Après avoir découvert que son petit ami Spencer la trompait, Jess recherche un nouvel appartement et répond à l'annonce de trois garçons. Jess les convainc de la choisir et devient la quatrième colocataire. Schmidt, Nick et Coach voient en elle une opportunité de plonger dans l'univers féminin et d'en comprendre toutes les subtilités. Jess, à peine installée chez eux, tombe en dépression post-rupture et passe ses soirées à pleurer devant «Dirty Dancing». Les garçons décident alors de l'aider à oublier son ex...

Winston est de retour dans l'appartement après deux années passées en Lettonie. En son absence, Schmidt s'est installé dans sa chambre. Winston va alors tenter par tous les moyens de la récupérer, quitte à utiliser la manipulation et l'intimidation. Nick et Schmidt tentent de convaincre Jess d'aller récupérer ses affaires chez Spencer, mais elle n'arrive pas à se lancer. C'est finalement entourée de sa meilleure amie Cece et de ses trois colocataires qu'elle décide d'y aller...

Les colocataires sont tous invités à un mariage, où Caroline, l'ex-copine de Nick, doit également se rendre. Stressé à l'idée de retomber dans ses filets, Nick demande à Jess de faire semblant d'être sa nouvelle petite amie. Fidèle à elle-même, elle livre une prestation rocambolesque et parvient à rendre Caroline jalouse. Ce mariage est également l'occasion pour Winston de se livrer à une compétition de danse avec un enfant. Quant à Schmidt, malgré ses efforts pour faire succomber une belle inconnue, il se retrouve face à sa maîtresse de toujours, Gretchen...

Jess se retrouve accidentellement face à Nick alors qu'il est entièrement nu, et rentre dans un fou rire qui annule toute la confiance qu'il pouvait avoir en lui. C'est à ce moment-là qu'il invite une fille à sortir, la première depuis sa rupture avec Caroline. Tout se passe très bien jusqu'à ce qu'il se retrouve face à elle dans sa chambre et n'ose pas aller plus loin par peur qu'elle se moque également de lui...

Cece s'installe quelques jours chez Jess après s'être séparée de son petit ami et déclare qu'elle est persuadée que Nick a des sentiments pour Jess. Winston et Schmidt mettent chacun en place un plan d'attaque pour séduire Cece et se rapprocher d'elle, quitte à perdre toute leur dignité. Même si Jess refuse de croire que Nick puisse être intéressé par elle, elle n'arrive plus à se défaire de cette idée, ce qui rend sa relation avec ce dernier de plus en plus compliquée...

Jess invite Paul, un professeur de musique avec qui elle travaille, à venir fêter Thanksgiving dans son appartement. Depuis longtemps intéressée par lui, elle a prévu de cuisiner une dinde et d'organiser une soirée parfaite pour le séduire. Les garçons ne sont pas très enthousiastes à cette idée, ils avaient prévu de regarder un match de foot tranquillement. Schmidt décide de prendre en main la préparation du repas, et contre toute attente, parvient à séduire Cece...

Jess invite Winston à participer à un spectacle qu'elle organise avec certains de ses élèves en difficulté et l'intègre aux répétitions. L'idée est de leur faire jouer une chanson en n'utilisant que des cloches. Winston se révèle particulièrement talentueux pour manier les cloches et prend son rôle très à coeur à mesure que les répétitions évoluent jusqu'à s'opposer explicitement à Jess. Au même moment, Nick et Schmidt se disputent à propos de la manie que Nick a de toujours tout réparer de manière précaire.

C'est le grand jour pour Jess et Paul. Après avoir flirté plusieurs fois, Paul est enfin invité à passer la nuit chez Jess. Mais au moment fatidique, elle panique et n'arrive pas à se laisser aller. Stressée et pleine de doutes sur ses compétences sexuelles, Jess demande de l'aide à ses 3 colocataires, ce qui ouvre un débat sur les goûts et les pratiques sexuelles de chacun. Jess décide alors de mettre le paquet et de se lancer dans un jeu de rôles face à Paul, médusé...

C'est Noël et tout le monde s'offre des cadeaux : Jess ne sait pas quoi choisir pour Paul, et Schmidt offre à Cece un parfum spécialement créé pour elle en espérant la conquérir. Quand Paul avoue à Jess qu'il est amoureux d'elle, elle réalise brutalement qu'elle ne ressent pas la même chose pour lui. Elle se confie alors à Nick à la soirée de fin d'année du bureau de Schmidt, mais à cause d'un malentendu, celui-ci le répète à Paul...

Nick et Julia se fréquentent depuis quelque temps mais ils n'osent pas s'avouer qu'ils sortent officiellement ensemble. Jess réalise que Julia ne l'aime pas, certainement par jalousie, et après une discussion houleuse, Julia parvient à faire pleurer Jess. De son côté, Winston cherche à apprendre comment draguer, et il décide de rappeler Shelby, la fille qu'il fréquentait avant de partir en Estonie...

Jess décile d'aller rendre visite au propriétaire de leur appartement, Remy, pour lui demander de prendre en charge quelques réparations. Persuadée que Remy n'a aucune arrière-pensée, et malgré les réticences des garçons, elle l'invite à dîner, et se retrouve impliquée avec Nick dans un ménage à trois...

