En France, la proclamation d’une République et la chute soudaine de Napoléon III sèment le trouble jusqu'à Vienne. En conséquence, François-Joseph impose à son fils Rodolphe de débuter sa formation à l’Académie militaire pour se préparer à son futur rôle de monarque, et ce contre l’avis de Sissi. En même temps, face aux protestations des ouvriers sur l’imposant chantier de l'Exposition Universelle de Vienne, il demande au comte Grünne de s’infiltrer pour découvrir qui a fomenté cette rébellion.

Sissi s’échappe avec Rodolphe et pose un ultimatum à François-Joseph : elle ne reviendra qu’à condition de se charger de l’éducation de leur fils. Au cours du voyage, elle croise Alma, une photographe qui leur vient en aide et les invite sur une île au sud de la France. À Vienne, après un accident sur le chantier de l'Exposition Universelle, Grünne rencontre Albert, le fils de l'homme grièvement blessé, qui s’insurge contre l’empereur et leurs conditions de travail.

Mère et fils retrouvent enfin l’allégresse sur l'île et une belle amitié se tisse avec Alma. Pour empêcher une alliance entre l'empire allemand et la Russie, François-Joseph doit demander l'aide de sa mère, avec qui il est en désaccord depuis des années. Alors que ses soldats effectuent une attaque sanglante dans le quartier ouvrier pour retrouver des armes dérobées, un espion lui confie savoir où se cachent Sissi et Rodolphe.

François-Joseph part à la recherche de Sissi et Rodolphe en France et la famille est enfin réunie ; le couple impérial passe une nuit passionnée ensemble. Mais l’empereur ramène secrètement Rodolphe à la caserne de Vienne dès le lendemain. Sissi apprend qu’Alma est atteinte d'une maladie incurable et l’accompagne à Paris, où elle se livre incognito à une vie nocturne effrénée. Grünne doute de sa loyauté envers la couronne après que François-Joseph a ordonné la pendaison d’ouvriers rebelles.

Lorsque Sissi apprend que l’empereur a retiré Rodolphe de l'armée, elle retourne à Vienne et fait ses adieux à Alma, prête à affronter ses responsabilités d'impératrice et de mère. Malgré leurs problèmes relationnels, Sissi et François-Joseph mènent ensemble des négociations d'alliance avec le Tsar. Alors que Grünne exhorte Albert à mener une rébellion pacifique, son père est tué par des soldats et Albert s’introduit au palais, avec la ferme intention d'assassiner la famille impériale.

Sissi découvre que son fils a été enlevé par le chef du mouvement ouvrier, Albert : il ne sera libéré qu'en échange de la vie de l'empereur. Elle s’élance au secours de Rodolphe, suivie de près par François-Joseph. Alors que Sissi parvient à convaincre Albert de libérer son fils, Grünne surgit et sauve le couple impérial ; Sissi et François-Joseph rejoignent le palais pour poursuivre les négociations d'alliance afin d’assurer la pérennité de la paix en Europe.