Les temps changent : le paysage établi, dominé par l'alliance Soprano-Lupertazzi, se voit bouleversé par une vague de crimes organisés. Dans le même temps, Janice tente de rétablir tant bien que mal la tradition du déjeuner dominical en famille alors que Carmela et A.J. font l'expérience d'une certaine faune locale. Christopher lui, las de récolter des factures, entend bien changer cette habitude et c'est Paulie qui en fait les frais. Quant à Tony, il essaie de présenter à sa psychologue, le docteur Melfi, son « autre » lui...

Un entrepreneur offre à Tony un tableau en gage de remerciements que celui-ci s'empresse de faire estimer. C'est aussi le temps des retrouvailles avec son cousin, Tony Blundetto, tout juste libéré sur parole. Pendant ce temps, Paulie et Christopher se remémorent de vieux souvenirs et Carmela organise une nouvelle soirée ciné-club. Et alors qu'Adriana se bat avec son sentiment de culpabilité, une des grandes figures de la famille trépasse...

Comme Carmine Lupertazzi est mort sans nommer de successeur, Johnny Sack est bien déterminé à prendre le contrôle du secteur new-yorkais. Et lorsque Lorraine Calluzzo manque de lui payer sa part des gains, il lui envoie un avertissement vigoureux. Lorraine appelle Tony à la rescousse et ce dernier tente de négocier avec Johnny. Parallèlement, Feech la Manna, en conditionnelle, se querelle avec Paulie pour une affaire de territoire et de paysagistes. Chez lui, Tony ne supporte plus les remarques critiques d'Oncle Junior. Et lorsque le vieil homme, déboussolé, part dans la rue à la recherche de son frère décédé, Tony refuse d'aider sa soeur à le retrouver...

Alors que la guerre des territoires engagée entre Johnny Sack et le petit Carmine compte ses premières victimes : Lorraine Calluzzo et son homme de main Jason Evanima. Tony voit son autorité remise en cause par le vieux Feech La Manna, qui maintenant qu'il est libéré de prison n'hésite pas à réclamer et à prendre sa part du jeu. À la maison, Carmela fait part à Tony de son inquiétude à propos d'A.J. et, après que ce dernier soit rentré tard d'un concert, prend une décision importante pour l'adolescent...

Malgré ce qu'elle affirme à l'agent du FBI Sanseverino, Adriana se sent de plus en plus attirée par Tony, beaucoup plus prévenant à son égard que Christopher. Lors d'une soirée au Crazy Horse, après une ligne de coke et quelques parties de fléchette, Tony la prend dans ses bras un peu plus longtemps que nécessaire. Un événement émotionnel qui précipite Tony chez sa psy, le Docteur Melfi. Peu après, un soir, Tony a un accident de voiture. Sa passagère, Adriana, est légèrement blessée. Dans le milieu, des rumeurs commencent à circuler...

Tout en s'entraînant pour devenir masseur, Tony Blundetto travaille dur pour gagner sa vie honnêtement dans une laverie. Tout semble aller pour le mieux et son patron lui propose même de financer son salon de massages. Jusqu'au soir où, accompagné de sa petite amie Gwen, Tony B. découvre un sac empli d'argent et de drogue. Pendant ce temps, Carmela rencontre M. Wegler, le conseiller d'A.J. Junior, à propos de ses résultats scolaires très médiocres. Bientôt, Wegler la persuade d'accepter son invitation à déjeuner...

Alors qu'il assiste aux funérailles de sa tante Concetta, Tony décide de se recueillir sur la tombe de ses parents. Il y retrouve une séduisante sexagénaire, appelée Fran Felstein, et comprend qu'il s'agit de la maîtresse de son père. Curieux, il commence à passer du temps en sa compagnie et découvre la vérité sur certains événements de son enfance. Elle lui apprend également que Hesh ne lui a pas donné sa part d'héritage. Tony décide de la récupérer pour elle...

Si Tony fait son possible pour ne pas interférer dans la bataille new-yorkaise, face à Johnny Sack, il est obligé de reconnaître sa responsabilité dans les dommages causés à la voiture de Phil Leotardo et accepte de prendre en charge les réparations. Parallèlement, l'équipe du petit Carmine tente de recruter Tony Blundetto afin de venger Lorraine Calluzzo. Carmela, de son côté, a organisé une fête pour les 75 ans de son père, Hugh, et selon les désirs de celui-ci a été contrainte de convier Tony...

En remarquant la blessure au pied de Tony Blundetto, Tony pense que ce dernier est mêlé au meurtre de Joe Peeps. Et, alors que ses crises d'anxiété recommencent, il décide de confronter son cousin avec ses informations. Carmela a décidé d'entamer les procédures de divorce et rencontre d'énormes difficultés à trouver un avocat acceptant de défendre sa cause. Quant à Meadow, elle voit sa relation avec Finn prendre une nouvelle tournure...

Après l'annulation d'une livraison de scooters, Tony réalise avec rage qu'il a été floué par Johnny Sack. Janice s'emporte lors d'un match de football auquel participe Sophia et s'attaque brutalement à la mère d'une des adversaires qui a fait tomber sa belle-fille. Après l'incident, Bobby et Tony demandent à Janice de suivre une thérapie pour calmer son tempérament bouillonnant. Peu après, Tony apprend que l'oncle Pat Blundetto a vendu son terrain à un promoteur immobilier et charge Christopher et Tony B. d'enlever au plus vite les cadavres enterrés dans la propriété...

À New York, Tony rencontre Johnny à propos du sort de Tony Blundetto qui a liquidé Joe Peeps et Billy Leotardo. Cependant, malgré la position délicate dans lequel son cousin l'a mis, Tony décide de continuer à le protéger. Plus tard, il se réconcilie avec Carmela et, après avoir promis d'être fidèle, retourne s'installer dans leur maison. Pendant ce temps, dans les bureaux du FBI, Adriana est sur le gril. Pour avoir fait obstruction à la justice, elle risque 25 ans de prison. En dernier recours, elle promet de convaincre Christopher de trahir la « Famille ». Quelques heures plus tard, Tony l'appelle et l'informe que Christopher est hospitalisé pour une tentative de suicide...

Dans ce dernier épisode, Carmela s'inquiète du futur d'A.J., Christopher trouve une raison à la disparition d'Adriana et Tony, seul, doit faire un choix difficile concernant son cousin, Tony Blundetto, toujours recherché par les hommes de Johnny Sack. Peu après, une visite inattendue du FBI sème un vent de panique...