tür fand und den darauffolgenden Anfang der Revolution.

Als Otaku-Held und die Magical Girls nach Akiba zurückkehren wollen, um ihren Kameraden im Kampf beizustehen, werden sie von Adam abgefangen. Einem ehemaligen, angehenden Pro-Gamer, der zur SSC überlief. In seinem selbst erschaffenen Cyberspace in seinem Kopf sind unsere Protagonisten ihm scheinbar hilflos ausgeliefert. Doch zum Glück haben Otakus eine Geheimwaffe.

Die große geheime Untergrundparty der Revolutionsarmee wird von zwei ungebetenen Gästen gestört, die sich als Teil der vier Himmlischen Könige SSCs vorstellen. Während Anarchy und Otaku-Held die anderen Otakus in Sicherheit bringen, stellen sich Blue und Pink den beiden Eindringlingen. Doch schnell wird klar, dass sie ihnen nicht gewachsen sind. Ihnen bleibt nur noch eine Hoffnung: Der Stoff vom Meistermixer.

Von Slayers Machtdemonstration im Kern erschüttert, beginnen die Otakus den Mut zu verlieren. Doch Otaku-Held hat einmal mehr einen Plan in petto, der sie neuen Mut schöpfen lässt. Und dieser lautet: Slayers angekündigte Abwesenheit im Hauptquartier der SSC ausnutzen, um selbst einen Angriff auf dieses zu starten und dabei den Kopf der SSC, Shobon, aus dem Weg zu räumen.

Der große finale Kampf der Magical Girls ist im Gange: Blue und Pink stehen Ebenbildern von sich selbst gegenüber, während Anarchy sich mit Slayer befasst. Doch wie Otaku-Held mit Schrecken erfuhr, ist all das Teil von Shobons Skript, in dem alles, was bisher geschah und was geschehen wird, bereits schwarz auf weiß festgehalten ist. Wird es den Otakus und den Magical Girls gelingen, aus Shobons Skript auszubrechen?

Shobon offenbart Otaku-Held, dass seine gesamte Welt nur ein Spiel ist, ein Zeitvertreib für ein Wesen namens Origin, das er in dieser Welt als Kyoutarou kennt. Zudem ist es ihm gelungen, die Magical Girls in Magical Destroyers zu verwandeln, die nun für seine Sache kämpfen. Bedeutet das nun das endgültige Aus für die Otakus?