Tous les élèves de l'école primaire Seiyo définissent Amu comme "cool" et "spicy" (cool et épicé) avec un "sacré caractère" mais ce n'est qu'une simple personnalité de façade. Personne ne connaît réellement la vraie Amu : une fille normale, juste timide, qui espère avoir un jour le courage de s'accepter comme elle est.

Un soir, elle décide de faire un vœu afin d'avoir le courage d'être elle-même et de faire "naître" sa vraie personnalité. Le lendemain, Amu découvre trois œufs sous son oreiller. Ces œufs contiennent des Shugo Chara, des petits êtres qui sont le reflet de sa personnalité : Ran, Miki et Su.

Avec l'aide des Gardiens, des élèves de son école qui eux aussi ont un Shugo Chara, Amu va essayer de trouver "l'embryon", un œuf magique capable de réaliser tous les vœux. Cependant, Easter, une mystérieuse entreprise s'y intéresse fortement et compte le capturer avant la jeune fille.