Na een blik in de toekomst wordt de schutter van Nathan onthuld. Matt achtervolgt hem en belandt in een woestijn. Hiro ontvangt een belangrijk bericht van zijn vader. Sylar bezoekt Claire. Maya geeft Mohinder een idee voor zijn onderzoek. Nathan herstelt en krijgt bezoek van Linderman.

Sylar gaat naar het bedrijf en laat per ongeluk 12 superkrachtige criminelen vrij in een gevecht met Elle. Toekomstige Peter probeert zijn fout recht te zetten. Angela neemt het bedrijf over. Claire leert meer over haar krachten. Hiro en Ando reizen naar Parijs om de speedster op te sporen die hen heeft beroofd. Maya ontdekt dat de injectie van Mohinder hem heeft veranderd. Matt vleest Usutu, een Afrikaan met een bekende kracht.

HRG en zijn nieuwe partner gaan met vier schurken naar een lokale bankoverval; inclusief Peter die vastzat in een van hen. Hiro en Ando volgen Daphne naar Duitsland en ontmoeten de Haïtiaan. Tracy Strauss gaat naar New Orleans om meer informatie over Niki te achterhalen. Meredith leert Claire een lesje over vechten. Usutu laat Matt een serie schilderijen over hem zien.

Peter reist naar de toekomst en gebruikt een gevaarlijk vermogen om de wereld te redden. Ondertussen worstelt Mohinder met zijn voortdurende evolutie van de formule, en Hiro en Ando herenigen zich met een oude vijand.

Claire besluit zelf een van de schurken aan te pakken, maar ze is misschien niet zo onkwetsbaar als ze denkt. Nathan en Tracy zoeken naar de waarheid over hun afkomst. Maya doet een schokkende ontdekking. Hiro en Ando zoeken hulp op de meest onwaarschijnlijke plaatsen.

De schurken Knox en Daphne zijn op een zoektocht om Hiro en anderen te rekruteren voor de Pinehearst-groep. Angela en het bedrijf zijn verlamd door de recente gebeurtenissen. Peter gaat naar Pinehearst op zoek naar antwoorden, maar is verbijsterd als hij hoort wie de oprichter is. Claire en Sandra gaan op een missie om Meredith te redden uit de klauwen van Doyle, een slechterik met het vermogen om mensen mentaal en fysiek onder controle te houden. Nathan en Tracy proberen met de hulp van Mohinder hun oorsprong te achterhalen.

Nathan en Tracy zitten gevangen en moeten vechten voor hun leven tegen Suresh, die dramatisch is veranderd. Elle keert terug met schokkend nieuws voor Claire en haar familie. Ondertussen probeert Angela Sylar ervan te overtuigen Peter te redden; Daphne krijgt de opdracht Matt te vermoorden, anders zal ze zelfmoord plegen; en Hiro twijfelt aan het advies van Usutu.

Hiro probeert in het verleden van Arthur Petrelli te duiken om het mysterie te ontdekken achter hem, het creëren van een rivaliserend bedrijf Pinehearst en zijn haat jegens Angela. Sylar wordt getroffen door schuldgevoelens en probeert zijn moordzuchtige gedrag te stoppen terwijl HRG en Elle strijden om zijn bloed. Merediths training gaat in rook op met de komst van haar broer.

Nathan hoort van de plannen van zijn vader, terwijl Flint en Knox aanvallen lanceren op Hiro, Ando, ​​Peter en Claire. Ondertussen probeert Matt Angela weer tot leven te wekken, ontmoet Sylar Elle en begint Mohinder zijn nieuwste superkrachtformule te testen.

De eclips veroorzaakt grote schade aan de krachten van de helden. Arthur beveelt Elle en Sylar om Claire binnen te halen. Hiro, Ando en Matt volgen Daphne naar haar geboorteplaats om erachter te komen wat Arthur op haar heeft, en Peter en Nathan reizen naar de geboorteplaats van de Haïtiaan om hem te rekruteren voor de oorlog met Pinehearst.

De eclips blijft chaos creëren. Sylar en Elle worden geconfronteerd met de woede van HRG. Peter, Nathan en de Haïtiaan nemen het op tegen Baron Samedi. Ando, ​​Sam en Frack proberen Hiro te helpen met zijn geheugenverlies.

Om Arthur tegen te houden, werken Hiro en Clair samen en reizen ze terug in de tijd, naar het moment waarop Kaito Claire aan H.R.G. Ondertussen gaan Peter en de Haïtiaan eropuit om Arthur tegen te houden, maar worden tegengehouden door Sylar en Suresh heeft een doorbraak met de formule.

Na de confrontatie met Arthur komen Nathan en Peter tegenover elkaar te staan, en Nathan neemt een beslissing die een effect zal hebben op de hele wereld. Ondertussen houdt Sylar Claire, HRG, Meredith en Angela gegijzeld bij Primatech; Ando, ​​Matt en Daphne proberen Hiro te redden en ontdekken dat hun enige hoop wellicht in Suresh ligt.

