背景发生在2100年，故事开始时，一个叫魔法之门的服务器遭到来自外太空的电脑病毒入侵以致瘫痪，并企图征服全地球，守卫魔法之门的十三个网络骑士当中十二个受病毒操控，主角的弟弟被困，于是主角健与最后一名网络骑士并肩作战，唤醒了所有网络骑士。 经过连场激战后，电脑病毒实体化，然而由于健的努力最后被消灭。

서기 2100년. 세계는 컴퓨터 네트워크 '월드 링크'에 의해 연결되어 있었다. 월드 링크에 존재하는 세계의 어린이들이 교류할 수 있는 가상체험세계 '매지컬 게이트'. 이곳에 악성 자립 컴퓨터시스템 '딜리트로스'가 출현해 월드 링크를 잠식하고 최종적으로는 인간세계를 소멸시키려는 음모를 꾸민다. 매지컬 게이트를 지키는 방위 프로그램 '웹나이트'중 한명인 그라디온은 자신과 싱크로 가능한 소년 '웹다이버' 유우키 켄토와 만나게된다. 최고의 파트너이자 친구인 켄토와 함께 세뇌된 다른 웹나이트들과 싸워나가는 그라디온. 이들은 켄토의 동생 카이토, 라이벌 나오키, 쇼우등을 비롯 전세계의 아이들을 구하며 매지컬 게이트의 평화를 지켜나간다.

In the year 2100, children have become Web divers and uploaded their consciousness onto global computer networks. They play in a cyber park called the Magical Gate. One day, a mysterious computer virus appears and begins to destroy the Magical Gate. Programs called Web Knights were created to protect the children from the virus but the virus turned all the Web Knights against the children. The only Web Knight to escape this is Gladion. Gladion seeks the help of Kento Yuki, a Web Diver who is in the fourth grade.