Callen megpróbálja rávenni Samet, hogy térjen vissza az életéhez, de Samnek még mindig fáj szerelme elvesztése. Deeks még mindig nem mondta el édesanyjának, hogy feleségül akarja venni Kensit. Az NCIS Parancsnoksága kinevez egy új embert Hetty helyére. Mindeközben Észak-Korea fenyegeti Los Angelest.

Az NCIS csapata fontos küldetést kap. A feladat, hogy megállítsanak egy nagy rakománnyi, Peruból érkező hamisított pénzt. DeChamps ügynök is kapcsolatba kerül az üggyel.

A csapat feladata, hogy kivizsgáljanak egy újabb gyilkosságot. Az Egyesült Államok haditengerészetének hadnagyát érte támadás, feltehetőleg titkos információk kiszolgáltatása miatt. Hetty továbbra sem ad életjelet magáról, az új igazgatóasszony terve továbbra sem változik.

Sam egy régi barátja belekeveredik egy ügybe. Sam gyorsan rájön, hogy barátját a családjával fenyegetik. Mosley igazgató ámulatba ejti a fiúkat, amikor is megmutatja, milyen lövészi technikával rendelkezik.

Az NCIS csapata újabb feladat elé néz, újabb pénzmosással állnak szembe. Samet beépítik, Callen alteregója életre kel. Hettyt továbbra is keresik, eredménytelenül.

Dicks még mindig vezekel egy korábbi tévedése miatt. Miután megmentette a rendőrnő életét, a nő lezárta a férfi ellen a nyomozást, bizonyos feltételek mellett. A belsőügy a csapat ksegítségét kéri, hogy a korrput rendőröket leleplezzék.

Kensi különleges ügynök titkos megbízást kap. A világot fenyegető nukleáris bombákat kell hatástalaítania. Az NCIS csapata megpróbálja felkutatni azt az embert, aki az egész tervet kieszelte. Vajon sikerül megmenteni a világot a pusztulástól?

A csapatnak olyan elkövetőket kell találnia, akik illegálisan átlépve a határt megtámadják a határőrség tisztviselőit és illegális bevándorlókat. Nell basáskodó testvére segít az ügyben.

Joelle újra Callen segítségét kéri. Callen és a csapat többi tagja fentartásokkal kezeli a nő történetét, de végül segítenek neki.

A Brazil diplomatát egy bosszút kívánó lány veszi célpontba. A bosszúját apja halála miatt tervelte ki. Kensi megérti a lány gondolkodásmódját és sikerül megváltoztatnia a lány véleményét. A diplomatát visszatoloncolják saját hazájába, a kormány külön kérésére.

Miután az egész Nyugati part sötétségbe borul, az NCIS csapata nyomozásba kezd attól tartva, hogy ez terror fenyegetésnek számít. A karácsony szelleme mindenkire hatással van, még a legkőszívűbb emberre is. Callen keresi Finnt, aki meg akarja menteni az árvaházi gyerekek karácsonyát.

Amikor egy bűnügyi helyszínen napalmot találnak, a csapat az egyetlen lehetséges vonalat kezdi vizsgálni, hogy megállapítható-e a terror fenyegetést. A kutatás során, amit versenyt futnak az idővel, rájönnek, hogy csak néhány környezetvédő szeretne mártírhalált halni, hogy felhívják az emberek figyelmét a környezettudatosság fontosságára.

Beale álmában megjelenik Hetty. Az éjszaka közepén összehívja a csapatot és elkezdődik a nyomozás. A csapat minden tagja azon van, hogy minél előbb megtalálják Hettyt. Eközben Hetty fogságban van Vietnámban.

A csapat Vietnámba indul, kiszabadítani Hetty-t, ahol találkoznak Hetty régi társaival. Mosley mindent elkövet, hogy csapatát a távolból segítse. Nell és testvére egy régi konfliktusukat próbálják megoldani.

Callen és Sam felkeresik az egykori koreiai kémet, Kimet, hogy segítsen megoldani egy nagyon kényes ügyet. A lányt egykori társuk, Owen segítette, hogy kiléphessen a kémek világából. Callen és Sam egészen idáig nem tudták miért harcolt a férfi a lányért, ám most megtudhatták végre az igazságot és azt is, hogy hol rejtőzködik Granger.

Callen apját újra elfogják, két amerikai szabadúszó újságíró szabadságának fejében. Callen mindent megtesz azért, hogy apját ne kelljen újra elveszítenie a családjának. Mosley Hetty kérésére szemet huny az akció fölött.

Mosley felborítja a csapatot, mindenáron el akarja kapni Williams-et, egy régi, de még nem elfeledett ügy miatt. Egy szörnyeteg tizedeli az embereket, a csapat többi tagja és az FBI a nyomába ered.

Hetty úgy gondolja eljön az ideje, hogy Eric beépülhesen. Eric IT-snek adja ki magát, amikor Sokolov újra felbukkan. A bankba tartanak, hogy több milliót utaljanak át. Anna és Callen megint egy ügyön dolgoznak.

Sam, Callen és Nell a los angelesi erdőbe kényszerülnek, miután egy sikertelen rakétafellövés történik. A csapat feladata, hogy segítsen felkutatni a törmelékeket.

Az FBI és az NCIS összeállnak egy ügy erejéig, hogy kivizsgálhassák egy tengerész halálának körülményeit. Deeks mindenáron akar nyitni egy bárt.

Kensi és Deeks az esküvőjükre készülődik, ám sem a helyszínt, sem pedig a meghívottak számát illetően nem jutnak dűlőre. Callen meglátogatja Annát, hogy Sokolov lelövésével kapcsolatban egyeztessék történetüket. Claudia Diaz-t megölik a börtönben, minden szál a maffiához vezet...

Sam megsérül egy bevetés során, azonnal kórházba szállítják. Egy embert sikerült elfogni a lövöldözés során, aki Spencer Williams nevét adja meg. Kiderül, hogy a férfi régen Mosley-val állt kapcsolatban. Deeks-t kirúgják az NCIS-től.

A csapat titkos bevetésen van, hogy megmentsék Mosley fiát. Hetty szól egy ismerősének, hogy segítsen az ügynököknek a nehéz helyzetben. Kensi és Deeks kapcsolata rendeződni látszik.