Coulson en de agenten van S.H.I.E.L.D. worden teruggedreven in de tijd en strandden in 1931 in New York City. Nu de geheel nieuwe Zephyr op elk moment op tijd springt, moet het team zich haasten om erachter te komen wat er precies is gebeurd.

Nu de identiteit van de tijdlijn-ontrafelende 'draad' is onthuld, leidt de missie van het team om hem ten koste van alles te beschermen en lijdt het ertoe dat elke agent zijn eigen waarden in twijfel trekt. Is het behoud van de toekomst van de wereld zoals ze die kennen de vernietiging waard die ze kunnen voorkomen?

Een verrassende sprong voorwaarts in de tijd heeft Henoch in 1931 gestrand en is het team weer in een onbekend decennium beland. Om te voorkomen dat de kronieken hun nieuwste plan voor de ontmanteling van de toekomst lanceren, moeten de agenten infiltreren in één van de veiligste bases van S.H.I.E.L.D.

Het was gewoon weer een gemiddelde ochtend op 22 juli 1955, toen agent Phil Coulson het belang van die dag in de S.H.I.E.L.D. geschiedenisboeken las. Met een chip op zijn schouder en een genre-buigende storing in zijn systeem, had hij een reeks gebeurtenissen in gang gezet die hopelijk de tijdlijn zoals we die kennen zou behouden en ervoor zou zorgen dat die vervelende kronieken het einde krijgen dat ze verdienen. Wat kan er fout gaan?

Na een hobbelige landing in het disco-decennium, herenigt het team - met Daniel Sousa op sleeptouw - zich met meer dan één bekend gezicht op de S.H.I.E.L.D. ontmoetingsplek en ontdekt precies hoe het nieuwste plan van Chronicoms moet worden ontmanteld. Maar wanneer ze te dichtbij komen voor comfort, springt de Zephyr onverwacht weer naar voren, deze keer tot een datum die niet alleen cruciaal is voor de toekomst van S.H.I.E.L.D. maar ook voor de toekomst van directeur Mack.

Nadat het team zijn dekmantel heeft opgeblazen en daarbij de Zephyr heeft beschadigd, moet het proberen om de ouders van Mack te redden.

Nadat hij in 1982 was gestrand, trekt Mack zich terug in zijn ouderlijk huis om de dood van zijn ouders te verwerken; Deke scout een groep nieuwe agenten.

Omdat de tijdrit van de Zephyr niet goed werkte, haastte het team zich naar een ramp met Yo-Yo als enige hoop; Yo-Yo moet de hulp inroepen van een oude tegenstander om haar krachten te herwinnen.

Een tijdstorm verwoest de Zephyr, die hem naar de vernietiging drijft en tegelijkertijd Daisy en Coulson dwingt hun mislukte pogingen om het team te redden, opnieuw te beleven.

Het team arriveert in 1983, waar Nathaniel en Kora hard aan het werk zijn om een leger op te bouwen; Daisy heeft de taak Jiaying te beschermen; de anderen leren dat ze het tegen een andere supercharged vijand moeten opnemen om Malick te stoppen.

Sibyl en Nathaniel zetten hun strijd voort om een duistere nieuwe toekomst voor S.H.I.E.L.D. vorm te geven en slagen erin de agenten een stap voor te blijven. Als het team deze omdraait, zullen ze creatief moeten worden, en misschien zelfs een beetje niet van deze wereld.

Met hun rug tegen de muur en Nathaniel en Sibyl steeds dichter bij het elimineren van S.H.I.E.L.D. uit de geschiedenisboeken moeten de agenten vertrouwen op hun sterke punten om de Chronicoms te slim af te zijn en te overleven. Dit is hun belangrijkste gevecht, en het zal de hulp van vrienden en teamgenoten uit het heden en verleden vergen om te overleven.