Poté, co je parta Mystery Inc. uvězněna za vyřešení další záhady, narazí na další záhadu: pod městem číhá děsivé monstrum, které obalí zelenou kaší každého, kdo se k němu přiblíží.

Parta se rozhodne zahájit vyšetřování existence bájného města duchů, které údajně obývají aligátoři.

V Křišťálové zátoce se stále dějí podivné věci, když náhle zmizí kliky a někde je ukrytý drahocenný diamant. A aby toho nebylo málo, městečko děsí i záhadný kamionový duch.

Krab mužský útočí na pláž Crystal Cove během volejbalového turnaje o dietní směs Trickell's Triquid. Parta ho musí zastavit a vyřešit záhadu dřív, než budou v nebezpečí hráčky turnaje, které si Man Crab oblíbil. Mezitím Velma dostane od Daphne radu ohledně vztahů.

Děti z Křišťálové zátoky se mění v příšery kvůli stvoření jménem Que Horrifico, které děsí všechny dospělé ve městě. Ti proto opouštějí své děti a utíkají jako o život.

Fred se stane terčem středoškolské lásky, když se do něj zamiluje nová dívka Alice May. Alice May je však ve skutečnosti duch s pověstí, že si s sebou bere kluky a nechává je navždy zmizet.

Hex Girls (tvoří je Thorne, Dusk a Luna), Velmina oblíbená kapela, přijíždějí do Crystal Cove a plánují uspořádat pro partu koncert. Vše se však zvrtne, když se náhle objeví Fantom, zlý přízrak, který má v úmyslu Hex Girls nadobro vyřadit z hudebního byznysu.

Parta se účastní Královské rytířské pouti v Křišťálové zátoce, ale přijíždí i nečekaný host. Děsivě vyhlížející skřítek ochromí všechny, kdo mají na pouti pirátské kostýmy.

Když na Křišťálovou zátoku začnou útočit dvě obří příšery, požádá starosta Jones Freda a partu, aby je spolu se šerifem pomohli dopadnout. Mezitím se Shaggy musí rozhodnout mezi vztahem s Velmou a přátelstvím se Scoobym.

Na Křišťálovou zátoku začne útočit příšera zvaná Děsivý pes a lidé se domnívají, že za tím stojí Scooby-Doo. Může být Scooby tím, kdo útočí na město, nebo to na něj někdo nastražil?

V Křišťálové zátoce se pohybuje upír, který terorizuje obyvatele a krade podivné kořisti. Když se parta vydá na průzkum, objeví nepravděpodobného podezřelého... Daphneinu MATKU. Situace v Mystery Inc. je už tak napjatá a po této poslední ráně je parta skutečně rozpolcená. Dívky na jedné straně, chlapci na druhé.

Po rozpadu Mystery Inc. se parta rozhodne vyzkoušet život po střední škole a strávit víkend na DARROW COLLEGE. Věci však nejdou podle plánu, když areál začne terorizovat stvoření zvané CHAR GAR GOTHAKON. Ukáže se, že tato bestie je smyšlená postava, která ožila. Je výtvorem spisovatele H. P. HATECRAFTA, který na škole působí jako profesor.

Parta se pustí do vyšetřování poté, co Křišťálová zátoka začne trpět nákazou smrtícího hmyzu, který se zaměřuje na zaměstnance společnosti Destroido, která vyrábí Shaggyho a Scoobyho oblíbené pochutiny.

Scooby leží nemocný v posteli těsně před velkým státním finále Klubu řešitelů záhad a sní o tom, že se zúčastní soutěže a společně s kolegy řešiteli záhad Speed Buggym, Jabberjawem, Kapitánem Cavemanem a Funky Phantomem zachrání své přátele ze spárů démonického Lorda Infernika.

Když Fred pozve partu na své druhé rande s Daphne, strhne Daphne do náruče Obnarba, vůdce skřetí motorkářské skupiny Divoká tlupa, která přijela do města. Když dojde k vloupání do zbrojnice a je ukradena nebezpečná zbraň, jsou Divoká bratrstva hlavními podezřelými. Je na partě, aby tuto záhadu vyřešila, zachránila Divoké bratry a našla podvodného orkského motorkáře.

Když celé městečko Crystal Cove ovládne Afroditino kouzlo lásky, jen Scooby-Doo a nedávno uprchlý profesor Pericles mohou partu před kouzlem zachránit a vyřešit záhadu. Má však profesor Pericles postranní úmysly?

