Terwijl Hank druk bezig is met het onderzoek naar de grote drugsbaron Gus Fring, moeten Walt, Jesse en Mike beginnen aan het uitwissen van hun sporen.

Walt en Jesse zoeken een nieuwe partner voor hun zaak. Ondertussen vindt de DEA steeds nieuwe bijzondere aanwijzingen in de zoektocht naar Heisenberg.

Walt en Jesse beginnen samen met Mike aan hun nieuwe zaak. Ondertussen gaat Mike op bezoek bij alle betrokkenen van Gus Fring, om zeker te weten dat ze hun mond zullen houden tegen de FBI en DEA.

Terwijl Jesse met Lydia, een nieuwe partner in crime, samenwerkt wil Walt graag zijn verjaardag vieren. Skyler trekt het leventje echter niet meer.

Om aan nieuwe methylamine te komen besluiten Walt, Jesse en Mike - in samenwerking met Todd - om een trein te overvallen.

Na de gruwelijke gebeurtenissen na de treinroof zijn Mike en Jesse klaar met de zaak, terwijl Walt juist door wil gaan met koken. Mike wordt ondertussen goed in de gaten gehouden door de DEA.

Terwijl Hank iemand heeft gevonden in de contacten van Mike die wil praten, stappen Mike en Jesse uit het wereldje. Walt wordt gekoppeld aan een nieuwe belangstellende koper voor zijn product.

Walt heeft een plan om de betrokkenen van Mike uit te schakelen en heeft hiervoor de hulp nodig van de oom van Todd.

Hank weet dat Walter White de Heisenberg is die hij al lange tijd zoekt. Walt probeert al zijn sporen te wissen, terwijl Skyler bezorgd is dat Hank en Marie de kinderen van hen zullen wegnemen.

Todd heeft de zaak van Walt overgenomen. Ondertussen heeft Walt een nieuw idee om het Hank heel moeilijk te maken.

Hank legt contact met Jesse en probeert via hem de waarheid boven tafel te krijgen. Jesse besluit om met Hank samen te werken om Walt uiteindelijk te pakken te krijgen.

Hank en Jesse hebben een manier bedacht om Walt te pakken te krijgen, maar ondertussen heeft Walt de oom van Todd ingehuurd om Jesse te vermoorden.

Jesse wordt ontvoerd door de oom van Todd, terwijl Walt wordt achtergelaten in de woestijn en zichzelf moet zien te redden. Ondertussen vindt Skyler het tijd dat haar zoon de waarheid te horen krijgt.

Terwijl Jesse verplicht moet werken bij de oom van Todd, heeft Walter een nieuwe identiteit gekregen en zit, ergens ver weg en afgelegen, verstopt voor iedereen.

Walt keert terug met nog één laatste doel; hij wil geld aan zijn familie geven, Jesse bevrijden en wraak nemen op de oom van Todd.