Grâce à un saut dans le futur, l’identité de l’assassin de Nathan est révélée. Matt se lance à sa poursuite mais se retrouve dans un désert. Pendant ce temps Sylar, qui a perdu ses pouvoirs, décide de rendre visite à Claire pour les récupérer…

Claire s’inquiète de ne plus ressentir de douleur en se blessant depuis la visite de Sylar. Une dispute éclate entre Peter et Angela, qui réalise à quel point son fils a changé. Hiro et Ando se lancent à la poursuite de Daphne, qui possède un surprenant pouvoir…

Angela, maintenant à la tête de la Compagnie, envoie H.R.G. et son plus qu’inattendu partenaire résoudre une prise d’otage effectuée par quatre des Traîtres échappés du Niveau 5. Parmi eux figure Jesse, dans lequel le Peter du futur a emprisonné le Peter du présent.

En visitant un futur dans lequel presque tout le monde possède des pouvoirs, Peter se promet d’empêcher la formation de ce monde condamné à la destruction. Pendant ce temps Claire se lance à la poursuite d’un Traître découvert dans les archives d’H.R.G.

Claire tente d’arrêter un Traître qui a le pouvoir de créer des trous noirs, mais elle n’est peut-être pas aussi invulnérable qu’elle voudrait le croire. Hiro décide de devenir ami avec Daphne et Knox, malgré la réticence d’Ando. En Afrique, Matt assiste dans ses visions à la destruction de son bonheur promis…

Impressionnés par sa soudaine cruauté, les Traîtres aidés de Knox et Daphne emmènent Hiro à Pinehearst et lui confient une mission. Pendant ce temps, Claire et sa mère Sandra tentent de libérer Meredith des griffes du Traître Doyle.

Suresh lutte contre la mutation qu’il subit suite à l’injection de sa formule. En découvrant la cruauté avec laquelle Peter a été capturé à Pinehearst, Angela tente de convaincre Sylar de sauver son frère. Pendant ce temps, Hiro repense son plan d’attaque contre ses ennemis…

Pour mieux se préparer au combat qui l’attend, Hiro revient dans le passé pour suivre Arthur Petrelli, les jours précédant sa « mort » afin de découvrir ce qui l’a conduit à créer la compagnie rivale Pinehearst et à s’attaquer à Angela.

Après avoir ordonné une attaque contre Hiro et Ando en Afrique, Arthur Petrelli charge Knox et Flint de capturer son fils Peter et sa petite-fille Claire. Nathan est choqué d’apprendre que son père est toujours en vie et qu’il dirige les offensives des Traîtres en vue de détruire le monde.

Une puissante éclipse se produit et semble influer sur les pouvoirs des Heroes. Arthur ordonne à Sylar et Elle de trouver Claire et de la lui ramener. Matt, Hiro et Ando décident de faire équipe et suivent Daphne jusqu’à sa ville natale d’Athènes, en Géorgie, et lèvent enfin le voile sur le secret qu’elle protège…

Tandis que l’éclipse continue d’affecter les pouvoirs des Heroes, Elle et Sylar font face à un H.R.G. assoiffé de vengeance alors que Claire est toujours entre la vie et la mort. En Haïti, Peter, Nathan et l’Haïtien joignent leurs forces pour venir à bout de Baron Samedi…

Hiro et Claire retournent ensemble dans le passé, au moment où Kaito confie la jeune Claire à H.R.G. Pendant ce temps, Peter et l’Haïtien font équipe pour en finir avec Arthur, mais sont interrompus par Sylar…

L’attaque contre Arthur Petrelli entraîne les frères Petrelli dans un face-à-face au cours duquel Nathan lancera une attaque lourde de conséquences. Pendant ce temps, Sylar retient Claire, H.R.G., Meredith et Angela en otage à Primatech. De leur côté, Ando Matt et Daphne cherchent toujours à sauver Hiro, et le Dr Suresh pourrait être leur seul espoir.

