当考森一行人从餐厅“消失”后，单独留下的费兹很快就被军方逮捕至军方基地“蓝鸦岭”（Blue Raven Ridge），针对行刺塔伯特以及梅斯局长与霍登身亡等等案件进行盘问。关押的六个月期间，费兹得到特殊优待而试图协助军方找出考森等人的下落，但始终未果而将面临终身监禁，直到他所寄出的读者邮件引起老伙伴兰斯·杭特注意。

主角一行人通过巨石穿越回还安好的地球，在灯塔里还有另一永生人等待着他们，他们发现了疑似前文提到的世界末日来临前的一束光，于是动身前往一探究竟并努力阻止末日来临。还有一个令人惊喜的人也出现在了地球上......

发射器爆炸，产生了“恐惧裂缝”，自知时日不多的寇森主动要求去修复裂缝，同时寇森安排迪克出去邀请神盾局旧友前来参加科学宝宝婚礼。

费兹表示急需更多重力𬭩来维持裂缝封闭，考森于是率队寻找“原则号”：一艘赛博科技企业名下的运输船，其在运送先前被伊恩·奎恩夺走的大型重力𬭩渡海途中于雷暴中神秘失踪。为了寻找前赛博科技职员，考森等人找上一向负责帮人建立新身份的东尼·凯恩，其曾经是麦克的神盾局学院室友，通过他提供的几个前职员，一直没问出船的所在地。

由于恐惧维度即将再次打开，加上无法将刚获取的重力𬭩放置入新仪器，费兹开始陷入焦躁、彻夜不眠地思考解决方案，而在框架世界中的的邪恶费兹则以恐惧化身的方式出现在他面前。两个费兹以这场危机的解决方案发生争论，而邪恶费兹则先下手为强，重启从原则号上带回来的机械士兵袭击医疗站的麦克和埃琳娜，并抓走独身在地下的黛西去做手术，打算取出她头部上的抑制器来恢复其异能，以此来解决面对的重力𬭩问题。

1990年，少女时期的海尔于蓝鸦岭基地的九头蛇秘密学院中以第一名成绩毕业，除了跟她同期毕业的贾斯伯·西德维尔和沃夫冈·冯·史特拉克被分派到各个地点服务以外，她被丹尼尔·怀特霍分配到美国空军卧底，同时被选中执行人工受精而怀上女儿露比作为九头蛇的未来领袖。如今，塔伯特虽然从昏迷中清醒，但因丧失情绪控制而导致其家人全部远离他。

海尔持续寻找粒子注入舱的过程中，意图用克瑞尔作为先行实验对象，对此不满的露比怀疑克瑞尔会霸占她梦想的一切，于是和沃纳密谋并寻找更多答案。当克瑞尔和重力𬭩短暂进行身体接触后，脑中开始浮现富兰克林·霍尔的记忆以及其对考森的憎恨，克瑞尔去找考森对峙时得知塔伯特也被拘禁于此后，才暂时跟考森合作解救出塔伯特。

露比为了让母亲改变对她的看法，独自通过转移仪器来到考森和塔伯特所在的雪山地区并追上他们，所幸黛西带人及时赶来将他们救走。黛西独自对抗梦想能击败她的露比，留下来支援她的迪克却因此中枪伤，让她们搭机撤回灯塔。伤势严重的迪克因为性命不保，麦克和派珀合作进行紧急治疗才使迪克稳定，而迪克在神志不清的情况下说出他其实喜欢黛西。

海尔从克瑞尔口中得知困于重力𬭩里的霍尔和奎恩，意识到女儿在玩火自焚。这时，黛西和梅刚好攻入她的基地，海尔带头对黛西和梅投降后，希望她们能协助自己去拯救露比。另一边，费兹和洁玛修零件时想尽办法拖延时间，但露比开始用严刑来强制他们修复完重要零件后，不听劝阻并迫不及待地进入注入舱，开始将重力𬭩注入她的身体里。

塔伯特协同著考森搭上联盟星舰，原本让夸瓦斯感到不满，但塔伯特展示他刚获得的强大重力操纵之能力并杀死一个士兵后，才让夸瓦斯带头跪地投降。在考森的提议下，塔伯特跟随夸瓦斯会见他在内的联盟六大领袖，由于没人肯让人类加入联盟，塔伯特杀死其中一位领袖后获得当中的克里人领袖塔瑞恩之尊敬，其身为卡塞尔斯的父亲。塔瑞恩告知说地球另一处正在遭受泰坦霸王萨诺斯等党羽的大举入侵，因此提议塔伯特去寻找并吸收藏于地表下的未开发之重力𬭩，增强力量而有能力和萨诺斯对抗。