アレックスは誤解からアンドリューを暴行。その後、重傷を負ったアンドリューを自ら病院へ搬送するが、自分が暴行を加えたことは伏せたまま治療に加わる。一方、アメリアとオーウェンの結婚式に参加していたメレディスは、ジョーに呼び出されて家を訪ねる。室内の痕跡から何があったかを察したメレディスは、病院へ行きアレックスに自首するよう勧める。アンドリューはCTの結果、失明の恐れがあり、緊急オペを行なうことに……。

アレックスの罪状認否の日がやって来る。執行猶予付きの軽犯罪で済むと思われていたが、結果は第二級重暴行罪という重罪で起訴されることに。本人はもちろん、メレディス、ベイリーらも衝撃を受ける。一方、以前アレックスが腎臓移植を担当した少年ザックが腹痛を訴えて来院。虫垂炎の疑いがあり薬で様子を見ることにするが……。アメリアは、オーウェンとネイサンを仲直りさせようと、家のお披露目パーティーにネイサンを招く。

葬儀の参加者の車列に車が突っ込んで玉突き事故になり、大勢がERに搬送されてくる。事故を起こしたのは、その日葬儀が開かれた男性の娘で、訃報を聞き10年ぶりに帰ってきた妊婦カーラ。ドラッグに溺れていた過去があり、親戚中から嫌われている彼女だったが、母親のジョージアだけは娘が帰ってきたと喜ぶ。しかし、ジョージアは突然心臓発作を起こし、カーラに会わないまま息を引き取ってしまい……。

クリニック勤務となったアレックスは、屈辱の日々に耐えていた。彼に指示を出す男性看護師ティミールは、押し寄せる患者を効率よくさばくことが最優先で、アレックスが弁護士との打ち合わせに出掛けたいと申し出ても許可しない。そんな中、女子大学生エマの診察を任されることになる。一方、メレディスとオーウェン、ネイサンは、グライダーで墜落した夫婦を担当するが、治療方針をめぐって意見が分かれ……。

肝臓を患って3年間ドナーを待ち続けた80歳近い患者ジューンが、ついに移植手術を受けられることになり、朝からウキウキのベイリー。ところが、熱中症で搬送された若い女性患者チェルシーが急性肝不全となり、肝臓移植が必要に。チェルシーを担当したメレディスやリチャードはベイリーに打診をする。一方、アメリアは絶対に遅れることのない生理が遅れていることに気付き、妊娠したかもしれないとメレディスに相談する。

アレックスを解雇するべきと考えているキャサリンは、ベイリーに彼の処遇について対応を迫る。そんな中、公判の日程決めで裁判所に出廷したアレックスは、手に気になる湿疹のある妊娠中の女性ヴェロニカに出会う。クリニックで詳しく診察をすると、彼女は膵臓がんで、治療をしても余命は1年足らずと判明する。一方、病院には新しいレジデントが加わることになるが、それはかつて働いていたリア・マーフィーで……。

キャサリンから研修プログラムの見直しを指示されたベイリーは、教育コンサルタントとして有名な外科医イライザ・ミニックを呼ぶ。ミニックは研修医を一室に集め、アテンディングに対する評価を聞き出す。指導医として問題のある医師を解雇するつもりかとアテンディングたちは戦々恐々。一方、研修プログラムの責任者であるリチャードは、自分にまったく知らされないまま話が進んでいたことに憤然とする。

メレディス、リチャード、オーウェン、ステファニーは、車の衝突事故で重傷を負った身元不明の男性患者のオペを担当する。患者は肝臓と腎臓に損傷があり出血がひどく、さらにリチャード以外の3人は長時間勤務のあとだったため、疲労困憊だった。オペが長時間になる中、リチャードは身元不明の患者を誰かに見立てるゲームをしようと提案。うんざりする3人をよそに、患者をゲイルという女性に見立て人物像を具体的に語り始め……。

5階建てのアパートが突然崩壊し、多数のけが人が病院に搬送されてくる。ベイリーは患者の顔写真を撮って家族友人のために貼り出すよう指示。ベンは、司祭を呼んでくれと言うアパートの大家マイカから、地震の影響で建物の基礎が傷んでいたにもかかわらず、資金を工面できずに放置していたことを告白される。一方、翌日に控えたアレックスの裁判で、ジョーは証人として召喚されており結婚や偽名のことを問い詰められるのではと悩む。

司法取引に応じると言い残し、アレックスが出かけた夜の翌日、メレディスとマギーは彼がどうなったのかネットで調べるが、裁判は無期限延期となったことしか分からない。メレディスは刑務所などに出向いてアレックスの居所を聞き回る。一方病院では、リチャードとミニックの戦いが始まろうとしていた。リチャードたちは、ミニックがオペに入ってアテンディングを口説いていく作戦だと知り、妨害しようとして……。

ERに、有刺鉄線が巻き付いた状態の女性アニーが運ばれてくる。近所の人によると、アニーと夫は極端な人嫌いで、自宅の周りを有刺鉄線付きの壁で囲っていたという。オーウェンとアンドリューが担当するが、意識を取り戻したアニーが暴れ始め……。一方、マギーの育ての親ダイアンが、ジャクソンの診察を受けにハワイからやって来る。マギーは驚き、自分を差し置いて、同僚やリチャードと打ち解ける母に困惑する。

一般外科の臨時チーフになり張り切るエイプリルだが、中立の立場を貫くオーウェン以外のアテンディングからはリチャードを裏切ったとされ孤立してしまう。同じころ、ミニックの研修プログラムは第2段階に突入し、レジデントが最初から最後まで単独でオペを行なうことに。ベンはリチャードの指導の下でオペを行なうことになるが、リチャードを牽制する狙いでベイリーが立ち会ったため、オペは険悪なムードになり……。

