지극히 평범한 고등학생 사쿠라바 잇토키는 거의 매일 가다시피 하는 각종 학원과, 소꿉친구인 코세츠의 감시에 지긋지긋해하고 있었다. 그런 가운데 후배 미소녀인 츠바키에게 고백을 받게 되었다. 살면서 처음으로 찾아온 청춘의 순간에 잇토키는 들떴으나, 엄마인 유미카에게 교제를 그만두라는 말을 들었다. 잇토키는 그럼에도 데이트를 단행했는데.

갑자기 닌자가 될 것을 요구받게 된 잇토키. 수라라고 불리며 공포의 대상인 닌자 토키사다가 설득한 결과, 잇토키는 완전히 납득은 하지 못한 채로 닌자가 되는 걸 받아들였다. 그렇게 잇토키는 인술 학원에 입학하기 위해 편입 시험을 치르게 되었는데.

인구 시험이 다가오자 잇토키는 필사적으로 시험 대책에 임했다. 한편, 토키사다는 코가에 대한 정보를 캐기 위해 사이가에 방문했다. 사이가는 코가로부터 하청 일 관련해서 갑질을 당해 힘들어하고 있었고, 토키사다는 조사를 위해 코가의 공장에 잠입했는데.

실기 시험이 다가왔다. 매년 사망자가 나올 정도로 위험한 시험이라는 얘기가 있는 가운데, 코가는 이를 틈타 잇토키를 죽이려고 벼르고 있었다. 죽이고 죽는 것이 용인되는 닌자의 세계에 잇토키는 의문을 품었지만, 스자쿠와의 대결을 앞두고 코세츠와 어떤 작전을 고안해냈는데.

여름 방학을 맞이해 잇토키는 이가 거점으로 돌아왔다. 키레이와 료코도 이가 거점에서 손님으로 머물게 되어, 같이 즐거운 한때를 보냈다. 이가 사람들의 따뜻한 마음에 잇토키가 감동받은 가운데, 키레이는 스자쿠에게 이가에 대한 정보를 흘리고 있었는데.

갑작스럽게 전국 닌자들의 두령이 모이는 닌자 대회의가 개최되었다. 이가 측에서는 유미카, 토키사다, 코조가 출석한 가운데, 그 자리에는 코가의 두령 대리인 키도의 모습도 보였다. 그리고 안인장인 고쇼가와라로부터 닌자 대회의의 목적을 듣게 되었는데.

유미카가 사형 선고를 받은 것 때문에 이가 세력은 크게 동요했다. 두령 대리를 맡고 있는 잇토키의 리더십이 시험받게 되었지만, 엄마가 붙잡혔기 때문에 그는 제대로 된 판단을 내리기 어려운 상황이었다. 그런 가운데 코가에서 무시무시한 '무언가'가 움직이기 시작했는데.

이가 거점에 코가의 병력이 쳐들어왔다. 코가는 기계 닌자인 '아수라'를 대량으로 투입해 압도적인 숫자로 이가를 굴복시키려고 했다. 이에 이가는 열세에 몰렸지만, 잇토키의 머릿속에서는 기사회생의 전략이 떠올랐다. 한편 토키사다와 코세츠는 유미카를 구출하기 위해 움직이고 있었는데.

키도에 의한 침략은 전국으로 확대되었다. 슬픔에 잠길 틈도 없이 잇토키는 두령으로서 이가를 하나로 모아야만 했다. 그리고 코세츠는 과연 정말로 배신한 것인지 어떤지, 토키사다의 조사로 인해 충격적인 진실이 밝혀지게 되었는데.

잇토키는 비전 인핵을 키도에게 넘기기로 결심했다. 그것은 코가에 대한 패배 선언이기도 했기에 이가의 닌자들은 반발했다. 키레이, 료코 그리고 스자쿠는 각자의 각오를 다졌고, 그러는 가운데 이가의 배신자가 움직이기 시작했는데.

홀로 키도와 결판을 짓기 위해 길을 나선 잇토키. 여기에 토키사다와 코세츠가 따라붙었다. 키도가 이가 거점을 섬멸하기 위해 병력을 총동원해 이가로 보낸 가운데, 닌자 잇토키의 마지막 싸움이 시작되었는데.