ごく普通の中学生、櫻羽一時は、毎日の習い事と幼馴染、紅雪の監視に嫌気がさしていた。そんな折、後輩の美少女、椿に告白される。人生初めての春に浮足立つ一時だが、母の弓香に交際を止められてしまう。一時はそれでもデートを断行し…。

突然、忍者になれと迫られる一時。修羅と呼ばれ恐れられる忍者、時貞に諭され、納得できないながらも忍者になることを受け入れる。忍術学園に入学するために、編入試験を受けることになるのだが…。

忍術学園に入学した一時。そこで明るく親切な輝麗、美人でお淑やかな涼子と出会い、学園生活に希望を持ち始める。だが学園には甲賀を頂点とするカーストがあり、甲賀のエリート忍者、朱雀に目をつけられてしまう…。

忍具試験が迫り、試験対策に必死の一時。一方、時貞は甲賀の情報を探るため、雑賀衆を訪れる。雑賀衆は甲賀による下請けいじめに苦しんでいた。時貞は調査のため、甲賀の工場に潜入する。

実技試験が近づいてきた。毎年死者が出るといい、甲賀はこれに乗じて一時を殺すつもりだ。殺し殺されが容認される忍者の世界に疑問を抱く一時。朱雀との対決に向け、紅雪とある作戦を練るが…。

突如、全国の忍の長を集めた忍者大会議が開かれる。弓香、時貞、光蔵が出席。そこには甲賀頭首代行、鬼道の姿もあった。そして安忍長五所川原から、忍者大会議の目的を聞かされる…。

弓香が死刑宣告を受けたことで、伊賀に動揺が走る。頭首代行を任された一時はリーダーシップを試されるが、母が捕らわれたショックでそれどころではない。そんな中、甲賀では恐ろしい『何か』が動き始めていた…。

伊賀の里に甲賀が攻めてくる。機械忍者『アスラ』を大量投入し、圧倒的な数で伊賀をねじ伏せようとする甲賀。劣勢の伊賀だが、一時が起死回生の策を閃く。一方、弓香の救助に向かった時貞と紅雪は…。

鬼道による侵略は全国に及ぶ。悲しみに暮れる暇もなく、一時は頭首として伊賀をまとめなければならない。そして紅雪は、本当に裏切り者なのか？時貞の調べによって、衝撃的な事実が明らかになる…。

一時は、秘伝忍核を鬼道に渡す決断をする。それは甲賀への敗北宣言であり、伊賀忍者たちは反発する。輝麗、涼子、朱雀はそれぞれの覚悟を決める。そんな中、伊賀の裏切り者が動き出していた…。

たった一人、鬼道との決着をつけに向かった一時。そこに時貞、紅雪が駆けつける。鬼道は伊賀の里を殲滅せんと総力を伊賀に送った。忍の一時、最後の戦いが始まる。