あのカービープラザでの死闘から4ヶ月後。ベネット家はバトラーと名を変え、カリフォルニアで新しい生活を始めていた。ベネットはコピー会社に勤め、クレアとライルも新しい学校に行き始めた。ニューヨーク市警の試験にパスし念願の警部になったマットは、モリーと一緒に生活している。過去の日本にタイムスリップしてしまったヒロは、あこがれの英雄ケンセイに出会っていた。アンドウとカイトはニューヨークでヒロの帰りを待っているが、この４ヵ月何の知らせもない。そんなある日、カイトのもとに24時間以内に死ぬというメッセージが送られてくる。

ヒロは憧れのケンセイがただの飲んだくれだと知ってガッカリする。何とかケンセイに伝説のヒーローらしく振る舞ってもらおうと説得するが効果なし。そこでヒロはケンセイになりすまし悪者をやっつけ、刀鍛冶の娘ヤエコの恋心も奪う。メキシコ国境にたどり着いたマヤとアレハンドロ。だが警察に追い詰められアレハンドロと離ればなれになったマヤはパニックを起こし、黒い涙を流す。すると周囲にいた者が次々に倒れていく。

ピーターは、リッキー率いるグループの盗みを手伝うことに。その仲間の一人ウィルの裏切りを見抜いたピーターを、リッキーは仲間に迎え入れようとする。一方、クレアは足の指を切ったところをウエストに見られた件を、ペディキュアを塗っていたからだと言い訳する。だが、ウエストが授業中、クレアの力を暴露するようなことを発言、クレアはその場から逃げ出してしまう。一方、モヒンダーはアイザックの描いた絵を発見する。アンドウくんはヒロの手紙を発見する。

クレアに彼氏ができたのかどうか直接問いつめるベネット。ウエストのことを内緒にしているクレアは仕方なく、あるウソをつく。病院に運ばれたアンジェラはカイト殺しの罪を認める。だが尋問するマットに「これ以上、捜査をするな」というメッセージを送ってきた。アンジェラが殺人犯ではないと確信したマットはネイサンと共に調べ始める。一方、マイカのいとこモニカは働いているハンバーガー店に入った強盗を見事に撃退する。彼女にも特別な能力があるようで…。

モリーの意識が戻らなくなり、マットはその原因である人物を尋ねる決心をする。ピーターはリッキーから渡された箱を開け、自分が持っていた物を手に取るが何も思い当たるものがない。そんな中、ピーターを捜しに来たというエルと名乗る女性が現れる。

モニカはモヒンダーに連れられて組織へ。そこで能力を徹底的にテストされるが、ボブは別の「テスト」を考えていた…。サイラー、マヤ、アレハンドロの3人は、ついにメキシコ国境を越えるが、その途端、国境の監視員に取り囲まれる。サイラーは、ここを乗り切るには特殊能力を使うしかないと、マヤをそそのかす。ヒロ、ケンセイ、ヤエコの3人は、刀鍛冶を助けるために白ヒゲの陣地へ。だが敵に追い詰められたヒロはヤエコの前で…。一方、ピーターとケイトリンは手がかりを追ってモントリオールへ。そこで「アダム」という人物からのメッセージを見つけたピーターは次の瞬間…

現代に戻ったピーターを待っていたのはアダム・モンローだった。何も覚えていないピーターにアダムは、再生能力を使って記憶を修復できるはずだという。ピーターはネイサンの写真を見つめる。4ヶ月前、あのカービープラザで起こったこととは一体･･･。

再び引越しの準備にとりかかっているベネット家。それでもクレアは自分は絶対ここに残るといって父親と徹底抗戦のかまえだ。だがそんなクレアに危険が迫っていた…。現代に戻ったヒロは、父カイトを守れなかったことを悔やみ、父を殺した犯人の正体をつきとめるため、再び過去へ飛ぶ。

ピーターはアダムと一緒に、組織の創立メンバーであるビクトリアという女性を訪ねる。彼女は30年前、“組織”でウイルスを研究していた･･･。一方、父 DLの形見が入ったリュックがギャングにとられてしまい落ち込むマイカをみかねて、モニカはリュックを取り戻すことを約束、ギャングのアジトにもぐりこむ。マヤは“ガブリエル”を信じているが、ついに弟アレハンドロとの間に亀裂が…。ヒロは父の荷物の中から１枚の写真を見つける。それは30年前に撮影されたもので、そこには父カイトと共にある人物が写っていた…。一方悲しみに暮れるベネット家だったが…。

サイラーとマヤはモヒンダーの家にたどり着く。マヤは念願の博士に会えて大喜びで、「特殊能力を消してほしい」と頼むのだが…。釈放されたアンジェラから、アダム・モンローのことを聞きだすネイサンとマット。二人は彼の計画を阻止すべくプリマテック製紙へ向かう。一方、ピーターは…。