Ittoki ist ein gewöhnlicher Junge. Als er jedoch bei seiner neuen Freundin Tsubaki zu Hause ist, wird er von ihr und feindlichen Ninja angegriffen. Plötzlich findet er sich in einem Ninja-Krieg wieder - und er ist dessen Zentrum.

Um in Sicherheit vor seinen Attentätern zu sein und als Ninja ausgebildet zu werden, soll Ittoki die Ninjutsu-Akademie besuchen. Dazu muss er eine Aufnahmeprüfung machen, deren Inhalt er nicht kennt …

Ittoki kommt an die Ninjutsu-Akademie. Dort findet er nur schlecht Anschluss, da die Kouga hier das Sagen haben …

Ittoki und seine Mitschüler sollen an einer Ninja-Werkzeug-Prüfung teilnehmen. Der Clou: Sie müssen die Werzkzeuge einsetzen, um die Prüfungsfragen zu stehlen.

Die praktische Trimester-Abschlussprüfung steht bevor. Aufgabe ist es, einen gegnerischen Ninja-Kern zu erbeuten. Suzaku plant jedoch, Ittokis Leben zu nehmen …

Ittoki begibt sich in das Dorf der Iga, um die Sommerferien dort zu verbringen. Begleitet wird er dabei von Ryouko und Kirei, welche anscheinend mit den Kouga gemeinsame Sache macht.

Die Ninjasicherheit beruft den Großen Rat der Ninja ein. Dabei sollen die Vergehen der Kouga besprochen werden. Doch es kommt alles anders …

Während Kidou freigelassen wird, soll Yumika hingerichtet werden. Nun muss Ittoki entscheiden, ob er seine Mutter retten und einen Krieg der Ninja gefährden will. Währenddessen machen sich die Kouga mobil …

Das Dorf Iga wurde von den Kouga angegriffen. Währenddessen deckt die Ninjasicherheit interne Machenschaften auf. Können Ittoki und seine Freunde das Schlimmste abwehren und Yumika sicher nach Hause bringen?

Während Ittoki den Tod seiner Mutter betrauert, planen die Iga ihre nächsten Schritte …

Ittoki plant, einen Friedensvertrag mit den Kouga zu schließen. Dies führt im Dorf zu Unruhen. Gleichzeitig wird endlich der Verräter in den eigenen Reihen entlarvt …

Ittoki begibt sich zusammen mit Kousetsu und Tokisada zum Hauptquartier der Kouga. Dort will er Kidou zur Rede stellen …