C'est le jour de la Saint-Valentin, et chacun a des projets pour cette soirée, sauf Schmidt. Nick a prévu une surprise pour Julia, mais il se retrouve à vider une bouteille de champagne avec son stagiaire, en attendant qu'elle finisse de travailler. Winston, de son côté, à rendez-vous chez Shelby pour une soirée qui s'annonce beaucoup moins intime qu'il ne l'envisageait. Quant à Jess, chaperonnée par Schmidt, elle part à la recherche d'un homme avec qui passer une nuit sans lendemain...

Nathaniel, l'un des élèves de Jess, se fait maltraiter par ses camarades. Jess se reconnaît alors en lui et décide de le prendre sous son aile. Mais ses méthodes peu orthodoxes finissent par la mettre elle-même dans la ligne de mire de ses élèves. Schmidt et Cece continuent d'avoir une liaison et cette dernière souhaite qu'elle reste secrète. Schmidt se demande alors si elle a honte d'être avec lui. Nick, quant à lui, est très étonné lorsqu'il reçoit un cactus de la part de Julia...

Malgré elle, Jess tombe sur Nick et le blesse pendant un jeu. Se sentant coupable, elle décide de l'accompagner voir une de ses amies médecins car Nick souffre d'une puissante douleur au dos. Pendant sa consultation, le médecin décèle une grosseur étrange dans le cou de Nick et lui prescrit une échographie de la gorge. La bande d'amis se met alors en tête que Nick a une maladie incurable et qu'il est sur le point de mourir...

Jess et Schmidt se disputent à propos d'un meuble en pin que Jess a récupéré dans la rue et qu'elle a décidé d'installer dans le salon. A partir de cette dispute, Jess va alors tenter d'ouvrir un peu plus l'esprit de Schmidt et décide de l'emmener à la rencontre d'un monde moins sophistiqué que le sien. D'abord réticent, Schmidt finit par se prêter au jeu, jusqu'à complètement laisser tomber ses manies...

Jess fait la rencontre de Russell, le père d'une de ses élèves, venue lui rendre visite pour se plaindre de sa manière d'enseigner. Vexée mais priée par la directrice de l'école, d'aller présenter ses excuses à Russell, Jess décide au contraire de se confronter à lui et de lui expliquer ce qu'elle pense. Mais elle va très vite réaliser que Russell n'est pas l'homme d'affaires riche, arrogant et égocentrique auquel elle s'attendait, bien au contraire. Pendant ce temps, Winston parvient à devenir officiellement le petit ami de Shelby...

Dirk, un ami professeur de Nick, est de passage à Los Angeles, et quand Nick réalise le succès de ce dernier auprès de ses élèves d'une vingtaine d'années, il décide lui aussi de s'intéresser à des filles plus jeunes que lui. Winston, amoureux fou de Shelby, emprunte la voiture de Schmidt pour la retrouver au Mexique sans se douter une seconde que Cece et Schmidt sont dans le coffre...

Cece et Schmidt ont de plus en plus de mal à cacher leur relation, surtout depuis que Winston est au courant. Celui-ci n'arrive d'ailleurs pas à garder le secret plus longtemps, et bientôt tout le monde est informé. Jess, vexée que sa meilleure amie Cece ne lui en a pas parlé, se confronte à elle. Nick ne sait plus comment réagir face à toutes ses jeunes conquêtes...

Winston a décroché un entretien pour être l'assistant de Joe Napoli, un animateur de radio très populaire. Content de cette promotion, il va vite déchanter lorsqu'il découvre le caractère insupportable de Joe. Après avoir passé une semaine dans le monde doré de Russell, Jess l'invite dans son appartement pour le week-end, afin qu'il plonge à son tour dans son univers...

Cece pense être enceinte et prend panique, alors que Schmidt se sent soudainement pris d'un désir de paternité sans limite. Sarah, la fille de Russell, vient passer une journée à l'appartement. Mais quand Sarah tombe follement amoureuse de Nick et se met à parler de sexualité de manière très crue, Jess ne sait plus comment la calmer...

Cece décide de freiner sa relation avec Schmidt. Afin de la rendre jalouse, Schmidt invite sa colocataire russe et mannequin, à dîner avec lui. Cece fait mine d'être indifférente, mais elle réalise qu'elle n'a pas envie de voir Schmidt sortir avec d'autres filles. Jess se retrouve à un moment crucial de sa relation avec Russell quand elle découvre l'état dans lequel il peut se mettre face à son ex-femme, Ouli. Quant à Nick, il a décidé de dédier sa vie à la plantation de tomates sur le toit de l'immeuble...

Jess déprime depuis sa rupture avec Russell et retombe dans les bras de Paul, le temps d'une nuit. Le lendemain, Paul lui avoue qu'il était sur le point de demander sa petite amie en mariage. Caroline et Nick décident d'emménager ensemble, ce qui déplaît fortement à Winston et Schmidt, qui tentent par tous les moyens de rappeler à Nick combien Caroline l'a fait souffrir auparavant. Quant à Cece, elle réalise qu'elle souhaite s'engager dans une relation durable avec Schmidt...

Alors que Nick veut quitter la colocation pour habiter avec Caroline, la petite bande entame un voyage assez inattendu dans le désert. Alors que Winston combat sa peur du noir, Nick et Jess affrontent un coyote, tandis que la relation entre Schmidt et Cece arrive à un inévitable tournant.