A csapatnak végre sikerül megtalálnia a fogva tartott és meggyötört Samet és Deeks-et. A Sidorov által ellopott atombombák holléte azonban továbbra is ismeretlen.

A csapat egy magánrepülőgép gyanús balesetét vizsgálja. A lezuhant repülőgép két utasa William Gardner altábornagy, valamint a vele utazó újságíró, Jason Carter a helyszínen rögtön szörnyethaltak. Az altábornagy hosszú ideig kulcsfigurája volt a terror elleni háborúnak, ám politikai ellenfelei idő előtt nyugdíjaztatták nézetei miatt. Halála előtt Gardner Jason segítségével memoárjainak megírásán dolgozott. A jelek szerint valaki nagyon nem akarta, hogy a visszaemlékezés elkészüljön. Eközben Deeks és Sam Nate Getz pszichológus segítségével azon dologznak, hogy traumájukat feldolgozzák, és visszatérhessenek a csapatba.

A csapat egy magánrepülőgép gyanús balesetét vizsgálja. A lezuhant repülőgép két utasa William Gardner altábornagy, valamint a vele utazó újságíró, Jason Carter a helyszínen rögtön szörnyethaltak. Az altábornagy hosszú ideig kulcsfigurája volt a "terror elleni háborúnak", ám politikai ellenfelei idő előtt nyugdíjaztatták, mivel a terror ellenes stratégia számos elemét keményen kritizálta. Halála előtt Gardner, Jason segítségével memoárjainak megírásán dolgozott. A jelek szerint valaki nagyon nem akarta, hogy a visszaemlékezés elkészüljön. Eközben Deeks és Sam Nate Getz pszichológus segítségével azon dolgoznak, hogy traumájukat feldolgozzák, és visszatérhessenek a csapatba.

Egy futóversenyről elrabolják az egyik nemrég leszerelt haditengerész barátnőjét. A nyomozás idejére új ember is csatlakozik a csapathoz, Nell Jones elemző. Eközben Deeks megveszi álmai motorját, de a többiek aggódnak, hogy mit fog hozzá szólni Hetty

Nell csatlakozik a társaihoz terepen, miután elrabolnak egy nőt egy futóversenyről, akinek a barátja hírszerző volt, míg le nem szerelték egy hete. Minél mélyebbre ássák azonban magukat a nyomokat követve, annál valószínűbb, hogy hadititkok cseréjéről lehet szó. Deeks közben megveszi álmai motorját, de a többiek aggódnak, hogy mit fog hozzá szólni Hetty...

Egy antiterrorista különítmény csapdába sétál, így Hetty azt a parancsot kapja, hogy vizsgáltassa ki az ügyet a csapatával, az új nemzetbiztonsági miniszter egy téglára gyanakszik. Ki idő múlva kénytelenek rájönni, hogy nagyobb a probléma, mint először gondolták: valaki ugyanis meghackelte a CIA és FBI hálózatát. Eric visszaköveti a hacker nyomait egy diákhoz, így egyikőjüknek helyettes tanárként kell beépülnie egy suliba...

Egy vasúttársaság éjjeli őre szemtanúja lesz egy bűntettnek, de az elkövetők megölik őt is, nehogy azonosíthassa őket. Egyes források szerint az Al-Kaida vonatokat céloz meg Európában, így lehet, hogy a tettesek a helyszínt mérhették fel. A szövetségi nyomozásba rövidesen a közlekedésbiztonság is bekapcsolódik, tekintve az ügy érzékenységét...

Miután ellopnak egy terror-elhárítási eszközt, az NCIS csapata rájön, hogy Los Angeles ellen terrortámadás készül. A csapat tagjai mindent megtesznek, hogy az eszközt időben visszaszerezzék, ehhez azonban az orosz konzulátusra kell betörniük. Annak érdekében, hogy elkerüljék az esetleges nemzetközi botrányt, nem hivatalos akciót szerveznek.

