Grâce à un saut dans le futur, l’identité de l’assassin de Nathan est révélée. Matt se lance à sa poursuite mais se retrouve dans un désert. Pendant ce temps Sylar, qui a perdu ses pouvoirs, décide de rendre visite à Claire pour les récupérer…

Claire s’inquiète de ne plus ressentir de douleur en se blessant depuis la visite de Sylar. Une dispute éclate entre Peter et Angela, qui réalise à quel point son fils a changé. Hiro et Ando se lancent à la poursuite de Daphne, qui possède un surprenant pouvoir…

Angela, maintenant à la tête de la Compagnie, envoie H.R.G. et son plus qu’inattendu partenaire résoudre une prise d’otage effectuée par quatre des Traîtres échappés du Niveau 5. Parmi eux figure Jesse, dans lequel le Peter du futur a emprisonné le Peter du présent.

En visitant un futur dans lequel presque tout le monde possède des pouvoirs, Peter se promet d’empêcher la formation de ce monde condamné à la destruction. Pendant ce temps Claire se lance à la poursuite d’un Traître découvert dans les archives d’H.R.G.

Claire tente d’arrêter un Traître qui a le pouvoir de créer des trous noirs, mais elle n’est peut-être pas aussi invulnérable qu’elle voudrait le croire. Hiro décide de devenir ami avec Daphne et Knox, malgré la réticence d’Ando. En Afrique, Matt assiste dans ses visions à la destruction de son bonheur promis…

Impressionnés par sa soudaine cruauté, les Traîtres aidés de Knox et Daphne emmènent Hiro à Pinehearst et lui confient une mission. Pendant ce temps, Claire et sa mère Sandra tentent de libérer Meredith des griffes du Traître Doyle.

Suresh lutte contre la mutation qu’il subit suite à l’injection de sa formule. En découvrant la cruauté avec laquelle Peter a été capturé à Pinehearst, Angela tente de convaincre Sylar de sauver son frère. Pendant ce temps, Hiro repense son plan d’attaque contre ses ennemis…

Pour mieux se préparer au combat qui l’attend, Hiro revient dans le passé pour suivre Arthur Petrelli, les jours précédant sa « mort » afin de découvrir ce qui l’a conduit à créer la compagnie rivale Pinehearst et à s’attaquer à Angela.

Après avoir ordonné une attaque contre Hiro et Ando en Afrique, Arthur Petrelli charge Knox et Flint de capturer son fils Peter et sa petite-fille Claire. Nathan est choqué d’apprendre que son père est toujours en vie et qu’il dirige les offensives des Traîtres en vue de détruire le monde.

Une puissante éclipse se produit et semble influer sur les pouvoirs des Heroes. Arthur ordonne à Sylar et Elle de trouver Claire et de la lui ramener. Matt, Hiro et Ando décident de faire équipe et suivent Daphne jusqu’à sa ville natale d’Athènes, en Géorgie, et lèvent enfin le voile sur le secret qu’elle protège…

Hiro et Claire retournent ensemble dans le passé, au moment où Kaito confie la jeune Claire à H.R.G. Pendant ce temps, Peter et l’Haïtien font équipe pour en finir avec Arthur, mais sont interrompus par Sylar…

L’attaque contre Arthur Petrelli entraîne les frères Petrelli dans un face-à-face au cours duquel Nathan lancera une attaque lourde de conséquences. Pendant ce temps, Sylar retient Claire, H.R.G., Meredith et Angela en otage à Primatech. De leur côté, Ando Matt et Daphne cherchent toujours à sauver Hiro, et le Dr Suresh pourrait être leur seul espoir.

Depuis la destruction de Primatech et de Pinehearst, nos Heroes tentent de mener une vie normale. Ayant perdu ses pouvoirs, Hiro entraîne Ando à devenir un véritable super héros, malgré les réticences de ce dernier. Suresh est redevenu chauffeur de taxi, et Peter a repris son métier d’infirmier. Mais un complot mortel va rappeler nos Heroes à leur devoir…

Traqué par leurs anciens ennemis et trahis par un des leurs, les Heroes sont obligés de prendre la fuite. Le destin tragique d’un proche de Matt lui est révélé.

Le plan de Nathan est mis à mal par une enquête dirigée directement par le Président des Etats-Unis. Luke et Sylar partent à la recherche du père de ce dernier, mais sont en fait suivis par les agents de Nathan…

Retenu en hotage, H.R.G. découvre à ses dépens les méthodes d’interrogation de Matt Parkman, et révele comment il s’est rangé du côté de Nathan et de son complot pour capturer les détenteurs de pouvoir.

Matt et Peter s’engagent dans une course contre la montre pour sauver Daphne du « Batiment 26 » et y découvrent un dossier qui pourrait compromettre le plan du gouvernement. Sylar commence à recouvrer des souvenirs de son père qui le conduisent à découvrir la vérité sur sa mère.

Quand Sylar voit enfin son père, les retrouvailles ne sont pas celles auxquelles il s’attendait. De son côté, Claire se demande si elle doit empêcher son ennemi juré, Eric Doyle, d’être capturé.

H.R.G. convainc Emilie Danko, « Le Chasseur », de libérer Tracy du « Bâtiment 26 « , avec l’espoir qu’elle le mène au « Rebelle ». Pour éviter de se faire capturer, Angela demande de l’aide à un vieil ami…

Claire et Nathan décident de se cacher au Mexique, après que le pouvoir de Nathan ait été découvert. Pendant ce temps, Angela et Peter cherchent refuge dans une église et commencent à recoller les morceaux de leur relation brisée…

Pendant qu’Emilie Danko continue de mener l’opération du gouvernement, H.R.G. voit son mariage au bord de la rupture. De leur côté, Hiro et Ando poursuivent leur périple et ont une livraison spéciale pour Matt Parkman…

Le passé d’Angela ne pouvait rester enterré pour toujours, et c’est le moment où Nathan, Peter, Claire et H.R.G. l’aident à faire la lumière sur les sombres secrets qui l’ont hantée pendant des années. Pendant ce temps, Mohinder découvre que son père était impliqué dans une opération gouvernementale classée.

Sylar commence à payer le prix de ses nouveaux pouvoirs et commence à avoir une crise d’identité inattendue… Hiro et Ando décident d’agir pour en finir avec le « Bâtiment 26 »…

Le combat pour stopper Sylar aura des conséquences majeures pour tous nos Heroes. Nathan affronte Sylar en duel. De son côté, Hiro apprend qu’il y aura un prix à payer pour avoir récupéré ses pouvoirs…