Das Navy CIS-Team aus Los Angeles steht vor einem seiner schwierigsten Fälle. Über US-Boden verschwindet ein russisches Flugzeug mitten in der Wüste überraschend vom Radar. Wie sich herausstellt, ist es voll beladen mit Raketen und nuklearen Waffen. Callen und Sam müssen den Kampfjet finden, bevor er zerstört wird. Unterdessen bekommt Nell einen rätselhaften Auftrag von Hetty.

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Nach den Ermittlungen wegen Kriegsverbrechen in Afghanistan gegen Special Warfare Chief Petty Officer Thomas Argento soll dieser Fall nun vor dem Kriegsgericht verhandelt werden. Die erste Zeugenvernehmung endet allerdings desaströs, denn der Zeuge widerruft seine Aussage und der Prozess droht zu platzen. Das Team um Callan und Sam vermutet, dass es Argento durch seine weitreichenden Beziehungen gelungen ist, die so Zeugen zu beeinflussen, dass sich die gesamte Beweisführung von Anklägerin Lt. Col. Castro in Luft auflöst.

Nell schickt Sam los, um einen Whistleblower zu treffen, der plant, ein Militärgeheimnis zu verraten. Die Situation gerät außer Kontrolle, als der Whistleblower versucht, Sam von der Straße zu drängen und daraufhin selbst im Krankenhaus landet. Es sieht aus, als habe ihn jemand davon abhalten wollen, sein Geheimnis zu verraten. Kensi und Deeks sprechen unterdessen darüber, ein Haus zu kaufen.

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Während eines Einbruchs wird in einem Lagerhaus die Leiche eines Navy-Reservisten gefunden. Das Team muss mit den Einbrechern zusammenarbeiten, um herauszufinden, wer für den Mord verantwortlich ist.

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Vor 12 Jahren hat Kensi den Waffen- und Menschenhändler Kessler hinter Gitter gebracht. Kessler hat Informationen über Sinclair, einen früheren CIA-Agenten, der plante, den Präsidenten zu töten. Diese Informationen will er aber nur Kensi persönlich geben. Die lässt sich pflichtbewusst auf das Gespräch mit dem Psychopathen ein. Deeks erfährt inzwischen, dass seine Stelle gestrichen wurde.

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Hetty setzt Callen auf einen Fall mit einer persönlichen Verbindung an: Callens Pflegebruder und seine Frau wurden verhaftet, weil sie versucht haben sollen, Drogen über die Grenze zu schmuggeln.

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Das Team untersucht den Mord an einem Mann, der militärischen Informationen verkauft hat, was zu der Entführung eines Arztes führt, dessen Neurotechnologie für Waffen eingesetzt werden könnte.

(Sat.1)

Kurz bevor ein Mann die Drahtzieher einer groß angelegten Geldfälschung preisgeben kann, wird er ermordet. Die Hauptverdächtige in den Ermittlungen ist eine alte Bekannte des Navy-CIS-Teams.

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Das Navy CIS-Team muss einen Gangsterboss aufspüren, der versucht, gestohlene Militärtechnologie zu erwerben. Unterdessen hält Hetty für Deeks eine lebensverändernde Überraschung bereit.

(13th Street)

Nachdem sie einen stadtweiten Protest angeführt hat, wird Kam entführt. Sam schreckt vor nichts zurück, um seine Tochter wiederzufinden. Callen versucht derweil, aus Anna schlau zu werden.

(13th Street)

Die Befragung eines Agenten, der sich an Bord des abgestürzten russischen Bombers befand, führt Callen zur Anti-Terror-Zentrale. Dort wird er jedoch verdächtigt, ein Doppelagent des Kremls zu sein.

(13th Street)

Callen wird seit geraumer Zeit verfolgt. Eine kryptische Nachricht von Hetty führt ihn an den Aufenthaltsort seines Beschatters. Inmitten russischer Agenten trifft er plötzlich auf Anna.

(13th Street)

Um Joelle aus russischer Hand zu befreien, erklärt sich Anna bereit, den Köder für die abtrünnige Spionin Katya zu spielen. Unterdessen erfährt Callen, wer ihn verdächtigte, ein Doppelagent zu sein.

(13th Street)

Das Navy CIS-Team entdeckt, dass Annas Entführung mit ihrer Vergangenheit zusammenhängt. Die Agenten stehen unter Zeitdruck, denn Anna soll nach Russland verschleppt werden.

(13th Street)

Das Navy CIS-Team gelangt an eine Festplatte, auf der sich ein Deepfake-Video befindet, das einen gestorbenen Terroristen zeigt. Die Agenten müssen nun die gefährliche Technologie wiederbeschaffen.

(13th Street)

Beim Überfall auf eine Forschungseinrichtung wird eine Technologie gestohlen, mit deren Hilfe Gegenstände fast unsichtbar gemacht werden können. Eine der Angestellten, Sienna, schafft es, sich gegen die Einbrecher zur Wehr zu setzen.

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Ein Geheimdienstoffizier wird ermordet. Joelle informiert das Team, dass andere CIA-Agenten auf die gleiche Art und Weise ums Leben kamen. Kensi wird derweil von einem alten Bekannten bedroht.

(13th Street)

Deeks wird von den ehemaligen Männern des verstorbenen Kirkin entführt da er seine gesamte Organisation "geerbt" habe und nun die Führung übernehmen soll. Was Deeks allerdings amüsiert ablehnt. Währenddessen untersucht das Team die Tötung eines mit einem russischen Mikrochip versehenen Militär-Delfins.

(13th Street)