Egy rehabilitációs központban meggyilkolnak egy tengerésztisztet. Kensi tanácsadóként, míg Deeks új páciensként épül be a központba, hogy kinyomozza, mi történhetett. Kensi és Deeks az epizód végén randizni mennek.

Deeks-ék az előző esti randevújuk után furán viselkednek, ami a társaiknak is szemet szúr. Granger átad egy mappát Hetty-nek, egy bizonyos Fehér Szellemről. A Pentagon egyik konzultánsát, Ron Hill-t 24 órája megölték a Bahreini Bázison. A férfi készenléti terveket dolgozott ki a parancsnokságnak, még Pakisztán fegyverarzenáljának lefoglalásáról is. A bázist azonban szinte lehetetlen megközelíteni, mert gurhák őrzik...

Egy FBI akció félresikerül, a célszemély ugyanis megszökik a helyszínről. Az NCIS csapata átveszi az ügyet, hogy végre kézre kerítsék Anton Zevlos-t, a volt román kommunista vezetőt és feltételezett háborús bűnöst, aki két évtizede hamis személyazonossággal él Los Angelesben. Deeks közben a társa nélkül elveszettnek érzi magát az irodában és a terepen egyaránt. Kensi ezalatt megérkezik a megbízatása helyszínére, de senki sem tudja, mi is lenne a feladata pontosan...

Lockhart szenátor lányát megtámadják, de a kutyája elkergeti a rablót. Míg Sam és Callen a megtámadott lány védőőrizetéről gondoskodnak, Hetty Nell-t osztja be a terepre Deeks mellé. A Külügyminisztérium közben tudni akarja, hogy több volt-e egy sima betörésnél. A csapat tagjai ezalatt lélekben már a megérdemelt téli szünetükre készülnek, ráadásul Kensi igazán remek ajándékot kap egy kedves kollégájától...

Egy cég ügynökét holtan találják Los Angelesben, valaki felrobbantja őt az autójában. Stuart Green Afganisztánból érkezett Amerikába egy nappal korábban, s eltűnését akkor jelentette a munkáltatója, amikor kihagyta a szokásos bejelentkezést. A férfi a helyi hawalákat, a titkos piactéri pénzváltókat vizsgálta, és nem kizárt, hogy ez okozta a halálát. Eközben Kabulban Kensi és Granger az afganisztáni szálakat kezdik felgöngyölíteni. Valaki ugyanis terroristákat pénzel, de a forrás nem egyértelmű...

Egy piti tolvaj elfogása során két holttestre bukkannak. Az áldozatok a D-7 magánvállalatnál dolgoztak, akiknek egy ügyén már dolgoztak pár hete. Granger visszatér Los Angelesbe, de Kensi-t a munkája még Afganisztánban tartja, ráadásul kétségei vannak Sabatino felől. Sam a feleségével együtt vacsorázni hívja Callen-t, öltönyben.

Egy férfi sétál oda az Egyenlítői Guinea Nagykövetségének épületéhez és közli a biztonsági őrökkel, hogy országuk elnökét 24 órán belül meggyilkolják, ha nem tesznek semmit. Három ott dolgozót nem sokkal később megölnek. Az ügy természete miatt Nate csatlakozik a csapathoz, hogy kézrekerítsék a hírhedt Tuhon-t. A csapat egy része jól ismeri Tuhon-t, a bérgyilkost, ugyanis korábban nekik dolgozott. Sam beszámolót vár G estéjéről, hogy hogyan alakult a randevúja Joelle-el, de alig tud kihúzni valamit a barátjából.

Bomba robban egy halpiacon, nem sokkal a friss áru beérkezése után. Hetty arra utasítja a csapatát, hogy vizsgálják ki, vajon elszigetelt esetről van-e szó, vagy nemzetközi fenyegetést jelenthet. Hamarosan több információ birtokába jutnak az egyik áldozatról Talia Del Campo, fedetten dolgozó DEA ügynöknek köszönhetően. Egy gép közben lezuhan Afganisztánban, pont ott, ahol Sabatino-val szétváltak. Granger a Fehér Szellemre gyanakszik, így Kensi elindul, hogy likvidálja.

