Booth en de rest van het lab zoeken wanhopig naar Brennan, die is ontvoerd door haar voormalige assistent, Zack Addy. Brennans redding is echter nog maar het begin van hun problemen.

Nadat ze het lichaam van een man hebben ontdekt die betrokken is bij het maken van kunstmatige intelligentiebots, moet het team erachter komen of de eigen A.I.-bot van het slachtoffer is geprogrammeerd om hem te doden. Ondertussen plant Bones een speciale verrassing voor iedereen voor haar 40e verjaardag.

Wanneer het lichaam van een oude man wordt gevonden op een zuurstortplaats, raakt het team verstrikt in een drama in een bejaardentehuis. Terwijl ze de zaak onderzoeken, beginnen gesprekken over huwelijk en kinderen de boventoon te voeren in het lab.

Wanneer een tutor van bevoorrechte studenten dood wordt aangetroffen, sorteert het team alle mogelijke daders, van ontevreden ouders tot de huisgenoot van de tutor met een strafblad. Ondertussen is Bones gefrustreerd door de stem van haar audioboek en probeert ze te bewijzen dat ze het zelf kan opnemen.

Het in stukken gehakte lichaam van de succesvolle golfster-geworden-houthakker Phyllis Paul brengt de loensen naar de Lumber Sports Regional Championships. Tijdens deze wedstrijd ontdekken Booth en Brennan talloze geheimen die tot de moord op Phyllis hadden kunnen leiden, waaronder een affaire met een getrouwde rivaal. Ondertussen analyseert Hodgins in het geheim de bacteriën op het bot van een eerder slachtoffer waarvan hij denkt dat ze Zack zullen vrijpleiten.

Wanneer er een reeks lijken met banden met Booth's voormalige legereenheid in D.C. opduikt, moet Booth in zijn verleden duiken om de moordenaar te vinden voordat de moordenaar Booth vindt. Ondertussen verbergt Brennans vader, Max, een ernstige medische procedure voor Brennan, waardoor ze worstelt met het vertrouwen en de sterfelijkheid van haar vader, en haar familie in gevaar is.

Een recent verlies zorgt voor een breuk tussen Booth en Brennan, terwijl ze op verschillende manieren met hun verdriet omgaan. Ondertussen komt een oude vlam uit Brennans verleden op bezoek.

Wanneer een jongeman sterft bij een vreselijk ongeluk met een hooibaler, trekken Booth, Brennan en Aubrey ordinaire vermommingen aan en gaan undercover bij een luidruchtige sloopderbycompetitie om de zaak te onderzoeken. Ondertussen keert Dr. Gordon Wyatt terug en helpt Hodgins en Cam wanneer de lopende Gormogon-zaak op een dood spoor terechtkomt.

Wanneer het brandende, gekneusde lichaam van een aspirant-schrijver/regisseur op een passerende auto crasht, onderzoekt het team een ​​reeks vreemde locaties en personages die verband houden met zijn film. Ondertussen zoekt Bones begeleiding bij Dr. Mayer over de betekenis van passie op de werkplek en Booth laat Aubrey de teugels in handen nemen in hun huidige zaak.

Brennan getuigt voor Zach in de rechtszaak, Angela onthult groot nieuws, terwijl Aubrey en Jessica het eens worden over hun toekomst samen. Ondertussen ontdekt het team dat Kovac is ontsnapt, waardoor Booth in een race tegen de klok zit om zichzelf en zijn dierbaren te beschermen tegen wat misschien wel Kovacs gevaarlijkste plan tot nu toe is.

Nu Kovac nog steeds op vrije voeten is, zoekt het team naar bewijs om hem op te sporen. Nadat Brennan een tegenslag ervaart, moet de rest van het team erachter komen hoe ze Kovac zonder haar kunnen vinden, waarbij ze alles wat ze hen ooit heeft geleerd op de proef stellen. Wanneer alle tekenen erop wijzen dat Kovac hulp van buitenaf heeft, en ook een schuilplaats, gaan Booth en Brennan op zoek naar hem.