Callen komt terug naar het NCIS kantoor van speciale projecten om een ontvoeringszaak op te lossen.

De moord op een drugsdealer wordt persoonlijk voor special agent Sam Hanna, wanneer hij ontdekt dat zijn voormalige Navy Seal kameraden betrokken blijken te zijn.

Tijdens een Marine Corps training worden Hellfire raketten gekaapt en komt er een marinier om. Het team moet de raketten op tijd terugvinden voordat ze tegen Amerika worden gebruikt.

Het NCIS-team gaat in Los Angeles op zoek naar de verdachte van een vermoorde Iraakse zakenman, die was ingehuurd door een beveiligingsbureau.

Het OSP-team wordt ingezet wanneer een man dood wordt teruggevonden. Het slachtoffer bleek zich met geheime informatie bezig te houden, dus de dader moet snel gevonden worden. Al snel ontdekt het team dat een bekende huurmoordenaar achter de moord zit.

Wanneer een marinier van het dak van een club valt, gaat de politie uit van zelfmoord. Het NCIS-team wordt opgeroepen om zijn dood te onderzoeken en ontdekt dat hij een dubbelleven had en gaat op zoek naar een motief voor de moord.

Callen komt erachter waarom hij zes maanden geleden beschoten is tijdens zijn onderzoek naar de dood van een jonge Russische vrouw.

Terwijl Hetty een hoorzitting in Washington bijwoont, leidt het onderzoek naar een vermoorde marine korporaal het NCIS team naar gestolen anti-tankraketten en een gevaarlijke militiegroep.

Forensisch wetenschapper Abby Sciuto voegt zich bij het NCIS-team in LA, als het spoor van een moordzaak naar een seriemoordenaar leidt waar zij naar op zoek is.

Het team onderzoekt de moord op een marinier die is omgekomen door een exploderende mobiele telefoon.

De dood van een onderofficier leidt het NCIS-team naar een tiener uit Sam zijn verleden. En Hetty is bezorgd over de hoge werklast voor het team.

Callen gaat achter een zaak aan waarbij een gevangene die hij heeft vastgezet, vermoord is. Het team probeert hem bij te houden vanaf een afstand, nu hij een oude alias inzet.

Het team haast zich naar een plaats delict na de ontvangst van het bericht: agent in nood. Daar aangekomen blijkt dat een van hun eigen mensen in gevaar is.

In een opslagruimte worden vijf lijken gevonden, waarvan twee van mariniers. Het NCIS-team wordt op de zaak gezet. De slachtoffers zijn vergiftigd met een biologisch wapen. Het uiterst dodelijke gif wordt echter vermist, waardoor de nationale veiligheid in gevaar is.

De dood van een luitenant lijkt op zelfmoord, maar het NCIS-team ontdekt bewijs dat het ook moord kan zijn.

Nadat een zeeman is vermoord tijdens een illegale straatrace, ontdekt het NCIS-team dat zijn auto gesaboteerd is.

Het NCIS-team gaat in Los Angeles op zoek naar de jongere broer van een vermoordde marinier, omdat hij wel eens de volgende zou kunnen zijn.

Tijdens een undercover operatie moet het NCIS-team een mixed material arts sportschool en zijn vechters onderzoeken. Sam Hanna heeft de taak om de handschoenen aan te trekken en een één op één gevecht aan te gaan.

NCIS onderzoekt de moord op een marine officier, die verstrikt is geraakt in de wereld van Hollywood en haar glamour.

Het team heeft geen tijd te verliezen wanneer het een video ontvangt van de gijzeling van special agent Dominic Vail.

Het team van NCIS is op zoek naar een terrorist die ontsnapt is tijdens een geheime overplaatsing binnen Los Angeles.

Het team begint aan een race tegen de klok om te ontdekken wie er achter een beveiligingsprobleem zit, nadat Callens dekking is opgeblazen.

Callen probeert een vrouw te lokaliseren die meer weet over een vergeten fortuin waarmee een nieuwe oorlog in het Midden-Oosten gefinancierd zal worden. Maar ook is zij de sleutel naar Callens onbekende verleden.