Un misterioso milionario Finch, si avvicina a John Reese, un operativo della CIA che è creduto morto e gli offre la possibilità di farlo diventare una sorta di vigilantes sponsorizzato.

La Macchina individua un individuo deceduto come possibile persona d'interesse e questo porta Finch a ripercorrere i passi che lo hanno portato a costruire la Macchina e a scoprire come sia possibile che l'errore si sia verificato.

Reese va sotto copertura per scoprire la minaccia che circonda la nuova persona sulla lista di Finch : un giovane veterano dell'esercito di nome Joey Durban.

La Macchina indica la dottoressa Megan Tillman, una promessa nel campo della medicina e Reese comincia a sorvegliarla per scoprire quale pericolo sta correndo. Intanto Fusco sta scappando dal cartello dei Torero che sono alla ricerca dei soldi rubati dal partner di Fusco.

Reese e Finch devono proteggere il giudice Samuel Gates che non vuole avere niente a che fare con le loro attività extra legali, anche se questo potrebbe costargli la vita.

Reese sta lavorando come autista per il nuovo soggetto, una donna molto affascinante che però fa degli affari poco puliti. Intanto Carter indaga su un omicidio collegato alle prove rubate per il caso Elias.

Reese e Finch aiutano un insegnante scolastico che è stato preso di mira dalla mafia dopo che ha assistito a un omicidio.

Reese e Finch scoprono che le loro conoscenze tecnologiche non sono di molto aiuto quando si tratta di proteggere la nuova persona, un uomo che ha delle connessioni con spie risalenti alla Guerra Fredda.

Reese, Finch e Fusco devono proteggere il Detective Carter senza farsi scoprire e senza svelare le loro vere identità.

Reese e Finch devono fare gli straordinari quando la Macchina elabora i nomi di quattro persone. Carter è ancora alle prese con le conseguenze del recente attentato alla sua vita. Il passato di Reese si rifà vivo.

Carter si sta avvicinando sempre di più a Reese e Finch i quali stanno investigando su un nuovo caso.

Carter incontra Reese per la prima volta e le chiede di aiutarlo a trovare il loro prossimo obiettivo, una giovane avvocatessa che è finita su una brutta strada e corre il rischio di rimetterci la pelle.

La Macchina da a Reese e Finch il numero di un uomo, un povero disperato che ha raggiunto il limite e per trovarlo devono chiedere aiuto a una persona che hanno aiutato in passato, Zoe Morgan.

Reese e Finch si occupano della nuova persona che la Macchina ha predetto, un teenager il cui fratello è stato assassinato da poco. Finch è preoccupato perchè pensa che Will, il figlio del suo partner deceduto, si sta avvicinando troppo alla verità.

Reese si infiltra in una gang di trafficanti in modo da proteggere l'ultima persona indicata dalla Macchina.

Reese e Finch si ritrovano a occuparsi di un neonato di sei mesi indicato dalla Macchina come prossimo obiettivo. Carter intanto comincia a mettere in discussione la sua alleanza con loro dopo che Elias si fa vivo.

Reese e Finch scoprono che la loro prossima 'persona' non ha impronte digitali e conduce una doppia vita.

Finch e Reese scoprono che i prossimi cinque numeri sono corrispondenti ad altrettanti boss del crimine di New York e si rendono conto che Elias sta mettendo a punto un piano per il completo controllo della criminalità organizzata.

La Macchina espelle i nomi dei cinque rappresentanti delle famiglie criminali più influenti di New York e Reese e Finch sospettano che Elias intenda sbarazzarsi della competizione.

E' il compleanno di Reese e Finch decide di regalargli una giornata di vacanza, specie per evitare che si occupi dell'ultimo caso, che potrebbe risvegliare ricordi dolorosi.

La nuova persona che bisogna proteggere è in pericolo a causa della sua eccessiva curiosità, specie quando si ritrova coinvolto in una cospirazione governativa. Reese intanto scopre qualcosa del passato di Finch.

Reese rimane intrappolato con la persona segnalata dalla Macchina in una parte della città pesantemente sorvegliata e deve affidarsi all'aiuto di Finch, Carter e Fusco.