Matsuri est un ninja exorciste, à la tête du clan Kazamaki. Lui et son amie d'enfance, Suzu peuvent tous les deux apercevoir les ayakashis, mais Suzu préfère se lier d'amitié avec eux. Un jour, Shirogane, un puissant ayakashi sous la forme d'un chat, décide de s'approprier Suzu.

Matsuri entre au lycée de Suzu afin de veiller sur elle en permanence, mais il se montre distant. Dans son intérêt, et pour mener sa mission à bien, il va devoir se fondre parmi les autres élèves et enfiler son rôle de nouvelle lycéenne.

Matsuri a finalement cédé à la générosité de Suzu et décidé d'épargner Shirogane afin de pouvoir un jour retrouver son corps d'homme. Mais pris par surprise, Matsuri va voir Shirogane devenir la proie d'un autre ninja exorciste redoutable, du clan Ninokuru.

Suzu se questionne beaucoup concernant la façon dont elle pourrait sauver Matsuri du sort qui l'a frappé. Matsuri apprend en même temps que la Suzu qu'il connaît mieux que quiconque n'a peut-être pas encore révélé sa vraie nature.

Durant son sommeil, Suzu rencontre un ayakashi qui, en repartant de sa chambre, a pris l'apparence et le ressenti de la vraie Suzu, et a maintenu cette connexion entre elles. Matsuri se dépêche de la sauver.

Un ayakashi ancien surgit sous l'apparence d'un artiste peintre au lycée de Matsuri. Il tente d'entrée de jeu de voler le précieux rouleau de Matsuri. Les amis de ce dernier feront néanmoins tout pour l'épauler et contrecarrer les plans du peintre.

L'outil ninja d'habillement de Matsuri est défaillant. Matsuri va alors, en compagnie de Suzu, chez le fabricant Kôrogi des outils ninja, où il rencontre à nouveau Léo, la fille du patron, experte en outils high-tech.

Léo a bien amélioré la tenue de Matsuri, et il faut maintenant aller lutter contre un nouveau type d'ayakashis. En parallèle, Lucie tente de communiquer avec des extraterrestres qui auraient été vus pas très loin.

Un nouvel élève arrive au lycée et semble s'intéresser à Suzu, mais il y a plus à voir qu'il n'y paraît.

Après avoir retrouvé sa vraie forme, Shirogane protège Suzu et affronte le lycéen dévoreur de haku, mais même le roi des ayakashis ne suffit pas à en venir à bout. C'est alors que par un miracle, Matsuri se réveille à nouveau pour mettre un terme à la menace qui guette son amie d'enfance.

Le monde des ayakashis se retrouvent sans chef et pourrait sombrer dans le chaos. Shirogane tient à ce que Suzu, dont les pouvoirs ont fort progressé, occupe la place qu'était la sienne. Toutefois, cette idée ne fait pas l'unanimité parmi les ayakashis.