Quattro mesi dopo la sconfitta di Sylar e il gesto eroico di Peter e Nathan, emergono nel mondo nuovi eroi dotati di straordinari poteri - e spesso spaventosi - poteri. Ad esempio ci sono i due fratelli messicani Alejandro e Maya: quando è emotivamente sconvolta, Maya emana una forza letale per tutti gli esseri umani nei paraggi, e solo il fratello riesce a controllarla.

Peter si ritrova vittima di un'amnesia e prigioniero di un gruppo di gangster irlandesi che ne sanno più di lui del suo passato. Hiro cerca di arginare le conseguenze del suo involontario viaggio nel passato. Nel frattempo, i poteri di Kensei sono rivelati.

Suresh scopre un nuovo dipinto di Isaac Mendez che mostra la morte di qualcuno; intanto, Maya libera Alejandro da un carcere messicano e Niki e Micah lasciano Las Vegas per cercare di lasciarsi alle spalle il passato.

Monica, la cugina di Micah, inizia a scoprire le sue incredibili capacità. Intanto Matt chiede a Molly di localizzare l'uomo che la terrorizza nei suoi incubi e Maya e Alejandro continuano a cercare di varcare il confine.

West cerca di convincere Claire a farsi valere con il padre, mentre Hiro lotta contro i popri sentimenti per la bella Yaeko. Suresh affronta ulteriori problemi con la compagnia. Alejandro e Maya proseguono il loro viaggio a fianco di Sylar ma il ragazzo è molto sospettoso.

Peter e Caitlin scoprono gli spaventosi effetti futuri del virus che ha iniziato a colpire gli eroi. Intanto diversi tra di loro si alleano per fermare l'Uomo degli incubi. West è sconvolto quando scopre l'identità del padre di Claire.

Gli eventi trascorsi tra la battaglia con Sylar e l'esplosione della bomba nei cieli di NY sono rivelati, e scopriamo le ragioni della fuga di Maya e Alejandro e come Peter è finito in Irlanda.

Convinto di essere stato localizzato dalla Compagnia, Bennet decide di fare trasferire nuovamente la sua famiglia, ma l'idea a Claire non piace affatto. Hiro, che ha saputo della morte di suo padre, torna nel passato per cercare di impedirla. Intanto Matt impara a gestire le sue nuove abilità mentali.

Dopo aver rintracciato la donna nella foto della Compagnia, Peter decide di andare alla Primatech in Texas per distruggere il virus, ma non tutto è come sembra. Hiro cerca di scoprire chi è l'assassino di suo padre, e, mentre Niki e Micah sono di nuovo insieme, Claire affronta lo shock della morte di suo padre.

In Texas, Peter, ingannato da Adam, combatte contro i suoi amici; intanto Mich chiede l'aiuto della madre per salvare Monica, finita in mano a dei delinquenti, e Maya scopre la verità su Sylar.