Když se parta vydá zjistit, co se stalo s původní skupinou Mystery Incorporated při jejich posledním případu 75 let starého zmizení rodiny Darrowových a jejich sídla, ocitnou se v pasti v podzemním Darrowově sídle, které bylo nastraženo. Podaří se partě záhadu vyřešit a vyváznout bez úhony?

Když do Křišťálové zátoky přijede na výměnný pobyt studentka Mai Le, vzbudí Shaggyho náklonnost. Večeři pořádanou rodinou Blakeových přeruší Rudý čaroděj, který varuje, aby se drželi dál od Dračího srdce, které přísahal chránit za každou cenu. Později Mai Le a partu napadne Bílý čaroděj, který usiluje o Mai Lein prsten, a Červený čaroděj přichází partě na pomoc, ale na záchranu prstenu je už pozdě. Ukáže se, že Červený čaroděj je pan Chen, majitel internetové kavárny a čajovny Chen's Internet Cafe and Tea House. Ten prozradí, že s Bílým čarodějem, který nyní vlastní všechny čtyři prsteny, dokáže otevřít Nefritové dračí srdce, což je neocenitelný rubín. Vyřeší parta záhadu, nebo není vše tak, jak se zdá?

Scooby a Shaggy vyhrají esejistickou soutěž o večeři s Vincentem Van Ghoulem. Jdou do jeho sídla a jsou napadeni příšerou, která si říká Nightfright. Shaggy zavolá partu a ta se tam vrhne. Pronásleduje je Nightfright, a tak jdou do pokoje a zamknou dveře. Fred vyrobí past a požádá Vincenta, aby do ní příšeru nalákal. Nakonec chytí Nočního strašáka do Fredovy pasti. V závěru epizody je vidíme, jak večeří, přičemž Daphne zhltne všechno, co jí přijde pod ruku, protože už několik hodin nejedla.

Velma se cítí odstrčená od skupiny a vydává se sama vyšetřovat útoky obojživelných "rybích zrůd" v okolí opuštěné ropné plošiny, aby našla svého vlastního přítele... v podobě mořské panny!

Když starosta Jones koupí na internetu starověký perský chrám, aby podpořil obchod v zábavním parku Crystal Cove "Creepy Spooky Terror Land", nikdy by ho nenapadlo, že s tímto chrámem přijde i Manticore, zákeřné mytologické zvíře, které požírá návštěvníky parku. Nemá jinou možnost, a tak požádá Freda a jeho partu, aby mu pomohli zvíře chytit, a zatímco to dělají, trochu se porozhlédne po okolí, pokud jde o záhadný kousek skládačky, který parta našla v Darrowově sídle.

Když Fredův oblíbený dobrodruh, doktor Rick Spartan, začne učit biologii na střední škole v Křišťálové zátoce, parta se s ním seznámí. Fred mu řekne, že parta má za sebou také děsivé zážitky, Spartan je okamžitě pozve na večeři k sobě domů, kde jim slíbí ukázat svou nejnovější trofej, prokletou scvrklou hlavu Squara Gringota. Když se však objeví její bezhlavé tělo a hrozí, že bude profesora za vyrabování její hrobky pronásledovat až do konce jeho dnů, musí parta přijít na způsob, jak kletbu zlomit.

Duch nejslavnějšího šerifa Crystal Cove, Smrtícího soudce, se vrátil z hrobu, aby donutil šerifa Stonea skončit s prací a polapil nejlepší zločince Crystal Cove. Podaří se Scoobymu a partě zastavit Smrtícího soudce dřív, než bude pozdě?

Na partu zaútočí high-tech stvoření zvané Obliteratrix a donutí je s pomocí H. P. Hatecrafta vyšetřit případ strašidelného pokladu.

Parta se nakonec vydá po stopě, aby našla ukrytý poklad, ale nenapadlo je, že by po nich Zrůda mohl jít. Na druhou stranu je odhaleno mnoho pravd, včetně cíle profesora Perikla a pravé identity Fredových rodičů. A aby toho nebylo málo, parta čelí velkému problému, když se rodiče kvůli chování svých synů rozzlobí. A právě ve chvíli, kdy je tajemství města na vrcholu, znamená to konec gangu, nebo začátek nového problému?