Depuis la destruction de Primatech et de Pinehearst, nos Heroes tentent de mener une vie normale. Ayant perdu ses pouvoirs, Hiro entraîne Ando à devenir un véritable super héros, malgré les réticences de ce dernier. Suresh est redevenu chauffeur de taxi, et Peter a repris son métier d’infirmier. Mais un complot mortel va rappeler nos Heroes à leur devoir…

Traqué par leurs anciens ennemis et trahis par un des leurs, les Heroes sont obligés de prendre la fuite. Le destin tragique d’un proche de Matt lui est révélé.

Le plan de Nathan est mis à mal par une enquête dirigée directement par le Président des Etats-Unis. Luke et Sylar partent à la recherche du père de ce dernier, mais sont en fait suivis par les agents de Nathan…

Retenu en hotage, H.R.G. découvre à ses dépens les méthodes d’interrogation de Matt Parkman, et révele comment il s’est rangé du côté de Nathan et de son complot pour capturer les détenteurs de pouvoir.

Matt et Peter s’engagent dans une course contre la montre pour sauver Daphne du « Batiment 26 » et y découvrent un dossier qui pourrait compromettre le plan du gouvernement. Sylar commence à recouvrer des souvenirs de son père qui le conduisent à découvrir la vérité sur sa mère.

Quand Sylar voit enfin son père, les retrouvailles ne sont pas celles auxquelles il s’attendait. De son côté, Claire se demande si elle doit empêcher son ennemi juré, Eric Doyle, d’être capturé.

H.R.G. convainc Emilie Danko, « Le Chasseur », de libérer Tracy du « Bâtiment 26 « , avec l’espoir qu’elle le mène au « Rebelle ». Pour éviter de se faire capturer, Angela demande de l’aide à un vieil ami…

Claire et Nathan décident de se cacher au Mexique, après que le pouvoir de Nathan ait été découvert. Pendant ce temps, Angela et Peter cherchent refuge dans une église et commencent à recoller les morceaux de leur relation brisée…

Pendant qu’Emilie Danko continue de mener l’opération du gouvernement, H.R.G. voit son mariage au bord de la rupture. De leur côté, Hiro et Ando poursuivent leur périple et ont une livraison spéciale pour Matt Parkman…

Le passé d’Angela ne pouvait rester enterré pour toujours, et c’est le moment où Nathan, Peter, Claire et H.R.G. l’aident à faire la lumière sur les sombres secrets qui l’ont hantée pendant des années. Pendant ce temps, Mohinder découvre que son père était impliqué dans une opération gouvernementale classée.

Sylar commence à payer le prix de ses nouveaux pouvoirs et commence à avoir une crise d’identité inattendue… Hiro et Ando décident d’agir pour en finir avec le « Bâtiment 26 »…

Le combat pour stopper Sylar aura des conséquences majeures pour tous nos Heroes. Nathan affronte Sylar en duel. De son côté, Hiro apprend qu’il y aura un prix à payer pour avoir récupéré ses pouvoirs…

Suite aux événements de l'an passé, tous nos Heroes commencent une nouvelle vie : Claire fait sa rentrée à l'université. Ando et Hiro sont de retour à Tokyo et montent leur entreprise « Appelez un héros » et Peter, à nouveau infirmier, utilise son pouvoir pour sauver des vies, pendant ce temps, un cirque mystérieux dirigé par Samuel arrive en ville…

Une mort mystérieuse sur le campus a attiré l’attention sur Claire. Matt est hanté par l’esprit de Sylar et Hiro tente, avec Samuel, de réparer une erreur du passé. De son côté, Noah apprend la mort de Danko par le biais de Tracy et demande de l’aide auprès de Peter.

Claire doit faire face à la découverte de son pouvoir par Gretchen, Matt, toujours traqué par Sylar enquête sur une affaire de drogue. Quant à Samuel, il rend visite à Peter qui rencontre une nouvelle Heroes aux pouvoirs étonnants !

À Tokyo, Hiro refuse de faire face à sa maladie et tente par tous les moyens d’empêcher un homme de se suicider. Tracy souhaite retrouver son ancien travail et Nathan, poussé par Angela, se remémore un douloureux souvenir…

Sylar refait surface et se fait arrêter pour les crimes qu'il a commis dans le passé; mais sa mémoire lui joue des tours. Samuel se prépare à agrandir sa famille, mais Lydia s’inquiète des répercussions que cela pourrait avoir. Quant à Emma, elle croise à nouveau le chemin de Peter.