Drie weken na de vernietiging van zowel Primatech als Pinehearst, en de dood van Arthur Petrelli, keert de nu gemene Nathan terug uit wraak door de Amerikaanse president en de regering ervan te overtuigen alle mensen met capaciteiten op te pakken, wat leidt tot Claire, Ando, ​​Hiro Matt, Peter en Tracy zullen voortvluchtigen worden van de mensen die hun voormalige bondgenoten waren.

Na een reeks onverwachte gebeurtenissen zijn onze Helden op de vlucht voor hun nieuwste tegenstander en een van henzelf, Nathan Petrelli. Nadat Matt een reeks profetische beelden heeft geschilderd, wordt het tragische lot van iemand uit zijn omgeving onthuld. Elders zet Sylar zijn zoektocht naar zijn vader voort en ontmoet hij een jonge outcast met informatie en eigen vaardigheden.

Terwijl hij wordt gegijzeld, wordt HRG onderworpen aan de unieke ondervraging van Matt Parkman, waaruit blijkt hoe hij betrokken raakte bij Nathans regeringsplan om mensen met capaciteiten gevangen te nemen. Ondertussen brengen Matts ontdekkingen Peter oog in oog met "The Hunter".

Nadat ze een tip van "Rebel" hebben gekregen, rennen Matt en Peter naar gebouw 26 om Daphne te redden en bestanden te herstellen die de plannen van de regering zullen onthullen voor mensen met capaciteiten. Claire krijgt hulp van een onwaarschijnlijke bron bij het smokkelen van Alex de stad uit. Terwijl Sylar en Luke hun roadtrip voortzetten, begint Sylar herinneringen aan zijn vader te krijgen die hem naar de waarheid over zijn moeder leiden. Ondertussen zet "The Hunter" zijn eigen agenda in praktijk met een explosieve verrassing voor een van onze helden.

Wanneer Sylar oog in oog komt te staan ​​met zijn lang verloren gewaande vader, blijkt de reünie te zijn wat hij het minst had verwacht. Elders moet Claire, nadat ze een tip van "Rebel" heeft ontvangen, beslissen of ze haar gezworen vijand, Eric Doyle, wil helpen om gevangenneming te ontwijken. Ondertussen, terwijl 'The Hunter' van plan is de geheimen van de familie Petrelli te onthullen en de controle over Nathans operatie over te nemen, staat Matt in de schijnwerpers en staat hij op het punt Capitol Hill met de grond gelijk te maken.

HRG overtuigt Emile Danko, ook bekend als "The Hunter", om Tracy vrij te laten uit gebouw 26, in de hoop dat zij hen naar "Rebel" zal leiden. Terwijl Angela haar arrestatie ontwijkt, wendt ze zich tot een oude vriend voor hulp. In Los Angeles vervolgen Hiro en Ando hun nieuwste missie van "Rebel" om de nieuwste held te beschermen.

Nu de capaciteiten van Nathan aan het licht zijn gekomen en hij de controle over zijn operatie heeft verloren, duiken hij en Claire onder in Mexico. Nu Emile Danko de leiding heeft over de regeringsoperatie, wordt zijn plan om iedereen met capaciteiten te vernietigen in gang gezet terwijl hij samenwerkt met een onwaarschijnlijke partner. Ondertussen zoeken Angela en Peter hun toevlucht in een kerk en beginnen ze hun verbroken relatie te herstellen.

Terwijl Danko de regeringsoperatie leidt, wordt iemand die dicht bij hem staat in de vuurlinie geplaatst. Het leven van HRG blijft uit de hand lopen en zijn huwelijk staat gevaarlijk dicht bij het breekpunt. Ondertussen vervolgen Hiro en Ando hun roadtrip met een speciale bezorging voor Matt Parkman. Elders ontdekt Angela Petrelli de demonen uit haar verleden.

Terwijl Nathan, Claire, Peter en H.R.G. Angela helpen haar verleden bloot te leggen, onthult ze de duistere geheimen die haar al jaren achtervolgen. Ondertussen hoort Mohinder dat zijn vader betrokken is bij een lang vergeten overheidsoperatie.

Sylar zet zijn ongebruikelijke samenwerking voort en krijgt een onverwachte identiteitscrisis. Hiro en Ando nemen maatregelen om Gebouw 26 neer te halen. Ondertussen verandert Matts nieuw gevonden vaderschap zijn prioriteiten. Elders zet Nathan een plan in werking om de fouten in zijn overheidsoperatie recht te zetten.

Nathan neemt het op tegen Sylar om te voorkomen dat hij de president ontmoet. Sylar heeft zijn eigen plannen voor zijn nieuwe partner. Ondertussen ontdekt Hiro dat het terugkrijgen van zijn vaardigheden gevolgen heeft. Elders wordt Matt gedwongen tot het uiterste te gaan om zijn toekomst met zijn gezin te beschermen.