Négy évvel később járunk a jövőben, amikor is Claire fegyvert szegez Peter-re, és meg akarja ölni. A férfi hiába ígéri, hogy visszatér a múltba és mindent helyrehoz, Claire mégis rálő. Peter-nek ezért meg kell állítania az időt. A jelenben később Nathan-t a jövőbeli Peter meglövi, hogy elmaradjon a sajtótájékoztató, ahol felfedné a létezésüket. Sylar eközben Claire-re támad a képességéért. Hiro pedig üzenetet kap a halott apjától, ami a jövőjére vonatkozik. Suresh ez alatt rájön Maya-t vizsgálva, hogy honnan erednek a képességek, így beadja magának a szérumot...

Angela álmot lát, amelyben a képességekkel rendelekezők halottak, s csak Sylar és Tracy maradtak életben. Suresh új képessége a mozgásának felgyorsulása, s az érzékeinek kiélesedése, valamint, hogy tud falon mászni. Claire elmeséli Peter-nek, hogy mi történt vele. Tracy pedig felkeresi Nathan-t, és felajánlja neki a helyettes szenátori széket. Sylar eljut az 5-ös szintre, amikor is robbanás történik, s a rabok kiszabadulnak. Angela veszi át a hatalamat a Társaság élén. Claire-re pedig az anyja vigyáz majd, hogy a kiszabadult rabok ne bánthassák. Ekkor pedig különös dolog derül ki Sylar-ről...

Sylar csatlakozik az 5. szint munkájához, így Noah Bennet partnere lesz. Claire eközben részt akar venni a Föld megmentésében, s a vérszerinti anyját kéri meg, hogy segítsen neki. Tracy nyomozni kezd Niki után, és Micah-val is találkozik. A jövőbeli Peter pedig magával viszi a jelenben élőt, hogy megértesse vele a cselekedeteit. A szökött bűnözők bankrablását később Noah és Sylar közösen akadályozzák meg...

Suresh kezdi megtapasztalni magán a mellékhatásokat, amely a formula beadásával jár. Tracy eközben eljut Dr. Zimmermannhoz, akitől megtudja, hogy még két testvére volt, és mindnyájuk génjeit manipulálták. Nathan eközben végre felesküszik. Tracy pedig fel akarja adni a tanácsadói állását, és öngyilkosságot kísérel meg, de a férfi megmenti. A jövőbeli eseményekbe aztán Matt álmain keresztül láthatunk bele...

Claire segíteni akar a társaságnak, ezért úgy dönt, hogy egyedül kutatja fel az Ötös szint szökevényeit. Hiro eközben kiszabadítja Adam Monroe-t, hogy a segítségével a "gyorshajtó" nyomára bukkanjanak. Nathan pedig megtudja az anyjától, hogy nem Istentől, hanem egy orvostól kapta a képességeit. Maya később felfedezi Suresh titkát...

Meredith egy őrült fogságába kerül, amikor elindul, hogy megmentse Claire-t. Adam Monroe segítségével eközben Petrelli visszanyeri az erejét. Daphne és Matthew pedig találkoznak egymással. Nathan és Tracy felkeresik Suresh-t, mert a lány meg akar szabadulni a képességétől, ám csapdába esnek. Peter a Pinehearst-höz készül, Sylar azonban meg akarja akadályozni...

Suresh elmegy a Pinehearst-höz, ahol Mr. Petrelli a szeme láttára veszi el Maya képességét. Ezt látva pedig csatlakozik a kutatócsoporthoz. Elle és Claire úgy döntenek, hogy ők is elmennek a Pinehearst-höz, hogy megtudják, mit kínálnak nekik. Mr. Petrelli eközben megbízza Daphne-t, hogy ölje meg Matt-et. Suresh Peter-en akar kísérletezni, amikor is Sylar siet a segítségére. Nathan pedig megtudja, hogy él az apja, így találkozni akar vele...

