Az ötödéves rezidensek megkezdik az évet, mely vagy felemeli őket, vagy derékba töri a karrierjüket. Aprilt nevezik ki vezető rezidenssé, de nehezen boldogul, nincs meg benne Dr. Bailey határozottsága. Meredithnek szembesülnie kell korábbi tette következményeivel. Mivel Adele javára manipulálta a kutatást, az igazgatótanács az elbocsátása mellett dönt. A városban beszakad az utca az emberek és a kocsik alatt, ezért tömegesen érkeznek a sérültek. Derek és Meredith külön költöznek, mint ahogy Christina és Owen is.

A gyámügyi hivatal munkatársa megteszi az általa szükségesnek vélt lépéseket, miután rájön, hogy Meredith és Derek nem élnek együtt. A kis Zolát ideiglenesen elveszik tőlük, míg tisztázódik a helyzet. Alex rájön, hogy mindenki árulóként tekint rá, amiért felfedte Meredith tettét, s ami miatt elvesztette Meredith az állását a Grace klinikán. Cristina nagyon határozott a gyerekvállalás ügyében. Richard magára vállalja a kutatási eredmények meghamisítását, így Meredith visszatérhet a klinikára.

Cristina és Owen megpróbálják normális mederbe terelni a házasságukat, ám korántsem olyan egyszerű. Owen mindent elkövet, hogy elfogadja felesége döntését, de képtelen beletörődni. Meredith visszakerül a klinikára, Derek azonban nem áll mellé. Avery sikere alaposan aláássa a vezető rezidens, April tekintélyét, aki továbbra is küzd a szerepével.

Owen nehezen birkózik meg a vezetői feladatokkal, sokkal szívesebben töltené az idejét a műtőben, mint az irodában a papírok között. Derek az építkezésbe menekül a szakmai és magánéleti válság elől. Végül több kollégája is követi őt, és lassan egy egész brigád dolgozik már a házon. Bailey haragszik Meredith-re, őt okolja Webber lemondásáért, és még csak véletlenül sem könnyíti meg Owen dolgát.

Avery különösen nehéz helyzetbe kerül a klinikán, amikor édesanyja egy rendkívüli esethez keres orvosokat. A profizmusáról híres doktornő alaposan kiosztja a személyzetet, különösen Sloant, akit kezdetben lenéz a plasztika miatt. Jackson a biztonság kedvéért még a városból is elküldi Lexie-t, attól tartva, hogy anyja elüldözi mellőle. A kis Zola súlyos állapotban kerül a kórházba, ám a gyámhivatal miatt nem szólhatnak Meredithnek és Dereknek.

Meredith és Derek látszólag kibékültek, akárcsak tükörképeik, Cristina és Owen. Az igazság azonban az, hogy mind a négyen elhallgatják sérelmeiket a békesség kedvéért. Bailey átveszi Webber kísérletét Avery és April segítségével, ám hamarosan zsákutcába jutnak. Webber titokban Meredith-től kér segítséget.

A klinika dolgozói csapatversenyre készülnek, ám egyikük sem egy nagy szám, ha baseballozni kell. Owen azonnal kap az alkalmon, amikor kiderül, hogy Altman férje, Henry kiváló játékos, ezért azonnali hatállyal felveszi maga mellé asszisztensnek. Karev mindent elkövet, hogy Meredith és Derek visszakapják Zoét, még a bírót is megkörnyékezi az ügy érdekében.

Averyt annyira megviseli Lexie-vel való kapcsolata, hogy úgy dönt, nem dolgozik tovább Markkal. Mark értetlenül áll a döntés előtt, és életében először érzi úgy, hogy egy rezidens miatt komoly veszteség éri. Bailey mindent elkövet, hogy nehéz legyen az együttműködés Meredith-szel, aki ennek ellenére is hatalmas segítségnek bizonyul.

Henry, Teddy férje váratlanul rosszul lesz, a klinikára kerül, ahol megállapítják, hogy egy tumor miatt sürgős sebészeti műtétre van szükség. Richard és Owen nem járulnak hozzá, hogy Teddy végezze az életmentő beavatkozást, ami Henry életébe kerülhetne. A három orvos úgy dönt, hogy a beteg kilétét eltitkolva Cristina vezesse az operációt. Meredith és Alex balesetet szenvednek egy mentőautóban. Callie-t és Jacksont vádak érik egy korábban elvégzett gerincműtét szövődményeivel kapcsolatban.

A severe car crash involving an entire family results in an all-hands-on situation in the ER, as the eldest daughter is left to make the toughest decision of her life. Meanwhile Teddy, still in the dark about Henry's death, calls upon Cristina to help with her patient in the O.R., and Lexie finds herself working alongside Mark's new girlfriend, Julia, during an eye surgery.

Sziámi ikrek érkeznek a klinikára. Hatalmas verseny alakul ki az orvosok között a több fordulós műtéten való részvételért. Alex kezéből minden lehetőség kicsúszik, és a nagymenő kénytelen belátni, hogy egy könnyen rászedhető pancser. Miranda mindent elkövet, hogy a magánéletét a kórházon kívül hagyja, de nem jár sikerrel.

