La ragione per cui la conferenza stampa di Nathan Petrelli è stata interrotta viene rivelata, e Peter e Matt si trovano costretti ad agire subito. Intanto Sylar, che ha di nuovo i suoi poteri, decide di tornare all'attacco di Claire Bennt, la cheerleader indistruttibile. A Tokyo, un segreto delicatissimo viene affidato a Hiro e Ando, che scoprono che il ruolo di una certa Daphne nell'innescare la futura distruzione è cruciale. A New York Suresh, grazie a Maya, fa una straordinaria scoperta.

Angela ha uno scontro con suo figlio Peter, un uomo ormai irrimediabilmente cambiato, riguardo alla catastrofe che sembra ormai inevitabile. Intanto Sylar dichiara guerra alla Compagnia attaccando la sua sede principale, e, al Livello 5, trova pane per i suoi denti. Durante una selvaggia battaglia con Elle, dodici pericolosissimi criminali/ mutanti riescono a fuggire.

Il padre di Claire ha un nuovo partner, mentre Hiro ed Ando seguono Daphne fino in Germania e Tracy Strauss si mette alla ricerca di risposte su Niki. Entrano in scena quattro nuovi nemici.

Nel futuro Peter prende una decisione rischiosa per salvare il mondo usando un potere pericoloso mentre gli eroi sono divisi in due schieramenti e ancora non è possibile sapere chi sono i buoni e chi i cattivi.

Mohinder scivola sempre di più nell'abisso della sua mutazione e gli eroi continuano a dividersi schierandosi su due fronti mentre la Compagnia deve affrontare un nuovo nemico che sta reclutando persone dotate di abilità speciali al fine di formare un temibile esercito.

Mentre Hiro, reclutato da Daphne, va in Africa per cercare il veggente che ha aiutato Matt Parkman, Claire e Sandra Bennet corrono in aiuto di Meredith prigioniera del terribile Eric Doyle. Mohinder intanto prosegue i suoi esperimenti e questa volta ha a disposizione due cavie d'eccezione, ma i destini degli eroi continuano ad intrecciarsi e sullo sfondo si staglia la cupa figura del nuovo avversario: Arthur Petrelli.

Tracy e Nathan cercano di salvarsi da Mohinder che non ha più il controllo di sé stesso. Sylar riceve l'incarico di salvare Peter dalla compagnia rivale, mentre Daphne è obbligata ad uccidere o essere uccisa. Nel frattempo Hiro è ancora alla ricerca di risposte.

Hiro cerca di indagare sul passato di Arthur Petrelli per scoprire i motivi che l'hanno spinto a creare una compagnia rivale, la Pinehearst, ed a sviluppare un odio nei confronti di Angela. Sylar in preda ai sensi di colpa cerca di fermare i suoi metodi violenti. L'addestramento di Meredith va in fumo all'arrivo di suo fratello.

Nathan scopre i piani del padre, mentre Flint e Knox attaccano Hiro, Ando, Peter e Claire. Nel frattempo, Matt cerca di resuscitare Angela, Sylar si incontra con Elle e Mohinder inizia a testare la sua nuova formula per i superpoteri.

L'eclisse fa una strage dei poteri degli eroi. Arthur ordina ad Elle e Syler di portargli Claire, mentre Hiro, Ando e Matt seguono Daphne nella sua città natale per scoprire che cosa sa Arthur di lei. Peter e Nathan viaggiano al paese natale dell'Haitiano per reclutarlo per la guerra contro Pinehearst.

L'eclisse continua a creare caos. Sylar ed Elle affrontano la collera del padre di Claire, mentre Peter, Nathan e l'Haitiano fronteggiano Baron Samedi. Ando e Frack cercano di aiutare Hiro con la sua perdita di memoria.

Nathan e Peter si affrontano e Nathan fa un passo di conseguenze devastanti. Sylar prende delle provvedimenti disperati alla Primatech ed i destini di molti eroi restano in bilico. Ando, Matt e Daphne continuano la loro missione per salvare Hiro.

Tre settimane dopo la caduta della Primatech e della Pinehearst, Nathan convince il presidente che tutti quelli con abilità speciali devono essere catturati ed imprigionati.

Gli eroi diventano dei veri e propri fuggitivi, impegnati a scappare da uno di loro. Sylar si mette alla ricerca del padre ed i dipinti di Matt rivelano un oscuro destino.

Mentre il presidente inizia ad indagare sulle attività di Nathan, Sylar si prepara a trovare suo padre. Hiro, Ando e Matt viaggiano verso l'India per trovare un nuovo alleato e Claire affronta l'ira del padre per proteggere un nuovo amico.

Il padre di Claire e Matt sono impegnati in una serie di rompicapo per scoprire la verità a proposito del piani di Nathan. Peter riesce ad incontrare The Hunter in persona.

Matt e Peter si affrettano a recuperare Daphne e scoprono delle prove che possono rivelare i piani del governo per catturare quelli che hanno dei poteri. Sylar scopre la verità riguardo la madre da vecchie memorie del padre.

Sylar finalmente trova suo padre e Claire deve decidere se aiutare il suo nemico giurato. Danko intanto scava tra i segreti della famiglia Petrelli e Matt deve trovare una via d'uscita da una situazione esplosiva.

L'identità del Ribelle viene rivelata. Noah vuole che Danko lasci andare Tracy nella speranza che lei li conduca al ribelle. Hiro ed Ando continuano la missione che è stata affidata loro per tenere il salvo il nuovo eroe.

Gli eroi cercando di ricucire i loro rapporti incrinati mentre Nathan e Claire cercano rifugio in Messico e Peter ed Angela si nascondono in una chiesa. I tentativi di Danko di spazzar via quelli con superpoteri si intensificano quando si unisce ad un nuovo alleato a sorpresa.

Qualcuno vicino a Danko è preso di mira quando questi comanda l'operazione contro i superuomini. Nel frattempo il matrimonio di Noah continua a crollare, mentre Hiro ed Ando continuano il loro viaggio per salvare Matt. Angela affronta dei demoni dal suo passato.

Angela porta allo scoperto gli oscuri segreti del suo passato, mentre Mohinder viene a conoscenza del coinvolgimento del padre in una dimenticata operazione governativa.

Sylar, ancora impegnato in una improbabile alleanza, affronta una crisi d'identità mentre il suo nuovo potere comincia ad influenzarlo in strani modi. Hiro ed Ando cercano di abbattere l'edificio 26 mentre Matt lotta con la paternità. Nathan inizia a mettere insieme un piano per sistemare le cose.

Nathan cerca di impedire che Sylar incontri il presidente, mentre lo stesso Sylar ha intenzioni ben precise riguardo il suo partner. Hiro scopre che il ritorno dei suoi poteri non è senza conseguenze.