Reese y Finch intentan rescatar el código fuente de la máquina antes de que se deteriore irreparablemente. Además, Root lucha por su vida ante la arremetida de agentes de Samaritan y Fusco se enfrenta a preguntas difíciles tras la muerte de Dominic y Elias.

La Máquina experimenta un fallo técnico durante su reinicio, suministrando a Reese y Fusco los números de docenas de personas que no están involucradas en crímenes; al mismo tiempo, rastrea a Finch y a Root tras identificarlos como amenazas al basarse en sus comportamientos violentos en el pasado.

La tapadera de Reese podría volar cuando se da cuenta que el último POI tiene vínculos con sus antiguos colegas de la CIA.

Shaw escapa de sus captores, pero el equipo no está seguro sobre su estado mental cuando comienza a actuar de forma paranoica e imprudente.

Reese protege a un analista de la policía de Nueva York cuya investigación sobre un fallo de software ha llamado la atención de Samaritan. Además, Reese y Fusco son amenazados por un aliado de Elias, que busca vengar la muerte de su amigo.

La Máquina envía a Reese y a Finch a una boda para proteger a un par de personas de interés antes de sus nupcias. Además, Fusco se molesta por haber sido mantenido a un margen por el equipo, por lo que investiga por su cuenta un serie de reportes de personas desaparecidas.

Root se infiltra en una estación de radio para proteger al conductor de un programa de teorías de conspiración que se topa con información que podría hacer que lo maten. Además, los agentes de Samaritan tratan de convencer a un miembro del equipo de que sus objetivos son nobles.

Reese y Finch quedan atrapados en un hospital que se convierte en el epicentro de un brote viral mortal. También, el nuevo recluta de Samaritan tiene dudas y Shaw continúa luchando con la realidad.

El misterioso criminal y mente maestra conocido como "La Voz" regresa y atrapa a Reese y Fusco en su propio recinto junto con varios miembros de bandas armados y la última persona de interés. Además, Root hace un sorprendente descubrimiento.

El equipo debe desentrañar una conspiración y mantenerse por delante del Servicio Secreto cuando el Presidente de los Estados Unidos se convierte en la más reciente persona de interés. Además, Finch se separa del equipo y considera tomar medidas drásticas para combatir a Samaritan.

Mientras Reese y Shaw tratan de alcanzar a Finch, él se infiltra en una instalación del gobierno de máxima seguridad en una misión desesperada que podría significar no solo el fin de Samaritan, sino también de la máquina y él mismo.

Finch, Reese, Fusco y Shaw se embarcan en una última misión para prevenir que Samaritan destruya a La Máquina y consolide su control sobre la humanidad.