こちらの世界のリンカーン・リーが、相棒のロバートと共に容疑者の男を追う。男はリー捜査官に捕えられるが、ロバートは別の男に殺害される。リー捜査官はロバートのそばにいた肌が透き通った男を目撃する。ロバートの顔も同様に透き通っていた。オリビアがロバートの事件を捜査することになるのだが、リー捜査官は特別チームとしか所属を言わないオリビアに抵抗する。

もう1つの世界で殺人事件が起こる。被害者は全員後頭部から脳に達するまでドリルで穴を開けられていた。もう1つの世界のフリンジ・チームは、アルト・マクレナンという男が犯人と断定し逮捕するために自宅へ。しかしアルト・マクレナンはすでに姿を消しており行方が分からない。

2人の少年に追われるアーロンは廃墟となったトンネルに逃げ込み、追いつめられる。しかし2人の少年の体は何かにとらわれ動けなくなり、怯えたアーロンは逃げ出す。そして2人の遺体はかなり腐敗した状態で発見される。リー捜査官がトンネル内に3人目の靴跡を見つけ、オリビアたちはもう一人の犠牲者かもしれないと考え、行方を捜す。

オリビアの部屋に、金属を引きよせる謎の青いエネルギーが出現する。ウォルターは25年前の実験を思い出す。被験者の中に、幽体離脱の能力を示すようになった少年がおり、その子が幽体離脱をするたびに、地場の歪みが発生し金属を引き寄せていたと言うのだ。そのため今回の青いエネルギーは、何かしらその被験者と関係あるのではないかと考える。

ヒルズデールのある家ではシェイプシフターがその家の主婦となり、やってきた男に研究のファイルのありかを聞こうとする。その後、肌の透けた女性の死体と拷問された男の死体が発見され、その家の名義が殺された女性カレンの離婚した夫で、かつてマッシブ・ダイナミックの研究員だったマルコム・トラス博士であることが分かる。

あるアパートで一瞬にして火災が発生し、そこに住んでいるアンの5歳の娘は赤ん坊に戻る。そのアパートは火災が発生した4年前に一瞬戻ったのだ。このような時間に関わる異常現象がボストンで多く発生。オリビアはピーターと何らかの関係があるのではないかと考える。

深夜、帰宅途中のジャックは追われる気配を感じ、アパートの入り口で襲われる。駆けつけた警官が見ると、真っ白になったジャックが死んでいて、やはり何か気配を感じて発砲するが、犯人の姿はなかった。

ピーターは2つの世界に橋を架けた装置で、元の世界に戻ることを思いつく。しかしウォルターが協力してくれないため、「もうひとつの世界」へ行きウォルターネイトに協力をお願いすることに。ピーターはリー捜査官を連れて、ウォルターが1985年に使った装置で「もうひとつの世界」へ向かう。

ボリビアとリンカーンがマーフィー捜査官の電話の相手のもとへ行くと、そこにはシェイプシフターの生みの親であるというある人物が待っており、リーダーのもとへ連れていくことを要求する。

人の死を予知できる少女エミリーは、その光景を絵に描いて当事者に渡し警告をしている。ある日、工事現場で落ちてきた梁に刺さって男性が死亡する。エミリーはその男性が死ぬ直前に絵を渡していた。フリンジ・チームがその事件を捜査することに。

父親を亡くしたアルト・アストリッドがアストリッドに会いに無断でこちらの世界に来て、ウォルターのラボに現れる。彼女を迎えにボリビアも来ると聞いてウォルターは敵意をあらわにするが、事件の知らせが来てアルト・アストリッドと2人でラボに残される。

バーモント州南部のとある道路を走っていた全車両の電気系統が止まる。さらにその上空を通過しようとしていた民間機が墜落する。ウォルターは一時的に磁力が急増したのが原因と考える。現場からサンプルを採取する前に、ウォルターはピーター、オリビアと共に食堂へ行く。その食堂はウエストフィールドという小さな町にあった。

入院中のショーンはジャーナリストであるダニエル・グリーンを殺す犯人たちの声を聞き、その声を再現しながら暴れ出す。翌日、ニュースを見た看護師から通報があり、フリンジ・チームがショーンに会いに行く。

ピーターと寄ったガソリンスタンドでオリビアが姿を消す。ピーターとリー捜査官はオリビアのアパートへ行き、火災探知器に仕掛けられた隠しカメラを見つける。

夫マークの葬儀から戻ったジェーンは、家に侵入していた顔の半分にヤケドを負った男アンソンを見て逃げ出すが捕まり、首に謎の液体をつけられると次第に落ち着き、彼とキスをするが、また恐怖に襲われ逃げようとして殺されてしまう。彼女のような被害者は1ヵ月に2人目で、どちらも夫が極度の脱水で死亡したばかりだった。

旅客機の乗客マーシャル・ボウマンは、機内で体の異変を感じトイレへ行く。ボウマンは乗務員に鎮静剤を乗客から集めるように指示に再度トイレへ。その後、落ち着いた様子でトイレから出てくる。飛行機の到着後、荷物を調べていた運輸保安局員は注射器と謎の液体が入った小瓶を発見。警察に連絡した直後に、ヤマアラシに変身したボウマンが保安局員を襲う。

オリビアはリー捜査官の相棒の名が刻まれたブレスレットを家で見つけて返すが、それはリー捜査官がオリビアにあげたもので、以前どこにも根を下ろさないリー捜査官に「家にたどりつけるように」と相棒がくれたものだった。アストリッドが父と出かける約束があるのにデビッド・ロバート・ジョーンズの情報を伝えに向こうの世界へ行くよう命じられたと嘆いたため、リー捜査官は何もすることがないと言って、代わりに行くことを志願する。

アーツ・ホールディングスという会社の会議中、ブライアンが突然宙に浮き、その後デスクに叩きつけられ死亡。死体を調べると下半身の骨が砕けていた。同じ時刻に同じような死に方をした男性がこのビルに1人と、別の場所に1人おり、この男性はパイロットだった。ウォルターは向こうの世界で飛行機の墜落事故が起こったのではないかと考える。

2036年、フリンジ捜査官のエッタは、監視人に支配された世界で、自らがレジスタンスであることを隠している。そして昔の消えたフリンジ・チームのメンバーを捜していたエッタはアンバーに閉じ込められたウォルターを手に入れ、同じくレジスタンスのフリンジ捜査官サイモンに見せる。

ウォルターはこちらと向こうの世界のウォルターネイト及び、こちらと向こうの世界のフリンジ・チームを集め、ジョーンズの陰謀を知らせる。ウォルターは両方の世界の同じ場所で、同時に地震が起こっていることを知り、震源地の1つマンハッタンから回収した物の周波数を計る。するとどちらの世界の周波数でもなかった。

オフィスビルで多数の人が自然燃焼して死亡するが、動きをやめて静止した人々は助かる。横たわる死体と立ち尽くす人々が入り混じる中、原因を調べに来たウォルターは立ち止まって助かったジェシカの指先の汚れに気づき、エスカレーターでつけたのかもしれないと言われる。