Nagy ünnepségre készül a kórház, Richard az egyetlen olyan orvos, aki megérte a tízezredik műtétjét. Owen figyelmezteti Meredith-t, hogy itt az ideje a választásnak, el kell döntenie végre, hogy melyik szakirányt választja. Cristina és Teddy a szabályok kijátszásával átvesznek egy súlyos szívműtétet Alextől.

Meredith álmában megfordul a világ. Épp Alexhez készül férjhez menni, míg Derek Adisonnal gyermeket várnak. Torres három közös gyermeket nevel Owennel, míg Cristinát kiközösíti a teljes személyzet. Az élet azonban itt is visszarendezi a kapcsolatokat a maga különös, mágikus módján.

Egy autós váratlanul behajt a klinikára és kis híján elgázolja Cristinát. Owen az utolsó pillanatban rántja el, ám még egy ilyen megrázó pillanat is kevés ahhoz, hogy kibéküljenek. Sőt Owen szeretne véget vetni a házasságuknak. Lexie elvállalja a kis Zoe felügyeletét, és hogy ne zavarja Meredith és Derek románcát, a kislánnyal felkeresi Torrest. Ott azonban Mark és Jackson várja.

Meredith, aki még mindig keresi a maga szakterületét, kap egy lehetőséget Callie-től. Callie egyáltalán nem örül a közös munkának, s nem bízik Meredith-ben, Richard azonban meggyőzi. Cristina és Owen szakember segítéségét kérik házasságuk megmentéséhez.

Lexie kis időre nyaralni megy a gyerekosztályra, miután több sikertelen műtéten vesz részt Derek oldalán. Alex azonban hamar kiábrándítja, amikor egy koraszülött műtétjéhez hívja asszisztálni. Teddy alaposan leszerepel kutatásával a bizottság előtt, ám Owen titokban elintézi neki a támogatást. Richard feleségének az állapota kritikussá válik, kis híján felgyújtja a lakást. Cristina féltékeny lesz egy rezidensre, aki rendszeresen Owen mellé kéri magát.

Cristina nem lát a féltékenységtől, és megvádolja a fiatal nővért, Emilyt. Derek arra kéri Meredith-t, hogy térjen vissza a neurológiára, és dolgozzanak együtt. Averyt megpróbálják csőbe húzni egy fiatal rezidenssel, Mark azonban annyira átlátszó, hogy Avery rájön a turpisságra. Meredith és Lexie magukra maradnak egy agyműtéten, és kivesznek egy olyan tumort, amihez a beteg nem járult hozzá.

Cristina képtelen túltenni magát azon, hogy Owen megcsalta valakivel. Lexie nem tudja eldönteni, hogy valóban szerelmes-e Markba, vagy csak bosszantja a barátnő sikere. Alex hallgat Arizonára, és mindent elkövet, hogy minél távolabb maradjon fiatal kolléganőjétől, akinek az újszülött gyermekét kezelte.

Callie és Arizona csajos bulit szervez Teddy számára, de a szervezés komoly nehézségekbe ütközik. Cristina kiborul, amikor megtudja, hogy Owen megcsalta, és képtelen megbocsátani. Amíg Owen a magánéletét rendezi, addig Mark veszi át az irányítást az osztályon, nem kis kavarodást okozva. A rezidensek Lexie fotografikus képességével próbálnak előnyt szerezni a vizsgákhoz.

A végzős rezidensek az egész országot beutazzák a jobbnál jobb állásinterjúk miatt. A legnépszerűbb Cristina, akiért minden nívós kórház ringbe száll. Meredith is visszautasíthatatlan ajánlatot kap, egyedül Alexet kerülik el a jó lehetőségek. Hamarosan kiderül, hogy Arizona áll a háttérben, aki minden eszközzel megpróbálja maga mellett tartani a fiatal orvost. Teddy is kétségbe van esve Cristina lehetséges távozása miatt, ezért Owennek könyörög, hogy tartsa vissza.

Mark szeretné, ha Lexie vele dolgozna, amíg Avery vizsgázik. Ez alaposan összezavarja Lexie-t, aki újra szerelmes Markba, de képtelen bevallani neki. April nem tud ellenállni Avery csábításának, és megtörik a jég. Richard magánélete is alaposan felfordul, miután felhagyott Adele látogatásával. Cristina egyre megbocsátóbbnak tűnik Owen félrelépésével kapcsolatban.

Alex elkésik a vizsga első részéről, s máris bukásra áll. Meredith legszívesebben megfutamodna, annyira rosszul van, ám nem szeretne gyávának tűnni, és így is vállalja a kihívást. Cristina komoly vitába keveredik a vizsgáztatókkal, akik még soha nem találkoztak ilyen arrogáns orvossal hosszú pályafutásuk során. April teljesen összezavarodik Avery miatt.

Többen is megsérülnek a repülőgép-szerencsétlenségben. Lexie a gép alá szorul, és Mark is súlyos állapotba kerül. Meredith kétségbeesetten keresi Dereket, aki nyomtalanul eltűnt. Egyedül Cristina képes értelmesen gondolkodni és cselekedni, ezért megpróbálja magához téríteni kétségbeesett kollégáit.