Peter é capturado por criminosos irlandeses na Season Premiere, tem amnésia e tem que redescobrir seus poderes. Completamente desmemoriado, conhece Caitlin, irmã de Ricky, chefe da gangue. Kaito Nakamura é morto quando é empurrado de um prédio por um estranho, que acaba pulando junto com ele, mas desaparece antes de chegar ao chão. Hiro viaja no tempo e conhece seu herói, Takezo Kensei. Ao descobrir que, na verdade, trata-se de um beberrão e com medo de ter alterado o futuro, Hiro põe sua máscara e o personifica. Usando seu poder ele desarma 11 homens. Hiro se apaixona pela filha do ferreiro, mas recua para que seu herói Takezo Kensei cumpra seu destino. Claire tentando descobrir seus limites pega uma tesoura e corta um de seus dedos do pé fora, enquanto West a observa pela janela.

Sylar continua vivo. Ele mata Candice Wilmer, que o havia salvado a serviço da Companhia. Porém, para sua surpresa, descobre que perdeu seus poderes. Peter é forçado a ajudar os criminosos em um roubo para recuperar suas memórias e salva os gângsters, ao levitar um carro blindado e jogá-lo nos guardas. Ele também descobre que conseguiu o poder de controlar a eletricidade. Por estar gostando de Caitlin e por medo de descobrir que é uma pessoa má, Peter desiste de saber quem é. Mohinder salva o moribundo haitiano do vírus que atingiu sua irmã, ao injetar seu sangue nele. Niki se junta à Companhia. West mostra seu poder de voo para Claire.

Aparece um novo personagem, Monica, prima de Micah, que tem o poder de replicar qualquer movimento físico. Ela derruba um homem armado ao efetuar um movimento de show de luta livre (619 de Rey Mysterio). Os jovens Alejandro e Maya encontram Sylar deitado de bruços no deserto mexicano e o ajudam. Ele conta que seu nome é Gabriel Gray e que tem vontade de ajudar, mas secretamente mata Derek em um posto de gasolina. Parkman descobre que seu pai, que havia o abandonado aos 13 anos, estava envolvido com Linderman, com os Petrelli e com Nakamura e pede para que Molly o localize. Eles descobrem que ele é o homem que Molly vê em sua mente. Ele olha para ela e Molly acaba perdendo a consciência.

Uma misteriosa mulher procura Peter no cais, local onde foi encontrado, obtendo informação de que ele se encontra no Pub irlandês. Parkman segue a pista que Molly lhe deu e junto a Nathan, vão tentar obter informações sobre o pai de Parkman e que ligações tinha com o assassinato de Nakamura. Monica com ajuda do primo Micah consegue assimilar, incrédula, o dom que tem. Ando com ajuda de peritos toma conhecimento das aventuras de Hiro na época feudal japonesa, através de mensagens deixadas por ele em objetos de propriedade, no presente, da família de Hiro.

Peter e Caitlin decidem ir para Montreal. Bob quer testar uma nova vacina que tira os poderes em Monica mas Mohinder o enfrenta. O Sr. Bennet e o haitiano viajam para Odessa, Ucrania e vão atrás de Ivan em busca dos quadros de Issac sobre o futuro. Sylar convence Maya a matar todos os policiais da fronteira para chegar aos Estados Unidos. Hiro beija a namorada de Kensei e ele vê tudo. Bob decide colocar Niki para trabalhar com Mohinder para assegurar que não haja mais mal-entendidos. Claire consegue a vaga de Líder de Torcida. Sr. Bennet encontra o resto dos quadros. Peter, já em Montreal, encontra um recado de Adam.

Quando uma de suas habilidades esquecidas subitamente se manifesta, Peter e Caitlin são jogados em uma situação crítica e aprendem em primeira mão como o vírus que atinge pessoas com habilidades pode ser poderoso. Suresh, Matt, Nathan, Niki e Bob se juntam para repelir o ataque do "bicho-papão". Apesar dos constantes esforços de Claire para Mantê-los separados, West fica sabendo que o homem que o sequestrou quando garoto é o pai dela. E, no Japão feudal, a lendária jornada de Hiro e Kensei dá uma dramática e final virada quando Hiro mata seu herói para impedir que a História seja alterada. Desesperado ao ver Caitlin sendo levada para a descontaminação, ao tentar ajudá-la Peter sem querer volta para o passado em Montreal. Ao chegar, o misterioso Adam lhe faz uma proposta tentadora, e o telespectador descobre que Adam é Takezo Kensei.

Quando o relógio recua quatro meses, Nathan paga um terrível preço pelo seu heroísmo e fica repleto de queimaduras. Enquanto Peter sobrevive a explosão sobre Nova York, a Companhia o taxa como uma ameaça para o mundo, o que o leva a um terrível confronto contra Elle e O Hatiano. D. L. faz um último sacrifício por Niki e Micah. Maya horrivelmente manifesta seus sombrios poderes pela primeira vez, o que faz correr com Alejandro aos EUA atrás de ajuda. Um rosto sombrio, mas familiar, é apresentado.

Convencido que a Companhia está próxima, Bennet prepara sua família para fugir, mas Claire tem outros planos. Enquanto isso, Hiro retorna do passado e fica sabendo da morte de seu pai. De luto, ele ruma ao passado e faz uma importante descoberta pessoal. Depois de um primeiro encontro com Elle, Suresh toma uma decisão que pode mudar vidas. Enquanto isso, Matt enfrenta obstáculos, em parte usando seus poderes mentais em expansão.

Peter viaja até a Primatech Paper no Texas com seu novo amigo para destruir o vírus que pode destruir 93% da população da Terra no futuro, pelo menos é o que Peter acredita. Niki retorna com más notícias. Para corrigir um erro, Monica coloca suas habilidades em teste, enquanto Hiro vai atrás do assassino de seu pai. Matt usa seus poderes mentais para achar a última pessoa da foto da Companhia. Nathan descobre que seu irmão está vivo. Fora de Nova York, Maya deve escolher entre Sylar e Alejandro.

Nas profundezas da Primatech Paper em Odessa - Texas, a reunião de Peter e Nathan se torna violenta quando os irmãos, Matt e Hiro se desentendem graças a Adam e sua busca pelo vírus Shanti. Depois de ver sua heroica prima ser capturada por uma gangue de rua, Micah recorre a única pessoa que pode ajuda-lo a salvar Monica, sua mãe. Enquanto isso, Maya aprende tragicamente o quanto Sylar é um monstro durante o sequestro de Molly e Suresh. Elle decide bancar a heroína para voltar as boas com seu pai.