La véritable identité de Sylar commence à ressurgir et il découvre avec horreur toutes les atrocités qu’il a commises. Peter et Noah, partent à la recherche de quelqu’un capable de sauver Hiro, mais leur mission s’avère difficile…

Matt, toujours hanté par Sylar, est bien décidé à remédier à ce problème. De leur côté, Noah et Tracy viennent en aide à Jeremy, arrêté par la police pour le meurtre de ses parents. Quant à Claire et Gretchen, elles subissent le bizutage de leur association étudiante qui s’avère très vite moins bon enfant que prévu…

Hiro retourne dans le passé afin de sauver Charlie, celle qu’il aime, une nouvelle fois. De son côté, Noah se rapproche sentimentalement de son ancienne coéquipière.

Après avoir été victime d'une tentative de meurtre par Rebecca, Gretchen quitte le campus pour retourner chez ses parents. La bataille de Sylar pour prendre le contrôle du corps de Matt devient potentiellement dangereuse, et pousse Matt à prendre une décision radicale pour y mettre fin…

Tracy n’arrive plus à contrôler son pouvoir et trouve de l’aide auprès de Claire. Samuel force Hiro à retourner dans le passé pour réparer les erreurs qu’il a commises, ailleurs, dans l’appartement de Noah, Claire et Tracy se rencontrent…

C’est Thanksgiving, de nombreux évènements se produisent : la famille Bennet se réunit autour d’un grand repas qui se termine en dispute ; les Petrelli reçoivent une visite inattendue et questionnent Angela ; quant à Sylar, il refait surface et joue les trouble-fête…

Peter est résolu à vaincre Sylar pour faire revenir son frère, Noah et Lauren doivent faire équipe malgré leur rivalité. Pendant ce temps, Claire et Gretchen suivent la route que leur indique la boussole et arrivent au cirque.

Hiro, de retour à Tokyo, essaie de délivrer un message codé à son ami Ando. Pendant ce temps, Samuel part à la recherche d’Emma. Claire comprend qu’il cache quelque chose et commence à enquêter, mais Eli la surveille…

Peter doit accepter la mort de son frère et Angela demande à Claire de veiller sur lui. De son côté, Sylar va au cirque pour tuer Samuel. Mais il semble qu’une partie de ses pouvoirs ait disparu. Enfin, Edgar se rend chez Noah…

Hiro et Ando retrouvent la trace de Mohinder dans un hôpital psychiatrique en Floride, Noah demande à Matt de l’aider à attraper Samuel, puis retourne voir sa fille Claire pour se faire pardonner et récupérer la boussole. De son côté, Emma attire Peter en jouant du violoncelle.

Tandis que Sylar rend une petite visite à Claire et Gretchen, Samuel tente d'arranger les choses avec Vanessa en lui offrant la maison de ses rêves. Pendant ce temps, Hiro lutte littéralement pour survivre et est transporté à l’hôpital ! Alors qu'il dans le coma il se voit sur le banc des accusés d’un tribunal un peu particulier…

Alors qu’au cirque les choses dégénèrent pour Samuel, Claire, Noah et Lauren s’y rendent très rapidement. De son côté, Sylar va voir Matt pour qu’il lui vienne en aide, tandis que Peter continue à faire des rêves étranges concernant Emma et Sylar.

Au cirque, Samuel utilise la mémoire de Noah pour atteindre Claire. Coincé dans le cauchemar de son pire ennemi, Peter devra apprendre à cohabiter avec Sylar pour pouvoir s’en sortir. Au même moment, Emma et Lauren se rencontrent…

Hiro doit faire face aux conséquences de ses actes et est appelé à agir pour empêcher un désastre. Claire et Noah se retrouvent piégés sous terre et manquent rapidement d’oxygène. Enfin, les Heroes se retrouvent à New York pour affronter Samuel… ce sera le choc des titans !