Hiro lehetőséget kap rá, hogy betekinthessen a múltba, így az egy évvel korábbi eseményeket ismerhetjük meg. Láthatjuk Mr. Petrelli állítólagos halálát, valamint a Lindermann által elkövetett gyilkossági kísérletet Nathan ellen, és azt is megtudhatjuk, hogy Claire anyjából hogyan lett ügynök...

Peter elmondja Claire-nek, hogy a jövőben gyilkossá fog válni, és megöli őt. Matt eközben megpróbál segíteni Angela-nak, ám ehhez be kell férkőznie a fejébe. Syler megtanulja az együttérzés képességét, így pedig megkapja Elle képességét is. Daphne bevallja Matt-nek, hogy szereti, s ezzel megmenti magukat és Angela-t is. Hiro pedig azt hiszi, hogy 10 éves, mert Arthur törölte az emlékezetét, így Ando-nak kell újra megtanítania a képessége használatára...

Suresh rájön, hogy a napfogyatkozásnak köze van a képességekhez. Eközben pedig mindkét oldal rájön, hogy Claire a katalizátor, így Angela el akarja rejteni a lányt, míg Arthur Sylar-t küldi felkutatni őt. Elkezdődik hát a napfogyatkozás, és mindenki elveszíti a képességét, így amikor Claire-t meglövik, egyáltalán nem gyógyul. Peter és Nathan eközben elindulnak, hogy felkutassák a Haiti-t, ám csapdába esnek...

A napfogyatkozás végeztével mindenki visszakapja a képességét. Claire a halálból tér vissza, Matt a gondolatokon keresztül végre megérti Elle-t, és Haiti elveszi a gonosz testvére képességét. Claire-nek kell hát segíteni Hiro-nak visszakapni az emlékeit. Bennet elmondja Sylar-nek, hogy Arthur és Angelica nem a szülei, csak manipulálják őt. Suresh testében eközben pedig újra növekszik a szörnyeteg...

Nathan úgy dönt, hogy a Pinehurst élére áll, ám az apját kihagyná a terveiből. Sylar eközben újra a képességekre vadászik, mert tudni akarja az igazságot a származásáról. Hiro-t pedig meggyógyítja a múltban az édesanyja, így visszatérnek az emlékei. Peter és a Haiti ez alatt elindulnak, hogy megöljék Arthur-t...

Ando beadja magának a Suresh-től lopott formulát, hogy megkapja az időutazás képességét és megmenthesse Hiro-t, ám nem minden megy zökkenőmentesen. Sylar eközben fogságba ejti Angela-t, Claire-t és a szüleit, hogy bosszút álljon, amiért szörnnyé tették őt. Peter pedig elkezdi a Pinehearst laborját tönkretenni, Nathan azonban mindent megtesz, hogy ezt megakadályozza...

A repülőgép lezuhanása után több fogoly is kiszabadul, akiknek most már a lelövésére kapott parancsot a begyűjtő csapat. Parkman az új képessége segítségével rájön, hogy Nemesis bajban van, így megpróbál segíteni neki. Sylar eközben elfog egy ártatlan családot, hogy a túszul ejtett ügynököt beszédre bírja. Peter pedig a néhány szökevény élére állva megfogadja, hogy mindent megtesz Nathan hatalmának megdöntéséért...

Az Ellenállók megkérik Claire-t, hogy figyelmeztessen egy képességgel rendelkező fiút a kormányügynökök érkezésére. Így a lánynak a saját apjával kell ismét szembeszállnia. Sylar Luke-kal a szüleihez tart, amikor is egy közúti fotó segítségével Nathan csapata a nyomába ered. Majd Tracy manipulálásával Nathan megszerzi az elnök megbízottjának támogatását a programjához...

Peter, Suresh és Matt elrabolják Noah Bennet-et, hogy Parkman a fejébe jutva információkat szerezzen az Ellenállók számára. Később aztán rájönnek, hogy Nathan és Bennet együtt hozták létre a kormányszervezet által támogatott programot, mely a képességgel rendelkezőket gyűjti be, majd aztán arra is, hogy ki a vezetőjük...

