Sono sei mesi che Dexter e' sposato con Rita e fatica ad adattarsi alla sua nuova vita: ha problemi di insonnia, che lo mettono in grave difficolta' sul lavoro e gli fanno commettere addirittura un madornale errore in un'aula di tribunale.

Dopo l'incidente Dexter non ha ferite gravi, tuttavia e' confuso e non riesce in nessun modo a ricordare dove ha nascosto il corpo della sua ultima vittima... Nel frattempo il Trinity Killer e' tornato in azione, e sta scegliendo una nuova vittima.

Mentre Rita e i bambini sono fuori citta', Dexter finalmente puo' dedicarsi ad una nuova vittima e concentra tutte le sue attenzioni su Zoey Kruger, una poliziotta che ha un segreto da nascondere. Debra intanto passa di nuovo parecchio tempo con l'ex agente Lundy.

Dopo il suo ferimento Debra e' ricoverata in ospedale e Dexter la va a trovare. La polizia pensa che il responsabile della sparatoria sia il killer delle vacanze, mentre Dexter gia' si muove per suo conto, convinto che si tratti invece del Trinity Killer.

Dexter fa parecchi passi in avanti con il caso del Trinity Killer, arrivando a scoprire tutto della sua doppia vita. Intanto, Debra crede di poter scoprire il colpevole dell'omicidio di Lundy, mentre Rita trascina Dexter da una psicologa perche' il suo comportamento la preoccupa.

Proprio quando a Dexter sembra di aver trovato un equilibrio tra famiglia, lavoro, e i propri fantasmi interiori, un nuovo caso viene a sconvolgere la sua mente: un braccio e' stto ritrovato nel corpo di un alligatore. Per Morgan ha inizio una nuova caccia personale.

Dexter e' sconvolto per l'errore commesso, che e' costato la vita di un innocente, e decide di occuparsi di Mitchell subito, appena sara' possibile. A Debra intanto viene tolto il caso del Trinity Killer per via del suo coinvolgimento come vittima, ma lei continua a indagare per suo conto.

Dexter cerca ancora di capire le vere motivazioni del Trinity Killer parlando con la sua famiglia; scopre che Arthur Mitchell potrebbe non avere una maschera perfetta, dopotutto. Intanto Cody ha un incidente nella rimessa personale di Dexter e qualcuno ne ha sfondato la porta...

Dexter crede di aver scoperto nuovi dettagli sugli omicidi commessi da Trinity Killer, il quale ha ufficialmente riaperto il suo ciclo di violenza e morte: stavolta il suo bersaglio pero' non sono donne, ma un bambino di 10 anni, che a un certo punto sparisce.

Dexter e' determinato a fermare e uccidere lui stesso il Trinity Killer: dal momento che la polizia e Debra sono vicini a identificarlo, Dex inscena una falsa pista su cui indirizzare la Polizia. Rita intanto decide di rivelare a suo marito del suo bacio col vicino.

Il momento della resa dei conti fra Dexter e Arthur e' ormai arrivato: Dex convince Rita ad allontanarsi dalla citta' coi ragazzi, per avere campo libero per agire. Debra finalmente scopre una verita' tenuta per troppo tempo nascosta, mentre Rita affronta la realta'.