Kensi felismeri a Fehér Szellemet, de nem biztos benne, hogyan is kéne cselekednie. Miután a kapcsolat is megszakad vele, barátai aggódni kezdenek érte. Eközben Los Angelesben egy ATF ügynök lebukik, így a banda, ahová beépült, meggyilkolja, majd felteszik a videót az internetre. Deeks az ATF-hez megy kérdezősködni, míg G és Sam a tett helyszínét igyekeznek megtalálni Kis Tokióban. Már csak azt kell kideríteniük, hogy valóban a Gaki Boys áll-e emögött és, hogy miért bukott le Clark ügynök.

Eric egy online játék során fültanúja lesz annak, hogy jóbarátja, Ira lakását szétlövik, így azonnal értesíti a kollégáit. Deeks kapja a feladatot, hogy vigyázzon a tanúra, miközben Sam-ék az ügy többi aspektusát vizsgálják. Ira Wells egy hivatásos hacker volt, aki a Zero Days nevű kódhibákkal foglalkozott, így az őt ért támadás akár nemzetbiztonsági ügy is lehet. A fogságba esett Kensi közben esélyt kap, hogy beszéljen végre a halottnak hitt Jack-kel.

Miután Hetty tudomására jut, hogy Kensi eltűnt, és nagy valószínűséggel tálibok fogságába esett, odaküldi a csapatot, hogy menekítsék ki társukat. Az idő lényeges tényező, ugyanis a 72 órája Blye ügynök után indult Granger sem akadt eddig a nyomára.

Kensi hosszú távolléte után végre hazatér a barátaihoz Los Angelesbe. A csapatnak azonban nem sok ideje van örülni: a nemrég szabadult Adrian Davies-t megtámadják, kocsija totálkáros lesz, neki pedig nyoma vész. Hetty úgy dönt, változtat a szokásokon, Kensi-t Eric, Nell-t pedig Deeks mellé osztja be.

Sam és G egy titkos akció során elrabolják Paul Angelo NCIS ügynököt, hogy rájöjjenek valóban átállt-e a másik oldalra. Az ügy hátterében a hírhedt krokodil nevű drog áll. Kensi és Deeks eközben kénytelenek szembenézni az érzéseikkel.

A tízéves Riley-nak nyoma vész, s a csapat úgy sejti, köze lehet egy drón szoftverének elrablásához. Sam személyes ügyként kezeli a dolgot, és mindent megtesz azért, hogy visszahozza a lányt. Korábban már védte őt és a hadsereg vezető mérnökét, az édesanyját egykor még Szaúd-Arábiában. Nell és Granger is csatlakozik hozzájuk a terepen.

Dana Steele riporternő tényként kezeli a reggeli robbantás után, hogy a pokolgépért a Dzsihádista Felszabadító Front tehető felelőssé. A Belbiztonság szerint azonban ebben az ügyben éppen ártatlanok. Sam és G a robbantás helyszínére mennek, míg Kensi és Deeks egy lehetséges informátor után kutatnak. Hamarosan kiderül, hogy több támadásra is számíthatnak Los Angelesben, és az ellopott robbanószerrel egy egész városrészt is porig rombolhatnak.

Egy engedély nélküli eltávon lévő őrnagy látszólag öngyilkosságot követ el, de a NCIS csapata gyanakodni kezd. Az elhunyt egysége az óceánon van, felesége és fia már 28 napja hiába várja haza. Látszólag semmi oka nem volt erre a viselkedésre, így nehéz elkezdeni a nyomozást is. Hetty-t közben utoléri a végzete a Fehér Szellem kapcsán.