デクスターがトラビス･マーシャルを殺害したのを目の当たりにしたデボラ。兄妹は互いに動揺するが、とりあえずその場は2人で殺害の証拠隠滅を図る。マイアミ警察の同僚マイク･アンダーソン刑事は不運な事件に巻き込まれ、クインとバティスタが犯人に償いをさせようとする。ラゲルタは解決済みとなっているベイハーバー切り裂き魔事件について考え直すきっかけとなる証拠を発見。デクスターとデボラにとって厄介の種となる。

ある囚人が、15歳の頃に犯した殺人について新たな情報を告白。マイアミ警察の面々は情報に基づき証拠を探す。デボラはデクスターの殺人傾向を治そうと試みる。マイク･アンダーソンの事件はウクライナの犯罪組織絡みだと判明し、デクスターを恨むマスオカの助手ルイスは彼の人生をメチャクチャにしようと手を出してくる。

デクスターは新たな獲物の殺害にデボラを引き込もうと考える。ウクライナの犯罪組織は殺されたメンバーの仇を取ろうと動き出す。クインはその組織が経営するストリップクラブのダンサーと親密に。ラゲルタはベイハーバー切り裂き魔がまだ生きて活動していると考え、捜査を再開させようと画策する。

逮捕した殺人犯を釈放するハメになったマイアミ警察。それにショックを受けたデボラを助けようと、デクスターは危険な迷路に足を踏み入れる。ウクライナの犯罪組織はメンバーを殺されたことへの復讐を執拗に試みる。

なぜルイスが自分の船で殺されたのかを調べるデクスター。自分とデボラを狙うアイザックのことを出し抜こうと奮闘する。ウェイン･ランダルによる殺人事件について、共犯者のハンナ･マッケイによって新しい手がかりが浮上。デクスターは彼女の秘密を発見する。

デクスターはハンナに興味をそそられていく。デボラはそのハンナが犯罪に深く関わっている可能性を調査している犯罪作品の作家サル･プライスと知り合う。クインは断りがたい申し出をされ、バティスタは事業に手を出すことを考える。デボラの抵抗もむなしく、ラゲルタはベイハーバー切り裂き魔事件についてさらに深く掘り下げようとする。

デクスターとハンナは急接近。サル･プライスは2人の関係を知り、それぞれとの独占インタビューを望む。プライスはハンナについての新しい情報をデボラに提供。クインは恋人ナディアを守るために思い切った決断をする。

デクスターはハンナとの関係をデボラには秘密にしておこうと決意。しかしアスター、コーディ、ハリソンの突然の訪問でデクスターの計画は難しくなる。拘置所から出たアイザックは再びデクスターを追跡。クインはウクライナの犯罪組織コシュカとの闘争を続ける。

アイザックが野放しになっていることでデクスターは気が気でない。だがコシュカの内紛がデクスターにとって有利に働く。マイアミ警察の面々が放火犯を追う中、デクスターはハンナとの関係をどうしても守るため、デボラにある頼み事をする。それはデボラが兄への信義を自ら疑うことになるような頼みだった。

ハンナの父親が突然訪問してきてデクスターは警戒。一方、亡霊放火犯の事件はさらに陰惨さを増す。クインはナディアの名誉のため危険な状況に身を置く。ラゲルタはベイハーバー切り裂き魔事件を独自に捜査するため元本部長代理のマシューズを仲間に引き入れる。

クリスマスが近づき、デクスターはハンナとの生活と、デボラとの関係とのバランスを取ろうと試みる。だがデクスターの知らぬところでデボラはハンナの父親からのタレコミ情報を調べ、ハンナの殺人の証拠をつかもうとする。一方、デクスターは自分の母を殺した主犯格が刑務所から釈放されると知り、自らの殺人行為に幕を下ろすこととなるかもしれない殺しに焦点を合わせる。

【シーズン7 最終話】ラゲルタはデクスターの秘密に近づく。デクスターは自分自身、デボラ、そして自らが築き上げてきた人生を守るため奮闘する。観る者の心をかき乱す形で今シーズンはついにフィナーレを迎える。