Coulson y los agentes de S.H.I.E.L.D. son empujados hacia atrás en el tiempo y varados en la ciudad de Nueva York de 1931. Con el nuevo Zephyr listo para saltar en cualquier momento, el equipo debe darse prisa para averiguar exactamente qué sucedió. Si fracasan, significaría un desastre para el pasado, el presente y el futuro del mundo.

Con la identidad del "hilo" que desvela la línea de tiempo, la misión del equipo de protegerlo a toda costa lleva a cada agente a cuestionar sus propios valores.

Un salto sorpresivo en el tiempo deja a Enoch en 1931 y aterriza al equipo en otra década desconocida; Para evitar que las cronicidades inicien su plan de desmantelamiento futuro, los agentes deben infiltrarse en una de las bases más seguras de S.H.I.E.L.D.

El agente Phil Coulson se da cuenta de la importancia del 22 de julio de 1955 en los libros de historia de S.H.I.E.L.D..

El equipo, con Daniel Sousa a cuestas, se reúne con varias caras familiares en el S.H.I.E.L.D. hangout y descubren exactamente cómo desmantelar el último plan de los Chronicoms; el Zephyr salta inesperadamente hacia adelante de nuevo.

El riesgo es más alto que nunca cuando, después de exponerse y dañar el Zephyr en el proceso, el equipo debe luchar para rescatar a los padres de Mack, salvar S.H.I.E.L.D. de una infección crónica, y arreglar la nave ... todo antes del próximo salto de tiempo. Mientras tanto, Daisy y Sousa se encuentran en desventaja frente a un hambriento de poder, Nathaniel Malick y sus matones, y Coulson tendrá que hacer lo que mejor sabe hacer para salvar el futuro.

Después de quedarse inesperadamente varado en 1982, Mack se retira a la casa de su infancia para procesar la muerte de sus padres, mientras Deke se pone a trabajar en la búsqueda de un grupo de nuevos agentes. Sin tener idea de si el equipo volverá a por ellos o cuándo, el tiempo parece estar finalmente de su lado ... al menos hasta que aparezcan los robots asesinos.

Con el mal funcionamiento de la unidad de tiempo del Zephyr, el equipo está literalmente lanzándose hacia el desastre y Yo-Yo puede ser su única esperanza. ¿El único problema? Para recuperar sus poderes, necesitará contar con la ayuda de un viejo adversario y volver a visitar parte de su pasado escondido por mucho tiempo.

Una tormenta temporal arrasa el Zephyr, impulsándolo hacia la destrucción mientras que simultáneamente obliga a Daisy y Coulson a revivir sus intentos fallidos de salvar al equipo una y otra vez, hasta que encuentren una solución o sean tragados por la tormenta. Llegar a su próximo destino requerirá la confianza, el coraje y el sacrificio de todos a bordo, pero todo se reducirá a tener suficiente tiempo.

Después de que el sacrificio de Enoch los expulsó de la tormenta del tiempo, el equipo llega en 1983, donde Nathaniel y Kora están trabajando arduamente para construir un ejército de Inhumanos anarquistas seleccionados a mano en Afterlife. Cuando los agentes se separaron para cubrir más terreno, Daisy tiene la tarea de proteger a Jiaying y se ve obligada a confrontar a su madre por primera vez desde su muerte; mientras que los demás aprenden rápidamente que deberán enfrentarse a otro ex enemigo sobrealimentado para detener a Malick.

Con la ayuda de Kora, Sibyl y Nathaniel continúan su lucha para dar forma a un nuevo y oscuro futuro para S.H.I.E.L.D., logrando mantenerse un paso por delante de los agentes. Si el equipo quiere cambiar esto, tendrán que ser creativos, y tal vez incluso un poco fuera de este mundo.

Con la espalda contra la pared y Nathaniel y Sibyl cada vez más cerca de eliminar a S.H.I.E.L.D. Según los libros de historia, los agentes deben confiar en sus fortalezas para ser más astutos y sobrevivir a los Chronicoms. Esta es su pelea más importante y necesitarán la ayuda de amigos y compañeros de equipo, pasados y presentes, para sobrevivir.