Die erste Folge setzt unmittelbar nach den Schüssen auf Nathan Petrelli ein. Die Identität von Nathans Mörder wird enthüllt und es kommt heraus, warum die Pressekonferenz in Texas so kurz ausfiel.

Angela stellt ihren sehr veränderten Sohn Peter zur Rede. Währenddessen kommt es in ihrer Umgebung zu Gewaltausbrüchen, die auf zukünftige Katastrophen vorausweisen.

Als vier Schurken eine Bank belagern, lässt Angela Noah und ihre gefährliche gehende Waffe auf sie los.

Um eine Welt zu retten, der die Zerstörung vorherbestimmt ist, muss sich Peter für eine wilde, gefährliche Superkraft entscheiden. Nur so ist er der Herausforderung gewachsen.

Mehrere Helden stehen am Scheideweg und müssen Entscheidungen treffen, die neu bestimmen könnten, wer "gut" und wer "böse" ist. Claire versucht, ihren ersten neuen Schurken zur Strecke zu bringen.

Hiro und andere nehmen das Angebot an, in die konkurrierende Firma Pinehearst Industries einzutreten. Währenddessen wird Peter durch ein Treffen mit deren schrecklichem Gründer für immer verändert.

Nathan, Tracy, Matt und Peter sind in die Falle gegangen. Verzweifelt kämpfen sie um ihr Leben gegen die wohlbekannten Gegner. Überraschend kehrt Elle zurück.

Um sich auf die bevorstehende Begegnung vorzubereiten, erforscht Hiro, welche Kräfte - und welche vertrauten Gesichter - dabei mitgeholfen haben, Sylar, Flint und Arthur Petrelli in Schurken zu verwandeln.

Die Helden fallen, als Arthur Petrelli seiner Ehefrau Angela, seinem Sohn Peter und allen, die zu ihnen halten, den Krieg erklärt.

Eine machtvolle Sonnenfinsternis wirft ihren Schatten auf alle Helden und beeinträchtigt ihre Kräfte.

Die Heroes müssen feststellen, wie sich die Sonnenfinsternis auf ihre Fähigkeiten auswirkt - und gelangen dadurch zu neuen Erkenntnissen.

Gemeinsam versuchen mehrere Heroes Arthur Petrelli aufzuhalten, der die Welt unter seine Herrschaft bringen will. Unterdessen versucht Sylar, die Fähigkeiten der anderen zu stehlen, und Hiro sucht immer noch nach seinem Gedächtnis.

Zwei Heroes stehen sich gegenüber. Nun wird sich zeigen, ob das Gute oder das Böse siegt - und was ist überhaupt was?

Eine Intrige von Nathan sorgt dafür, dass Jäger zu Gejagten werden. Gleichzeitig steckt Hiro in Japan immer noch in der Vergangenheit fest.

Selbst ein Flugzeugabsturz kann den Jäger nicht stoppen. Für die Helden beginnt ein Leben auf der Flucht.

Während Sylar zusammen mit Luke weiter nach seinem Vater sucht, gerät Nathan unter Druck. Denn nach dem Flugzeugabsturz hat der US-Präsident eine Agentin beauftragt, sein Projekt noch einmal gründlich zu überprüfen.

Peter, Matt und Mohinder Suresh nehmen Noah "H.R.G." Bennet gefangen und versuchen, seine Geheimnisse aus ihm herauszupressen. Doch selbst in dieser Lage intrigiert Noah weiter.

Matt und Peter kommen der Wahrheit immer näher - und Claire und Alex einander. Doch die Jagd geht weiter.

Zwischen Nathan und Danko, dem Jäger, kommt es zur Eskalation. Und Sylar findet endlich seinen Vater.

Daphne wird befreit und die Identität des "Rebellen? aufgedeckt - was verheerende Konsequenzen hat.

Das Katz-und-Maus-Spiel geht weiter. Claire und Nathan verlassen das Land, und der Jäger findet einen neuen Partner.

Beziehungen werden auf die Probe gestellt und Geheimnisse ausgegraben. Und plötzlich erscheint vieles in einem neuen Licht.

Angela gräbt in ihrer Vergangenheit und muss feststellen, dass damit etwas nicht stimmt.

Der Versuch, den größenwahnsinnigen Sylar aufzuhalten erweist sich als äußerst gefährlich und hat für einige Helden schlimme Konsequenzen.