La temporada trece comienza exactamente donde la dejamos, con Sam y Dean parten en busca de las piezas después de la pérdida de su madre, la desaparición de Crowley y la desgarradora muerte de Castiel.

Sam y Dean comienzan a explorar lo que Jack es capaz de hacer con sus poderes. Una visita inesperada de Donatello alerta a los hermanos sobre el hecho de que Jack necesitará más protección de la que los Winchesters pueden brindar.

Cuando su amiga es asesinada por un espectro con predilección por los videntes, Missouri Moseley contrata la ayuda de Dean y Jody Mills para proteger a su nieta, Patience, que no tiene idea de que comparte el don de su abuela y podría ser la siguiente en la lista de objetivos del espectro.

Cuando varios pacientes de la terapeuta Mia Vallens aparecen muertos, Sam, Dean y Jack investigan el misterio que rodea a los asesinatos y, cada uno inesperadamente, se ve obligado a lidiar con sus propios problemas personales no resueltos.

Sam y Dean trabajan en un caso que envuelve al fantasma de un doctor demente. Para resolverlo, reciben una ayuda inesperada. Por otro lado, Castiel encuentra su camino de regreso en los Winchesters.

Castiel se reune con Jack y junto a Sam y Dean, investigan una muerte en una pequeña localidad del oeste. Dean revive su fantasía de la niñez cuando conoce a un famoso pistolero.

Sam y Dean continúan con la búsqueda de Jack y al mismo tiempo se tropiezan con un enemigo de la familia. Por otro lado, Lucifer intenta escapar de Michael y se encuentra a sí mismo como un aliado.

Sintiéndo como sus opciones se desvanecen, Sam y Dean acuerdan robar un baúl misterioso que pertenece a un demonio llamado Barthamus a cambio de un hechizo localizador que los Winchester pueden usar para rastrear a Jack.

Jack consigue la ayuda de un cazador de sueños llamado Kaia.

Jody Mills pide a Claire Novak que la ayude a encontrar a los Winchester cuando Sam y Dean desaparecen.

Donna llama a Sam y Dean para buscar a Wendy, su sobrina. Los tres cazadores descubren que Wendy fue secuestrada por un hombre que vende partes humanas a monstruos en una grotesca subasta en línea.

Dean es víctima de las hermanas Jamie y Jennie Plum, que logran robar un poderoso libro de hechizos de los hermanos Winchester. Cuando Sam y Dean van detrás del libro, reciben ayuda de un aliado poderoso y sorprendente.

Dean, Castiel y Sam buscan a Lucifer quien, mientras tanto, consigue un trato poco probable con una curandera local llamada Sister Jo. Asmodeus está cerca de encontrar a Jack.

Jack y Mary encuentran un aliado en Bobby Singer después de escapar de Michael.

Sam, Dean y Castiel son transportados al mundo animado de Scooby Doo.

Sam y Dean continúan recolectando las piezas necesarias para abrir una brecha con el otro mundo a fin de salvar a su familia.

Lucifer gobierna sobre el cielo pero las cosas no van exactamente como se planeó, exasperando a su primera dama, Jo. Sam y Castiel están perplejos por el regreso de Gabriel. Mientras tanto, Dean se acerca un paso más para encontrar a Mary y Jack.

Sam y Dean deben detener a Rowena, quien está en una misión mortal. Mientras tanto, Castiel mira hacia el cielo para reclutar ángeles para una invasión inminente, pero se sorprende no solo por lo que encuentra, sino también por quién.

Gabriel regresa y arrastra a Sam y Dean a su plan de venganza contra los semidioses que lo vendieron a Asmodeus. Mientras tanto, el exeso de confianza de Jack, le conduce a decisiones imprudentes que podrían poner a otros en peligro.

Sam, Dean, Castiel y Gabriel deben trabajar juntos si tienen alguna esperanza de traer a Mary y Jack a casa. Entretanto, el encuentro de Rowena con Lucifer puede alterar el resultado del viaje para uno de nuestros héroes.

Sam y Dean diseñan un plan que salvará vidas inocentes. Mientras tanto, Jack continúa luchando con las consecuencias de sus decisiones.

En el épico final de la temporada trece, Sam y Dean Winchester continúan siendo probados en la batalla entre el bien y el mal, pero una decisión impulsiva podría alterar las vidas de uno de los hermanos para siempre.