Claire anyja rájön, hogy a lánya Alex-et rejtegeti a házukban, majd az első mérgén túljutva megpróbál segíteni a fiataloknak. Peter és Matt betörnek a 26-os létesítménybe, hogy Daphné nyomára bukkanjanak, közben pedig bizonyítékot szereznek Nathan szervezete ellen, és Daphné-ra akarják elcserélni. Peter megsérül az akció során, de az anyja és a testvére megmentik őt. Sylar pedig az emlékei hatására, amelyek az ismerős helyeken törnek rá, teljesen meggyűlöli az apját...

Danko Tracy-n keresztül akarja bizonyítani, hogy Nathan is rendelkezik képességgel. Sylar megtalálja az apját, ám amikor meg akarja ölni, rájön, hogy az öreg haldoklik. Claire úgy dönt, hogy jelentkezik a képregény boltba Alex helyére, hogy a "menekültek" ne az otthonában keressék. Angela eközben mindent megtesz azért, hogy Danko-t eltávolítsa Nathan közeléből...

Miután Danko rájön, hogy Nathan is különleges képességekkel rendelkezik, úgy dönt, hogy Angela-t is elfogja, ám a terve kudarcba fullad. Tracy kiszabadul a 26-os létesítményből és magával viszi Suresh-t, Nemesis-t és Matt-et is. Nemesis-t azonban egyből kórházba kell vinni, mert a lőtt sebét még nem látták el. Tracy a Bennet-tel kötött alku értelmében elvezeti Danko embereit a Lázadóhoz, ám amikor megtudja, hogy az álnév kit takar, megbánja az árulását...

Denko és Sylar szövetséget kötnek egymással. Az alakváltó után nyomoznak, amikor megtalálják, s éppen Sylar alakjában van, így amikor megölik, Bennet azt hiszi, hogy a veszélyes pszichopata immár halott. Peter megmenti Angela-t, az asszony azonban nem képes álmodni, ezért abba a templomba mennek, ahol annak idején Arthur-ral összeházasodtak, hogy megnyugvást leljen a lelke. Nathan eközben Mexikóba viszi Claire-t, ám nincs pénzük, így a férfi fogadást ajánl néhány turistának...

Matt akkora fájdalmat akar Danko-nak okozni, amekkora neki Nemesis elvesztése volt, ezért csapdába csalja őt. Később Ando-ék mentik meg attól, hogy kegyetlen gyilkossá váljon, vagy ő maga haljon meg. Angela álma eközben elvezeti a családot arra a helyre, ahol minden elkezdődött. Bennet pedig rájön, hogy a holttest nem Sylar-é, ám nem tudja bizonyítani, így menekülnie kell...

Nathan nagyon szeretné rendezni a viszonyát Peter-rel, ám a fiatalabbik testvér nem könnyíti meg a dolgát. Angela érzi, hogy a húga, aki az időjárást képes befolyásolni, még életben van, annak ellenére, hogy 1961 óta már halottnak hitte. Eközben pedig Suresh is csatlakozik a csoporthoz...

Matt úgy gondolja, hogy a fiának az anyjánál van a helye, azért visszaviszi a kisfiút, ám közben ügynökök veszik körül a házat. Sylar pedig már nem tudja, hogy ki is ő valójában, így amikor egyedül van, az anyjával beszélget. Találkozik Micah-val, és megmenti a fiú életét. Nathan-nek pedig eközben meg kell akadályoznia, hogy Sylar az ő alakjában találkozzon az elnökkel...

Angela arról álmodik, hogy Matt Parkman fogja Nathan életét megmenteni, ezért megpróbálja a férfit megtalálni. Hiro szervezete eközben nem bírja, hogy a férfi állandóan megállítja az időt, így folyton rosszul van, de nem engedi Ando-nak, hogy segítsen neki. Peter-nek kell később Sylar eszén túljárni ahhoz, hogy legyőzhessék a férfit...