Episódio duplo, onde Claire luta para se ajustar a sua nova vida na faculdade quando uma misteriosa morte a coloca sob os holofotes novamente. Em algum lugar, Hiro e Ando continuam com sua nobre jornada de ajudar pessoas, promovendo suas habilidades. Ângela teme que Nathan descobrirá em breve sua verdadeira identidade; enquanto Matt é assombrado por um visitante inesperado que persegue algo perdido. Tracy Strauss e H.R.G., unem forças, para desvendar o motivo por trás de um terrível crime. Enquanto isso, Peter usa suas habilidades para o bem, mas ele é logo chamado para ajudar um velho amigo. Enquanto os "heroes" se ajustam ao seu novo ambiente, um misterioso grupo carnival, guiados pelo líder Samuel, deixam sinais em rostos familiares.

Peter usa suas habilidades para o bem, mas logo é chamado para ajudar um velho amigo. Enquanto isso, um misterioso clã volta sua atenção para rostos familiares.

Peter enfrenta consequências inesperadas por seus atos heroicos e encontra uma relutante nova heroína. Enquanto Claire continua a se ajustar a vida na faculdade, ela deve descobrir como lidar com o fato de que sua habilidade foi revelada. Enquanto isso, Samuel move céu e terra para recuperar as memórias de seu irmão falecido Joseph. Em algum lugar, Matt luta com seus demônios internos enquanto Sylar emerge misteriosamente.

Enquanto a vida de Hiro continua por um fio, ele se distrai salvando a vida de outros. Enquanto isso Ângela tenta ajudar o novo "Nathan" a se lembrar de seu passado, sob o risco de se lembrar além do necessário. Em algum lugar, Tracy está determinada a ter seu emprego de volta, mas se dá conta de que ela precisa fazer algo de maior impacto.

Guiado por Samuel, Sylar começa sua jornada para redescobrir sua verdadeira identidade. Hiro falava que tem um tumor no cérebro e que iria morrer para sua irmã, quando sem querer se teletransporta para o apartamento de Peter Petrelli e desmaia. Eles vão atrás de Jeremy Greer, que tem o poder de curar.

Matt toma medidas extremas para eliminar Sylar, que continua a atormenta-lo. H.R.G., pede um favor a Tracy para salvar um garoto problemático cujos problemas a faz lembrar dela mesma. Enquanto Claire e Gretchen recebem um trote de suas amigas de fraternidade, elas se dão conta de que a intimidação talvez não seja seu maior problema. 

Quando Hiro viaja três anos no passado, ele tem uma segunda chance para salvar Charlie das mãos de Sylar. No entanto a presença de Samuel acaba complicando ainda mais a missão de Hiro. O passado de  H.R.G. com sua parceira na Primatech é revelado.

Claire está determinada a ir a fundo para descobrir a causa dos ataques da fraternidade Rush por conta própria, até que H.R.G. intervém para perceber que talvez ele seja a fonte dos problemas dela. A nova habilidade de Peter é perfeita para seu trabalho e lhe dá a oportunidade de ajudar Emma a aceitar sua nova vida. A batalha de Sylar para ganhar o controle total do corpo de Matt coloca em jogo um perigo em potencial.

Samuel fica sabendo o quanto ele pode ficar poderoso e toma medidas perigosas para alcançar seu potencial total. Enquanto Tracy começa a perder o controle de seu poder, um de seus corre perigo. Sylar continua sua batalha com Matt.

H.R.G. oferece um jantar de ação de graças nada tradicional. A família Petrelli recebe um convidado surpresa em sua mesa. Samuel continua a manter Hiro como seu refém, enquanto Lydia vai em busca da verdade.

Noah é saudado por alguns visitantes inesperados e o grande plano de Samuel começa a dar frutos. Enquanto isso, Peter se esforça para aceitar a verdade e toma medidas extremas para conseguir o que quer. Em outro local, Claire e Gretchen acabam tendo muitas surpresas em sua viagem.

Conforme Claire fica imersa no mundo do Carnival, ela cada vez mais suspeita dos motivos de Samuel. Hiro está numa missão para se salvar, mas tem dificuldades em comunicar suas intenções para Ando. Samuel tem sua mira sobre Emma e na sua habilidade para completar o seu plano mestre. Enquanto isso, Sylar retorna ao Carnival na busca por respostas e Peter continua a lutar contra a morte de seu irmão. Em outro lugar, Noah planeja destruir o Carnival.

Peter e Claire tentam lidar com a morte de Nathan. Sylar retorna ao "carnival" e começa a desconfiar de Samuel, mas percebe que não pode ser ele. Lydia conversa com Sylar e acaba revelando seu próprio segredo involuntariamente. Edgar tenta no entanto matar Noah, porém, ele o dominá e o convence a aliar-se a ele contra Samuel. A união deles, no entanto, será posta à prova em breve ...

Noah recruta Matt para ajudá-lo a derrubar Samuel, conforme eles utilizam seu grande amor perdido, Vanessa, para trazer Samuel até eles, mas Samuel tem seus próprios planos para Vanessa. Enquanto isso, Hiro e Ando utilizam medidas extremas para salvar o Dr. Suresh. Em outro lugar, Peter apresenta Emma para a sua mãe, trazendo à tona visões de um futuro muito tenebroso.

A vida de Hiro está por um fio com a não-melhora do tumor que está em seu cérebro, proveniente de algumas decisões feitas em seu passado. Enquanto isso, Sylar concede a Claire uma visita inesperada para conseguir algumas respostas do porquê ele não é ele mesmo. Além disso, Samuel planeja impressionar seu antigo amor perdido, Vanessa, e isso leva a uma mudança terrível.

Noah inicia o seu plano para derrubar o Circo com a ajuda de Lauren e Suresh. Sylar visita Matt procurando compreender o seu desejo de fazer uma conexão humana, mas Matt tem um plano próprio. Enquanto isso, Peter avisa Emma das intenções de Samuel após sua visão sombria do futuro.

Alimentado por sua visão de Emma em grave perigo, Peter tenta resgatar Sylar de seu pior pesadelo. No Circo, Samuel revela o passado misterioso de Noah, a fim de levar Claire para seu lado. Enquanto isso, Lauren, faz um movimento ousado para pôr fim a Samuel.

No clímax, ao final desta temporada, todos se unem em um esforço para deter Samuel de tirar a vida de milhares. Peter une forças com seu mais inesperado aliado, o vilão Sylar, que está determinado a se tornar um herói, tudo para salvar Emma. Enquanto isso, a vida de Noah está na balança, junto à Claire, já que eles encontram-se presos no subsolo com o oxigênio se esgotando rapidamente. Em outro lugar, Hiro começa a enfrentar as escolhas que ele fez e é posto em ação para impedir uma desgraça. Após Tracy conseguir salvar a Claire e Noah, todos se dirigem ao Central Park, onde Samuel quer dar fim a seu plano. Após a poeira baixar e todos os heróis conseguirem vencer Samuel, o inevitável encontro com a imprensa leva Claire a uma atitude inesperada. Este, sendo o episódio final, não apenas do volume e da temporada, mas o último de toda a série, termina de um modo a deixar os imaginários a continuarem a história.