メレディスの停職処分が続く中、アレックスが仕事に復帰する。一方、第2段階に入ったミニックの改革により、予定されていた母親から息子への生体腎移植を、採取はリチャードの監督でベンとアイザックが、移植はアレックスの監督でステファニーとジョーが行なうことに。しかし移植オペが始まり、母親から腎臓を取り出した直後、残した方の腎臓が腎不全に陥ってしまう。ジョーは、移植ネットワークにドナーの紹介を依頼するが……。

休暇中のアメリアはマギーの依頼で動脈瘤のオペをしに病院へ来ていた。オーウェンに見つからないように帰ろうとしていたアメリアだったが、運ばれてきた外傷患者に脳外科医が必要だったため自分が診ると名乗り出る。一方、アレックスは暴行事件以来、初めてアンドリューと組むことに。患者は左心低形成症候群の新生児で、ネイサンが治療に加わるが、アレックスの治療方針を否定したことから2人は激しく対立してしまい……。

ジャクソンは咽頭移植希望の少女のオペをするため、エイプリルと一緒にモンタナ州にあるエイヴリー財団の病院へ向かう。診察の後、ジャクソンはエイプリルに行き先を告げずに、地元のダイナーを訪れる。そのころ、病院では、ドナーの喉に裂傷が見つかり、移植に使えないことが判明。エイプリルはジャクソンを捜し回り、ダイナーで酔っ払ったジャクソンを発見するが……。

炎症性乳がんと診断され、ハワイで術前化学療法を開始していたマギーの母親ダイアンが、乳房切除手術を受けにやって来る。ダイアンの本当の病名を知らされていないマギーは、母親がなぜ豊胸手術を受けたがるのかと理解できずに苛立つ。一方、仕事に復帰したアメリアは、ハイキング中に気絶したという元外科医同士の夫婦の妻をオーウェンとともに担当する。検査の結果、血腫からの出血が見つかり、かなり危険な状態で……。

マギーの母親ダイアンのがんは、オペでは取り除き切れず、検査の結果、胆管への転移が判明する。オペでは治せないためメレディスは緩和ケアを勧めるが、なんとしても治したいマギーは、メレディスを担当医から外しダイアンに臨床試験を受けさせることに。臨床試験による副作用に苦しみながらも、治療を続けるダイアンは、体調のよい日にマギーにラザニアの作り方を伝授する。しかし、食事中に吐血し搬送されてしまい……。

オーウェンの友人夫妻の赤ちゃんに、心膜内の腫瘍が見つかり、アリゾナとネイサンがオペを担当することになる。しかし、母ダイアンを亡くし、仕事に復帰したばかりのマギーがやると言いだし、みんなが不安を覚える。オペが始まり、マギーが腫瘍を摘出して無事終了するかに思えたが、胎児が徐脈になり……。一方、ステファニーはアンドリューとともに腹痛を訴える研修医のアイザックを担当することになる。

学会に出席するため、飛行機に乗ったメレディスは、同じく学会へ出る予定のネイサンと鉢合わせする。しかし、2人の乗った飛行機が乱気流に巻き込まれ、乗員乗客数人が負傷、十分な医療器具がない中、手当てをすることになる。メレディスは機体の天井に頭をぶつけて外傷を負ったマックスを診るが、マックスは命の危険があることが分かり、メレディスは、緊急着陸するよう機長に掛け合おうとするが……。

乱気流に巻き込まれた機内でけが人を治療したことについて、メレディスとネイサンは記者会見に臨むことに。メレディスは、ネイサンとの関係をマギーに打ち明けねばと考えていたが、記者会見の席上でのメレディスとネイサンの様子を見たマギーは、2人の関係に気付く。一方、ステファニーとエイプリルとリチャードは、激しい腹痛を訴えてERへ来た女性メアリーを担当。しかし、腹痛の原因は大量の寄生虫だと分かり……。

階段から落ちてけがをした女性ホリーが運ばれてくる。全身スキャンを撮ると、心臓に巨大腫瘍が見つかるが、ホリーはすでに手術不可能で余命1年と宣告されていた。マギーはホリーの腫瘍を摘出できると考え、手術を受けるようホリーを説得するが……。一方、アレックスとステファニーは、体の不調を訴えてひとりでERに来た少年リアムを担当。脳腫瘍が見つかるものの、駆け付けた両親により宗教上の理由で治療を拒否されてしまう。

車で崖から落ちた男女が意識不明で運ばれてくる。男性キースが目覚めて恋人のアリソンのそばに行きたいと言うが、絶対安静が必要。しかし、ステファニーは、キースをアリソンに会わせるためひそかに病室から連れ出す。一方、オーウェンの自宅に陸軍関係者が訪ねてくる。彼らから妹ミーガンの新たな情報を聞かされたオーウェンは動揺し……。アレックスは探偵事務所に依頼して捜し出したある医師に会うために学会に潜り込む。

病院封鎖に続いて、上層階で起きた爆発で緊張感が一層高まり、メレディスたちは応援のため病院内に入る。メレディスは、警報が鳴る中オペを続けていたネイサンを見つけ、オペを手伝うことに。ジャクソンは性的暴行犯といたはずのステファニーが行方不明なことを心配し、煙の立ちこめる中を捜索に行く。一方、爆発に巻き込まれたステファニーは太ももにけがを負った少女エリンとともに、必死で病院内からの脱出を試みていた。