Der Unfall hat große gesellschaftliche Folgen. Jesse beendet die Reha erfolgreich. Skyler konfrontiert Walter mit seinen Drogengeschäften und sucht eine Scheidungsanwältin auf. Walter lehnt einen neuen Deal mit Gus ab. Währenddessen kommen Tucos Cousins, um Walter zu töten.

Walter zieht wieder Zuhause ein. Skyler will Walter aus dem Haus werfen lassen, möchte aber nicht, dass Walter Jr. ein schlechtes Bild von ihm bekommt. Gus schützt Walter vor Tucos Cousins. Skyler beginnt eine Affäre mit Ted, ohne es Walter zu verschweigen.

Walter will mit Ted abrechnen, wird aber von Saul aufgehalten. Jesse bezahlt mit blauem Meth und startet Geschäfte mit Gus, wobei Walter an Jesses Gewinn beteiligt wird. Hank soll wieder nach El Paso. Er schiebt das in Umlauf gebrachte Meth als Grund vor, um zu bleiben.

Walter unterschreibt die Scheidungspapiere, nachdem er von Gus überzeugt wurde, in einem Labor für ihn zu arbeiten. Skyler kommen derweil Zweifel an ihrer Affäre. Gomez fährt statt Hank nach El Paso. Hank, um den Marie besorgt ist, findet währenddessen eine neue Spur im Fall Heisenberg.

Walter zieht um und tritt seinen neuen Job mit dem neuen Gehilfen Gale Boeticher an. Jesse baut sein eigenes Drogengeschäft auf. Hank findet den Wohnwagen auf einem Schrottplatz. Jesse und Walter locken ihn unter dem Vorwand, Marie läge im Krankenhaus, weg und verschrotten den Wohnwagen.

Hank schlägt Jesse krankenhausreif und wird vom Dienst suspendiert. Jesse schwört Rache. Walter engagiert ihn deshalb als neuen Gehilfen im Labor. Hank vertraut sich Marie an. Die Cousins versuchen Hank zu töten, dabei stirbt ein Cousin und Hank wird schwer verletzt.

Hank liegt mit kritischem Zustand im Krankenhaus. Walter, Skyler, Marie und Walter Jr. warten auf eine Nachricht der Ärzte. Jesse kann alleine nicht arbeiten, hat aber mit Walter eine Frist einzuhalten. Gus lässt währenddessen seine Konkurrenz und Tucos Cousin beseitigen.

Walter bestätigt, ein Jahr lang für 15 Millionen Dollar bei Gus zu arbeiten. Jesse zweigt Meth ab und baut seinen eigenen Vertrieb auf. Hank braucht eine Therapie, die Kosten dafür soll Walter übernehmen, der das Geld laut Skyler beim Kartenzählen verdient hat.

Walter hält eine Fliege im Labor für eine Kontaminierung und will erst wieder kochen, wenn diese beseitigt ist, dabei schlägt er sich den Kopf an. Als Walter und Jesse, der am darauf folgenden Tag hinzu kommt, die Jagd aufgeben wollen, erwischt Jesse die Fliege.

Skyler hat sich nicht von Walter scheiden lassen und möchte sich um seine Geldwäsche kümmern. Jesse lernt bei den anonymen Drogensüchtigen Andrea kennen. Ihr elfjähriger Bruder Tomas dealt und hat Combo erschossen. Hank will nicht aus dem Krankenhaus entlassen werden.

Jesse versucht die zwei Dealer zu vergiften, die Tomas als Dealer und Mörder engagiert haben. Er wird von Gus aufgehalten, da diese für ihn arbeiten. Hank verlässt das Krankenhaus. Die Dealer töten Tomas. Jesse wird rückfällig und will die beiden endgültig beseitigen. Walter kommt ihm zuvor.

Jesse ist auf der Flucht. Gale ist wieder eingestellt und soll bald Walters Posten übernehmen. Dieser will Gale töten, damit er, als einziger Meth-Koch, unabdingbar ist. Als Victor ihn jedoch spät abends in die Wäscherei holt, ruft er Jesse an, der den Job übernehmen muss. Daraufhin fährt Jesse zu Gales Wohnung und erschießt ihn.